Dear Freesurfer's Experts, Please find below an error occuring when I use mri_glmfit :
Design matrix ------------------
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.804 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-10.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-21.114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.936 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 15.129
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.562 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.402 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-6.889 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.584 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 37.017 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 5.243
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 7.675 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 20.432
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 43.865 0.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 5.287 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 23.719 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.735 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 3.734
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 21.167 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.197
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.765 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.431 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 -18.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 4.976;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -18.437 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.150 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.417 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-16.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.442 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 21.991 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.298 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 6.360 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -17.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.896 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -19.658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.226 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 10.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 6.266 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.360 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.939 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 17.494 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-12.457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 -8.279 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 6.153;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
10.505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
7.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.889 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 -12.457 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 3.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.888;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.769 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.799;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 -1.235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.197;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 19.411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.156;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 12.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -11.675;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 -0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 7.268;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.052
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.516 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 12.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.848 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.548 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 16.885 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 12.550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 37.983 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -17.897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.535 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -3.502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -11.069 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 15.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 34.161 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.574 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 -8.142 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 2.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.397;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -6.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.459 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -7.546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 19.887 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -19.266
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.834 0.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -14.218 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 -10.785 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 4.594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 25.026 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -13.709
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.276 0.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.577 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 8.855 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 7.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 6.161 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 9.202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.366 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 12.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.551 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-4.449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
14.354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-0.386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000;
--------------------------------
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
1. Your command line:
mri_glmfit --y
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.all.subjects.fwhm3.cbf_s_oldz.mgh
--fsgd
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/g6v2.demean.fsgd
dods --C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.age.slope.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.duration.slope.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.intercept.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.age.slope.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.duration.slope.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.intercept.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/perfusion_duration.slope.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.age.slope.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.duration.slope.mtx
--C
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.intercept.mtx
--surf fsaverage lh --cortex --glmdir
/NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.g6v2.demean.fwhm3.cbf_s.z
2. The FSGD file (if using one)
3. And the design matrix above
You'll find attached my FSGD file.
What's wrong with this ?
Many thanks for helping !
Best regards,
Matthieu
g6v2.demean.fsgd
Description: Binary data
_______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
