Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar.
Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente. Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <[email protected]> escreveu: > Prezados, > > Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome > é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de > outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar > indicar a posição das colunas )? > > Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza > a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 > deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. > Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. > > Att, > > Giselle > > > ROTINA: > #1)Lendo arquivo genotipos > gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos > dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira > coluna > head(gen) > > #2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados > nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="") > dim(nomes)#90 x 0 > > #3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas > colunas > gen1<-cbind(nomes,gen) > head(gen1)#juntou ! > dim(gen1)#90 x 24165 > > #4)Lendo o arquivo de frequência alélica > freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel > dim(freq)#22894 x 4 > head(freq) > > #5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF > lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq > head(lista_SNP_sel)#Está como fator > list<-as.character(lista_SNP_sel) > head(list) > length(list) > dim(gen1) > > #6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 > selecionados pela MAF > table(list%in%colnames(gen1)) > > #SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os > 22894 ! > logico<-colnames(gen1)%in%list > head(logico) > head(gen1) > head(list) > gen2<- gen1[,logico] > head(gen2) > dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como > falsos, por que ?) > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >
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