Re: [Rio-pm] Chaves de hash

Thu, 29 Nov 2012 13:44:06 -0800

Seu primeiro erro é o operador and. No documento perlop: $ perldoc perlop você vai descobrir o seguinte: 

 " Logical And
     Binary "and" returns the logical conjunction of the two
     surrounding expressions.  It's equivalent to && except for
     the very low precedence.  This means that it short-circuits:
     i.e., the right expression is evaluated only if the left
     expression is true.
[...]
  C-style Logical And
     Binary "&&" performs a short-circuit logical AND operation.
     That is, if the left operand is false, the right operand is
     not even evaluated.  Scalar or list context propagates down
     to the right operand if it is evaluated."

Logo, seu código

if($keys >= $min and $keys <= $max){

deveria ser if($keys >= $min && $keys <= $max){
A segunda coisa é o seu range. Não sei a precisão que seu código precisa. Veja isso: 

 $ perl -E '
if (-30.00000000000000001 >= -30 ){
say "-30.00000000000000001 is equal -30? Really";}
else {
say "Floating Point is not true real"};'
-30.00000000000000001 is equal -30? Really
 $


Eu faria algo como:

if($keys > $min and $keys < $max)
e, usaria, por exemplo -30.000001 como min e -20.000001 como max, por exemplo, para contornar o ponto flutuante, ou usaria um módulo matemático, como o Math::BigFloat. 

http://perldoc.perl.org/Math/BigFloat.html
Eu nunca usei em algo que fosse crítico, mas me parece bem sólida e segura. 


Em 2012-11-29 18:46, Aureliano Guedes escreveu:

Renato, fiquei sem entender, no meu caso não esta fazendo so um loop?
E qual a diferença entre usar um hash %h ou tranformar $h em um hash?? 
Desculpe as perguntas é que não faço nenhum curso ligado a computação
logo as vezes fico "boiando".

Thiago, segue o script caso tenha também algo a modificar/acrescentar
a nível das minhas péssimas práticas.

use warnings;
use strict;
use Path::Class;

#Guardar os valores em um hash acessado pelo valor do mfe
sub h_energy{
 my $data = shift;
 my $file = file($data)->openr();
 my %hmfe = ();
 my $mirna;
 my $record;

 while (my $linha = <$file>) {
 if ( $linha =~ m{target:.*} ) {
 $record = $linha . $record if ($record);
 $hmfe{$mirna} = $record if ($mirna);
 $mirna = $+{mirna};
 $record = q() if ($record);
 }
 elsif ($linha =~ m{mfe:s+(S+)s+kcal/mol}){
 $mirna = $1;
 $record .= $linha;
 }
 else {
 $record .= $linha;
 }
 }
 return %hmfe;
}

sub termofilter{
 my ($data, $min, $max) = @_;
 my %d = h_energy($data);
 foreach my $keys (keys %d){
 if($keys >= $min and $keys <= $max){
 print $keys . "n";
 }
 }
}
termofilter("hybrid.txt", "-30", "-20");


Date: Thu, 29 Nov 2012 17:27:15 -0200
From: thiagogla...@ticursos.net
To: rio-pm@pm.org
Subject: Re: [Rio-pm] Chaves de hash
Onde estou agora o firewall bloqueia o pastebin. Pela sua explicação, verificar por regex seria uma solução segura. O número sera convertido 
para um string e, se a sua regex prevê uma margem segura para a
imprecisão do ponto flutuante na sua aplicação, funciona sem problemas. 

Em 2012-11-29 16:59, Aureliano Guedes escreveu:
> Nossa, aqui virou uma arena de ideias, da para aprender muita coisa 
> so lendo.
>
> O problema é o seguinte, eu tenho uma lista nesse formato:
>
> target: 01010101
> length: 581
> miRNA : hsa-miR-15a
> length: 22
>
> mfe: -24.4 kcal/mol
> p-value: 0.334111
>
> position 244
> target 5' C UCUCCUGUGGUCUCU G U 3'
> CACA GACCA GUGCUGUU
> GUGU UUGGU CACGACGA
> miRNA 3' AAUA U 5'
>
> Conforme este arquivo http://pastebin.com/9v6WFUT7
>
> Eu quero filtrar essa lista de acordo com o valor de mfe.
>
> Exemplo, se mfe for menor que -30 e maior que -20 esta dentro.
>
> Logo fiz da seguinte forma: http://pastebin.com/Dnhv0Zya
>
> Funcionou, o problema era sono. Não percebi que a regex estava
> pegando um espaço.
>
> Quanto a usar reais como chave de hash, se eu tiver dois reais iguais 
> poderá ser um problema para acessar os valores,
> mas em toda regra existe sua exceção.
>
> No meu caso, o que me importa é que mfe esteja no intervalo
> determinado.
>
> Caso descordem seria uma honra ler a explicação de qualquer um de
> vocês.
>
>> Date: Thu, 29 Nov 2012 16:44:50 -0200
>> From: thiagogla...@ticursos.net
>> To: rio-pm@pm.org
>> Subject: Re: [Rio-pm] Chaves de hash
>>
>> Um exemplo mais preciso:
>>
>> $ uname -a
>> SunOS cg01spo 5.10 Generic_138888-03 sun4v sparc
>> SUNW,SPARC-Enterprise-T5120
>>
>> $ perl -E '
>> if (0.2 > 0.19999999999999997){
>> say "0.2 is greater than 0.19999999999999997";}
>> else {
>> say "Floating Point is not true real"};'
>> 0.2 is greater than 0.19999999999999997
>> $
>>
>> $ perl -E '
>> if (0.2 > 0.19999999999999998){
>> say "0.2 is greater than 0.19999999999999998";}
>> else {
>> say "Floating Point is not true real"};'
>> Floating Point is not true real
>> $
>>
>> Por que é importante saber essas coisas?
>> http://ta.twi.tudelft.nl/users/vuik/wi211/disasters.html
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> Em 2012-11-29 15:13, thiagogla...@ticursos.net escreveu:
>> >> Não se compara reais por igualdade.
>> > Se você tem erro na igualdade, terá nas outras comparações se a
>> > diferença entre os números for menor que o maior acréscimo
>> suportado
>> > pela plataforma:
>> >
>> > $ perl -E '
>> > if (0.2 > 0.19999999999999999999999999999999999999999999){
>> >> say "0.2 is greater than
>> 0.19999999999999999999999999999999999999";}
>> >> else {
>> >> say "Floating Point is not true real"};'
>> > Floating Point is not true real
>> > $
>> >
>> > $ perl -E '
>> > if (0.2 > 0.199999){
>> > say "0.2 is greater than 0.199999";}
>> > else {
>> > say "Floating Point is not true real"};'
>> > 0.2 is greater than 0.199999
>> > $
>> >
>> > Então, comparar pontos flutuantes não é seguro. Nem igualdade, nem 
>> > maio, nem menor.
>> >
>> > E mais: garanto que se você quer usar um número real como chave de 
>> > Hash você tem um problema na análise da lógica do problema que
>> está
>> > enfrentando e como solucioná-lo.
>> >
>> >
>> > Em 2012-11-29 10:36, Blabos de Blebe escreveu:
>> >> Na verdade é o contrário, não?
>> >>
>> >> Não se compara reais por igualdade.
>> >>
>> >> Se você usa reais como chaves de hash, você tem algum problema... 
>> >>
>> >> Ao não controlar a representação interna em ponto flutuante, você 
>> >> pode
>> >> nunca mais alcançar o valor relacionado à chave, se usar um
>> número
>> >> real como chave, pois qualquer bit diferente, mesmo que
>> arredondando
>> >> no mesmo número vai resultar num cálculo diferente na tabela
>> hash.
>> >>
>> >> Igualdade entre númros reais constuma ser definida como algo
>> assim:
>> >>
>> >> sub float_equal {
>> >> my ($first, $second) = @_;
>> >> my $threshold = 0.00000001 # arbitrário
>> >> return abs( $first - $second ) < $threshold;
>> >> }
>> >>
>> >> Converter para string antes de usar como chave de hash também não 
>> me
>> >> parece saudável, pois, embora a string vá funcionar bem no hash, 
>> >> você
>> >> não garante que a conversão vai resultar sempre na mesma string, 
>> e
>> >> aí
>> >> vc se ferra do mesmo jeito.
>> >>
>> >> Por outro lado, se você nunca vai acessar o elemento do hash
>> através
>> >> da chave, um foreach por keys() ou values() vai te retornar os
>> >> valores...
>> >>
>> >> Mas aí eu te perguntaria por que rails você está usando hash pra 
>> >> isso...
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> On Thu, Nov 29, 2012 at 6:47 AM, <thiagogla...@ticursos.net>
>> wrote:
>> >>> Existe um problema aqui, diferente da comparação.
>> >>> A comparação de reais é problemática devido a estrutura interna 
>> do
>> >>> ponto
>> >>> flutuante. NÃO SE COMPARA REAIS POR MAIOR OU MENOR.Isso não é do 
>> >>> Perl, mas
>> >>> das regras de aproximação usada pelos processadores.
>> >>>
>> >>> Rounding rules
>> >>>
>> >>> The standard defines five rounding rules. The first two round to 
>> a
>> >>> nearest
>> >>> value; the others are called directed roundings:
>> >>> Roundings to nearest
>> >>>
>> >>> Round to nearest, ties to even – rounds to the nearest value;
>> >>> if the
>> >>> number falls midway it is rounded to the nearest value with an 
>> even
>> >>> (zero)
>> >>> least significant bit, which occurs 50% of the time; this is the 
>> >>> default for
>> >>> binary floating-point and the recommended default for decimal. 
>> >>> Round to nearest, ties away from zero – rounds to the nearest
>> >>> value; if
>> >>> the number falls midway it is rounded to the nearest value above 
>> >>> (for
>> >>> positive numbers) or below (for negative numbers); this is
>> intended
>> >>> as an
>> >>> option for decimal floating point.
>> >>>
>> >>> Directed roundings
>> >>>
>> >>> Round toward 0 – directed rounding towards zero (also known as 
>> >>> truncation).
>> >>> Round toward +∞ – directed rounding towards positive infinity
>> >>> (also
>> >>> known as rounding up or ceiling).
>> >>> Round toward −∞ – directed rounding towards negative infinity
>> >>> (also
>> >>> known as rounding down or floor).
>> >>>
>> >>> Se a comparação for inevitável, converta o seu número para
>> string e
>> >>> compare
>> >>> ou determine um nível de precisão aceitável e faça bit a bit.
>> >>>
>> >>> Em 2012-11-28 21:42, Aureliano Guedes escreveu:
>> >>>>
>> >>>> Ola Monges.
>> >>>>
>> >>>> Estou com um problema simples mas que não acho a solução.
>> >>>>
>> >>>> Eu tenho um hash onde as chaves são valores numericos reais (a 
>> >>>> maioria negativo e quase nenhum inteiro).
>> >>>> Estou limitando esses valores por um maximo e um minimo.
>> >>>>
>> >>>> foreach my $keys (keys %d) {
>> >>>> if ($keys <= $min and $keys >= $max) {
>> >>>> print "$d{$keys}";
>> >>>> }
>> >>>> }
>> >>>>
>> >>>> Problema que não da certo.
>> >>>> Ha algo de errado aqui??
>> >>>>
>> >>>> _______________________________________________
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