Thanks for quick answer ! How could I regress out the effect of epilepsy duration on patients, knowing that this factor is null for controls ?
Cheers, Matthieu Le 4 août 2015 22:22, "Douglas N Greve" <gr...@nmr.mgh.harvard.edu> a écrit : > The Epilepsy_Duration is the same for all MaleControl subjects. You > can't use that as a covariate if it does not have any variation > > On 08/04/2015 04:10 PM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > > > Douglas, > > > > Please fond attached the fsgd file. > > > > Cheers, > > > > Matthieu > > > > Le 4 août 2015 21:45, "Douglas N Greve" <gr...@nmr.mgh.harvard.edu > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> a écrit : > > > > can you send the fsgd file? > > > > On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > > > > > Hello experts, > > > > > > Could anyone provide me an advice or answer to this problem ? > > > > > > Thanks in advance ! > > > > > > Best regards, > > > > > > Matthieu > > > > > > Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte" > > > <matthieuvanhou...@gmail.com > > <mailto:matthieuvanhou...@gmail.com> > > <mailto:matthieuvanhou...@gmail.com > > <mailto:matthieuvanhou...@gmail.com>>> a > > > écrit : > > > > > > Dear Freesurfer's Experts, > > > > > > Please find below an error occuring when I use mri_glmfit : > > > > > > Design matrix ------------------ > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.804 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -10.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -21.114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.936 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 15.129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.562 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.402 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -6.889 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.584 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 37.017 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 5.243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 7.675 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 20.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 43.865 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 5.287 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 23.719 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.735 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 3.734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 21.167 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -8.197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.765 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.431 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 -18.456 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 4.976; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -18.437 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.150 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -1.417 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -16.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.442 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 21.991 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.298 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 6.360 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 -17.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 1.896 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 -19.658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -5.226 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 1.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 10.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 6.266 0.000; > > > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.360 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.939 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.494 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -12.457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 -8.279 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 6.153; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 10.505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 7.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.889 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.457 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 3.680 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -8.888; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 1.769 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -8.799; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 -1.235 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 13.197; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 19.411 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -0.156; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 12.892 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -11.675; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 -0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 7.268; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 16.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.516 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 12.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 16.848 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.548 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.885 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 12.550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 37.983 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 -17.897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 1.535 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 -3.502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -11.069 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 15.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 34.161 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.574 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.142 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 0.000 2.965 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 9.397; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 -6.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 14.459 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 -7.546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 19.887 0.000; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -19.266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.834 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -14.218 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -10.785 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 4.594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 25.026 0.000; > > > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -13.709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.276 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.577 > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 8.855 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 7.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 6.161 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 9.202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -12.366 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 0.000 12.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > -3.551 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -4.449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 14.354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > > > 0.000 -0.386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > > > 0.000 0.000; > > > -------------------------------- > > > ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = > 1e+08 > > > -------------------------------- > > > Possible problem with experimental design: > > > Check for duplicate entries and/or lack of range of > > > continuous variables within a class. > > > If you seek help with this problem, make sure to send: > > > 1. Your command line: > > > mri_glmfit --y > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.all.subjects.fwhm3.cbf_s_oldz.mgh > > > --fsgd > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/g6v2.demean.fsgd > > > dods --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.age.slope.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.duration.slope.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.intercept.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.age.slope.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.duration.slope.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.intercept.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/perfusion_duration.slope.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.age.slope.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.duration.slope.mtx > > > --C > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.intercept.mtx > > > --surf fsaverage lh --cortex --glmdir > > > > > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.g6v2.demean.fwhm3.cbf_s.z > > > > > > 2. The FSGD file (if using one) > > > 3. And the design matrix above > > > > > > You'll find attached my FSGD file. > > > > > > What's wrong with this ? > > > > > > Many thanks for helping ! > > > > > > Best regards, > > > Matthieu > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > Freesurfer mailing list > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > -- > > Douglas N. Greve, Ph.D. > > MGH-NMR Center > > gr...@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > Phone Number: 617-724-2358 <tel:617-724-2358> > > Fax: 617-726-7422 <tel:617-726-7422> > > > > Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting > > <http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting> > > FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 > > www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html > > <http://www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html> > > Outgoing: > > ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ > > > > _______________________________________________ > > Freesurfer mailing list > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu <mailto: > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > The information in this e-mail is intended only for the person to > > whom it is > > addressed. 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