Sem uma amostra dos dados ou informações mais detalhadas a estrutura do banco é difícil oferecer uma solução. Mas eu acredito que possa ser problema envolvendo os níveis dos fatores. Veja ?droplevels .
Daniel 2015-01-07 17:24 GMT-02:00 Fernando Antonio de souza <[email protected]>: > Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que > difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e > cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar. > > Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente. > > Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <[email protected]> > escreveu: >> >> Prezados, >> >> Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome >> é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro >> dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a >> posição das colunas )? >> >> Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza >> a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 >> deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. >> Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. >> >> Att, >> >> Giselle >> >> >> ROTINA: >> #1)Lendo arquivo genotipos >> gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos >> dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira >> coluna >> head(gen) >> >> #2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados >> nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="") >> dim(nomes)#90 x 0 >> >> #3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas >> colunas >> gen1<-cbind(nomes,gen) >> head(gen1)#juntou ! >> dim(gen1)#90 x 24165 >> >> #4)Lendo o arquivo de frequência alélica >> freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel >> dim(freq)#22894 x 4 >> head(freq) >> >> #5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF >> lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq >> head(lista_SNP_sel)#Está como fator >> list<-as.character(lista_SNP_sel) >> head(list) >> length(list) >> dim(gen1) >> >> #6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 >> selecionados pela MAF >> table(list%in%colnames(gen1)) >> >> #SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os >> 22894 ! >> logico<-colnames(gen1)%in%list >> head(logico) >> head(gen1) >> head(list) >> gen2<- gen1[,logico] >> head(gen2) >> dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como >> falsos, por que ?) >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [email protected] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list [email protected] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
