subject:"\[Freesurfer\] Error while using mri

[Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

2015-07-28 Thread Matthieu Vanhoutte

Dear Freesurfer's Experts,

Please find below an error occuring when I use mri_glmfit :

Design matrix --
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   9.804   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
-10.612   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
-21.114   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -12.936   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   15.129
0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   17.562   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   16.402   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
-6.889   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   10.584   0.000
0.000   0.000   0.000   0.000   37.017   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   5.243
0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   7.675   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   20.432
0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   43.865   0.000   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   5.287   0.000
0.000   0.000   0.000   0.000   23.719   0.000   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   10.735   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   3.734
0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   21.167   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -8.197
0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -2.765   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -3.431   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000
0.000   0.000  -18.456   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   4.976;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -18.437   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
0.000   0.150   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -1.417   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
-16.936   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -3.442   0.000
0.000   0.000   0.000   0.000   21.991   0.000   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   9.298   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   6.360   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
0.000  -17.536   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.896   0.000;
 0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
0.000  -19.658   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -5.226   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
1.919   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
0.000   10.834   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   6.266   0.000;
 1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -2.360   0.000   0.000
0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -1.939   0.000
0.000   0.000   0.000   0.000   17.494   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
-12.457   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000
0.000   0.000  -8.279   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   6.153;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
10.505   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
7.838   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
 0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -1.889   0.000
0.000   0.000   0.000   0.000  -12.457   0.000   0.000   0.000   0.000;
 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000
0.000   0.000   3.680   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -8.888;
 0.

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

2015-08-04 Thread Matthieu Vanhoutte

Hello experts,

Could anyone provide me an advice or answer to this problem ?

Thanks in advance !

Best regards,

Matthieu
Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte" 
a écrit :

> Dear Freesurfer's Experts,
>
> Please find below an error occuring when I use mri_glmfit :
>
> Design matrix --
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   9.804   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> -10.612   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> -21.114   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -12.936   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   15.129
> 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   17.562   0.000   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   16.402   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> -6.889   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   10.584   0.000
> 0.000   0.000   0.000   0.000   37.017   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   5.243
> 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   7.675   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   20.432
> 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   43.865   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   5.287   0.000
> 0.000   0.000   0.000   0.000   23.719   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   10.735   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   3.734
> 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   21.167   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -8.197
> 0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -2.765   0.000   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -3.431   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000
> 0.000   0.000  -18.456   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   4.976;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -18.437   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> 0.000   0.150   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -1.417   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> -16.936   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -3.442   0.000
> 0.000   0.000   0.000   0.000   21.991   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   9.298   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   6.360   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> 0.000  -17.536   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.896   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> 0.000  -19.658   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -5.226   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> 1.919   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> 0.000   10.834   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   6.266   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -2.360   0.000   0.000
> 0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -1.939   0.000
> 0.000   0.000   0.000   0.000   17.494   0.000   0.000   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> -12.457   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000
> 0.000   0.000  -8.279   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   6.153;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> 10.505   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  -15.576   0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000
> 7.838   0.000   0.000   0.000   0.000   0.0

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

2015-08-04 Thread Douglas N Greve

can you send the fsgd file?

On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
>
> Hello experts,
>
> Could anyone provide me an advice or answer to this problem ?
>
> Thanks in advance !
>
> Best regards,
>
> Matthieu
>
> Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte" 
> mailto:matthieuvanhou...@gmail.com>> a 
> écrit :
>
> Dear Freesurfer's Experts,
>
> Please find below an error occuring when I use mri_glmfit :
>
> Design matrix --
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.804   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000  -10.612   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000  -21.114   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576  
> 0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -12.936   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 15.129   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   17.562   0.000  
> 0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 16.402   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000  -6.889   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576  
> 0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   10.584  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   37.017   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 5.243   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   7.675   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 20.432   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   43.865   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   5.287  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   23.719   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 10.735   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 3.734   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   21.167   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000 
> -8.197   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  -2.765   0.000  
> 0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -3.431   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000 0.000   0.000  
> 0.000   0.000   0.000  -18.456 0.000   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   4.976;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -18.437   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000   0.000   0.150   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000 
> -1.417   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000  -16.936   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576  
> 0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  -3.442  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   21.991   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.298   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 6.360   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000   0.000  -17.536   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000  
> 1.896   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000   0.000  -19.658   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000 
> -5.226   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000   1.919   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000  
> 0.000   0.000   10.834   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000  
> 6.266   0.000;
>  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -2.360   0.000  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  -1.939  
> 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   17.494   0.000   0.000  
> 0.000   0.000;
>  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

2015-08-04 Thread Matthieu Vanhoutte

Douglas,

Please fond attached the fsgd file.

Cheers,

Matthieu
Le 4 août 2015 21:45, "Douglas N Greve"  a
écrit :

> can you send the fsgd file?
>
> On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
> >
> > Hello experts,
> >
> > Could anyone provide me an advice or answer to this problem ?
> >
> > Thanks in advance !
> >
> > Best regards,
> >
> > Matthieu
> >
> > Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte"
> > mailto:matthieuvanhou...@gmail.com>> a
> > écrit :
> >
> > Dear Freesurfer's Experts,
> >
> > Please find below an error occuring when I use mri_glmfit :
> >
> > Design matrix --
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.804   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000  -10.612   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000  -21.114   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -12.936   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 15.129   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   17.562   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 16.402   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000  -6.889   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   10.584
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   37.017   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 5.243   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   7.675   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 20.432   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   43.865   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   5.287
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   23.719   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 10.735   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 3.734   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   21.167   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > -8.197   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  -2.765   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -3.431   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000 0.000   0.000
> > 0.000   0.000   0.000  -18.456 0.000   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   4.976;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -18.437   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000   0.000   0.150   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
> > -1.417   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000  -16.936   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  -3.442
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   21.991   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.298   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 6.360   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000   0.000  -17.536   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
> > 1.896   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000   0.000  -19.658   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
> > -5.226   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000   1.919   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000  -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000   0.000
> > 0.000   0.000   10.834   0.000 0.000   0.000   0.000   0.000
> > 6.266   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -2.360   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000   0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

2015-08-04 Thread Douglas N Greve

The Epilepsy_Duration is the same for all MaleControl subjects. You 
can't use that as a covariate if it does not have any variation

On 08/04/2015 04:10 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
>
> Douglas,
>
> Please fond attached the fsgd file.
>
> Cheers,
>
> Matthieu
>
> Le 4 août 2015 21:45, "Douglas N Greve"  > a écrit :
>
> can you send the fsgd file?
>
> On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
> >
> > Hello experts,
> >
> > Could anyone provide me an advice or answer to this problem ?
> >
> > Thanks in advance !
> >
> > Best regards,
> >
> > Matthieu
> >
> > Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte"
> >  
>  >> a
> > écrit :
> >
> > Dear Freesurfer's Experts,
> >
> > Please find below an error occuring when I use mri_glmfit :
> >
> > Design matrix --
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.804  0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 0.000  -10.612   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 0.000  -21.114   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -12.936   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 15.129   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  17.562   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 16.402   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 0.000  -6.889   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  10.584
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   37.017   0.000  0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 5.243   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   7.675  0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 20.432   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  43.865   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  5.287
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   23.719   0.000  0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 10.735   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 3.734   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   21.167  0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > -8.197   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  -2.765  0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -3.431   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000 0.000  0.000
> > 0.000   0.000   0.000  -18.456 0.000   0.000   0.000  0.000
> > 0.000   4.976;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -18.437   0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000  0.000
> > 0.000   0.000   0.150   0.000 0.000   0.000   0.000  0.000
> > -1.417   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > 0.000  -16.936   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000 -3.442
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   21.991   0.000  0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.298  0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 6.360  0.000
> > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > 0.000   0.000;
> >  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000  0.000
> > 0.000   0.000  -17.536   0.000 0.000   0.000   0.000  0.000
> > 1.896   0.000

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

2015-08-04 Thread Matthieu Vanhoutte

Thanks for quick answer ! How could I regress out the effect of epilepsy
duration on patients, knowing that this factor is null for controls ?

Cheers,

Matthieu
Le 4 août 2015 22:22, "Douglas N Greve"  a
écrit :

> The Epilepsy_Duration is the same for all MaleControl subjects. You
> can't use that as a covariate if it does not have any variation
>
> On 08/04/2015 04:10 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
> >
> > Douglas,
> >
> > Please fond attached the fsgd file.
> >
> > Cheers,
> >
> > Matthieu
> >
> > Le 4 août 2015 21:45, "Douglas N Greve"  > > a écrit :
> >
> > can you send the fsgd file?
> >
> > On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
> > >
> > > Hello experts,
> > >
> > > Could anyone provide me an advice or answer to this problem ?
> > >
> > > Thanks in advance !
> > >
> > > Best regards,
> > >
> > > Matthieu
> > >
> > > Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte"
> > >  > 
> >  > >> a
> > > écrit :
> > >
> > > Dear Freesurfer's Experts,
> > >
> > > Please find below an error occuring when I use mri_glmfit :
> > >
> > > Design matrix --
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.804  0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 0.000  -10.612   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 0.000  -21.114   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -12.936   0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 15.129   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  17.562   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 16.402   0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 0.000  -6.889   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  10.584
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   37.017   0.000  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 5.243   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   7.675  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 20.432   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  43.865   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  5.287
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   23.719   0.000  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 10.735   0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 3.734   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000   21.167  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > -8.197   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  -2.765  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -3.431   0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   0.000   0.000   1.000 0.000  0.000
> > > 0.000   0.000   0.000  -18.456 0.000   0.000   0.000  0.000
> > > 0.000   4.976;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 -18.437   0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576   0.000  0.000   0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   0.000   1.000   0.000 0.000  0.000
> > > 0.000   0.000   0.150   0.000 0.000   0.000   0.000  0.000
> > > -1.417   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000   0.000 0.000  0.000
> > > 0.000  -16.936   0.000   0.000 0.000   0.000   0.000 -15.576
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000   0.000 0.000 -3.442
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000   21.991   0.000  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000   0.000 9.298  0.000
> > > 0.000   0

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

2015-08-04 Thread Douglas N Greve

Not sure. I guess you could say the duration is 0 for the controls, but 
it has to make sense for your data, which I cannot tell you

On 08/04/2015 04:29 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
>
> Thanks for quick answer ! How could I regress out the effect of 
> epilepsy duration on patients, knowing that this factor is null for 
> controls ?
>
> Cheers,
>
> Matthieu
>
> Le 4 août 2015 22:22, "Douglas N Greve"  > a écrit :
>
> The Epilepsy_Duration is the same for all MaleControl subjects. You
> can't use that as a covariate if it does not have any variation
>
> On 08/04/2015 04:10 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
> >
> > Douglas,
> >
> > Please fond attached the fsgd file.
> >
> > Cheers,
> >
> > Matthieu
> >
> > Le 4 août 2015 21:45, "Douglas N Greve"
> mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>
> >  >> a écrit :
> >
> > can you send the fsgd file?
> >
> > On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote:
> > >
> > > Hello experts,
> > >
> > > Could anyone provide me an advice or answer to this problem ?
> > >
> > > Thanks in advance !
> > >
> > > Best regards,
> > >
> > > Matthieu
> > >
> > > Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte"
> > >  
> >  >
> >  
> >   > > écrit :
> > >
> > > Dear Freesurfer's Experts,
> > >
> > > Please find below an error occuring when I use
> mri_glmfit :
> > >
> > > Design matrix --
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000  0.000 9.804  0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576  0.000  0.000 
>  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > 0.000  -10.612   0.000   0.000 0.000  0.000   0.000
> -15.576
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > 0.000  -21.114   0.000   0.000 0.000  0.000   0.000
> -15.576
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000  0.000 -12.936 
>  0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576  0.000  0.000 
>  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > 15.129   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000  17.562 
>  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000  0.000 16.402 
>  0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576  0.000  0.000 
>  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   1.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > 0.000  -6.889   0.000   0.000 0.000   0.000  0.000 -15.576
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  0.000 0.000 
> 10.584
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  37.017   0.000  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > 5.243   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  7.675  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > 20.432   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000  43.865 
>  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   1.000   0.000   0.000   0.000  0.000 0.000  5.287
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 0.000  23.719   0.000  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000  0.000 10.735 
>  0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576  0.000  0.000 
>  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > 3.734   0.000   0.000   0.000 0.000   0.000  21.167  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   1.000   0.000   0.000  0.000 0.000  0.000
> > > -8.197   0.000   0.000   0.000 0.000  0.000  -2.765  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  1.000   0.000   0.000   0.000   0.000  0.000 -3.431 
>  0.000
> > > 0.000   0.000   0.000   0.000 -15.576  0.000  0.000 
>  0.000
> > > 0.000   0.000;
> > >  0.000   0.000   0.000   0.000   0.000  1.000 0.000  0.000
> >

[Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

Re: [Freesurfer] Error while using "mri_glmfit"

7 matches

Site Navigation

Mail list logo

Footer information