Re: [R-es] Error en salidas de gráficos modo en línea "chunk output inline"

[Javier Marcuzzi]

Estimado Emiliano Di Lorio

Ha, yo también de Argentina. 

Desconozco lo último, regrese a Mac, pero hasta hace poco en window 10 anda, no 
hay drama, pero si mueves los archivos, desconozco porqué, deja de funcionar. 
Me refiero a lo siguiente, carpeta trabajando, se finaliza en trabajo, se 
arrastra la carrera a finalizados, aunque se corrija el archivo, el movimiento 
hace algo que rompe el código (windows 10). Ni idea, pero me pasaba eso. 

Javier Rubén Marcuzzi

> El 27 sep. 2023, a las 11:02, emiliano di iorio  
> escribió:
> 
> Hola. Desde la carpeta R Project, ubicada en “Mis documentos” de Windows 10, 
> que utilizo para trabajar los archivos r-markdown no se me están ejecutando 
> los chuncks con códigos de gráficos en la opción “inline” de los outputs, sí 
> puedo visualizarlos con la opción “chunks output in console”. Si los archivos 
> Rmd los abro por fuera del Archivo Project funciona correctamente esa opción. 
> También si muevo toda la carpeta de trabajo al disco “C” o a la carpeta 
> Users, entonces funciona perfectamente también desde R Project el modo 
> “inline” de los markdown. En algunos foros hablaban de problemas relacionados 
> con la ruta de acceso o la presencia de caracteres especiales, pero me he 
> fijado esas cuestiones y parecen estar en orden, lo llamativo es que los 
> archivos R Project no me ejecuten los codigos en línea sólo desde la carpeta 
> documentos o desde escritorio, que también probé, del Windows 10. La cuestión 
> es que no quiero cargar de trabajos el disco “c” y por otro lado me llama la 
> atención lo que ocurre. Saludos. Gracias espero puedan ayudarme.
> 
> Emiliano Di Iorio (argentina)
> Ahora suscripto a la lista
> 
> 
> 
> Enviado desde Correo para 
> Windows
> 
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Re: [R-es] Error en salidas de gráficos modo en línea "chunk output inline"

[Emilio L. Cano]

Hola Emiliano,

Hace unos días escribí esto, por si te sirve:

https://lcano.com/rtips/rmd_vs_qmd_paths/

Tal vez configurando la opción en el código te funcione. 

De todas formas tu mensaje es un poco confuso. Si entiendo bien, en el código 
“inline” estás ejecutando código que genera gráficos. Pero “inline” solo se 
puede poner código que se pueda “imprimir” en la consola.Tal vez si 
proporcionas un ejemplo reproducible te podamos ayudar mejor.

Un saludo,

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com 




> El 27 sept 2023, a las 16:02, emiliano di iorio  
> escribió:
> 
> Hola. Desde la carpeta R Project, ubicada en “Mis documentos” de Windows 10, 
> que utilizo para trabajar los archivos r-markdown no se me están ejecutando 
> los chuncks con códigos de gráficos en la opción “inline” de los outputs, sí 
> puedo visualizarlos con la opción “chunks output in console”. Si los archivos 
> Rmd los abro por fuera del Archivo Project funciona correctamente esa opción. 
> También si muevo toda la carpeta de trabajo al disco “C” o a la carpeta 
> Users, entonces funciona perfectamente también desde R Project el modo 
> “inline” de los markdown. En algunos foros hablaban de problemas relacionados 
> con la ruta de acceso o la presencia de caracteres especiales, pero me he 
> fijado esas cuestiones y parecen estar en orden, lo llamativo es que los 
> archivos R Project no me ejecuten los codigos en línea sólo desde la carpeta 
> documentos o desde escritorio, que también probé, del Windows 10. La cuestión 
> es que no quiero cargar de trabajos el disco “c” y por otro lado me llama la 
> atención lo que ocurre. Saludos. Gracias espero puedan ayudarme.
> 
> Emiliano Di Iorio (argentina)
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[R-es] Error en salidas de gráficos modo en línea "chunk output inline"

[emiliano di iorio]

Hola. Desde la carpeta R Project, ubicada en �Mis documentos� de Windows 10, 
que utilizo para trabajar los archivos r-markdown no se me est�n ejecutando los 
chuncks con c�digos de gr�ficos en la opci�n �inline� de los outputs, s� puedo 
visualizarlos con la opci�n �chunks output in console�. Si los archivos Rmd los 
abro por fuera del Archivo Project funciona correctamente esa opci�n. Tambi�n 
si muevo toda la carpeta de trabajo al disco �C� o a la carpeta Users, entonces 
funciona perfectamente tambi�n desde R Project el modo �inline� de los 
markdown. En algunos foros hablaban de problemas relacionados con la ruta de 
acceso o la presencia de caracteres especiales, pero me he fijado esas 
cuestiones y parecen estar en orden, lo llamativo es que los archivos R Project 
no me ejecuten los codigos en l�nea s�lo desde la carpeta documentos o desde 
escritorio, que tambi�n prob�, del Windows 10. La cuesti�n es que no quiero 
cargar de trabajos el disco �c� y por otro lado me llama la atenci�n lo que 
ocurre. Saludos. Gracias espero puedan ayudarme.

Emiliano Di Iorio (argentina)
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Re: [R-es] error

[Amable Moreno]

Muchas gracias por la ayuda.

El El lun, 10 de jul. de 2023 a la(s) 08:43, Carlos Ortega <
c...@qualityexcellence.es> escribió:

> Hola,
>
> Sí, el error no es estrictamente de "SemPlot" si no de una librería de la
> que depende...
>
>- *namespace ‘vctrs’ 0.4.1 is being loaded, but >= 0.5.0 is required"*
>
> Tienes que actualizar la librería "vctrs".
> De forma general, si haces un "Update" de todas las librerías, seguramente
> se resuelvan este y otros problemas de dependencias.
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
> El dom, 9 jul 2023 a las 4:08, Amable Moreno ()
> escribió:
>
>> Necesito que me ayuden a resolver el siguiente error al intentar usar el
>> paquete "semPlot": El error es:
>> "package or namespace load failed for ‘semPlot’ in loadNamespace(i,
>> c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
>>  namespace ‘vctrs’ 0.4.1 is being loaded, but >= 0.5.0 is required"
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>

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Re: [R-es] error

[Javier Marcuzzi]

Estimado

Miré los requerimientos, y necesita R 2.15 como mínimo, se me ocurre que al 
instalar como le sugieren, se pueda presentar un problema de paquetes y 
versiones de los mismos, dado que los requerimientos mínimos no expresan una 
versión de R actual como la 4.3.

¿Usted tiene todo actualizado o hay algo por ahí que pueda estar dando error?

Javier Rubén Marcuzzi

> El 9 jul. 2023, a las 02:37, Isidro Hidalgo Arellano via R-help-es 
>  escribió:
> 
> Buenos días:
> Necesitas actualizar el paquete "semPlot". Usa:
> Install.packages("semPlot")
> Un saludo
> 
> Isidro Hidalgo Arellano
> Observatorio del Mercado de Trabajo
> Junta de Comunidades de Castilla – La Mancha
> 
> -Mensaje original-
> De: R-help-es  En nombre de Amable Moreno
> Enviado el: domingo, 9 de julio de 2023 4:01
> Para: r-help-es@r-project.org
> Asunto: [R-es] error
> 
> Necesito que me ayuden a resolver el siguiente error al intentar usar el 
> paquete "semPlot": El error es:
> "package or namespace load failed for ‘semPlot’ in loadNamespace(i, 
> c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
> namespace ‘vctrs’ 0.4.1 is being loaded, but >= 0.5.0 is required"
> 
>   [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] error

[Isidro Hidalgo Arellano via R-help-es]

Buenos días:
Necesitas actualizar el paquete "semPlot". Usa:
Install.packages("semPlot")
Un saludo

Isidro Hidalgo Arellano
Observatorio del Mercado de Trabajo
Junta de Comunidades de Castilla – La Mancha

-Mensaje original-
De: R-help-es  En nombre de Amable Moreno
Enviado el: domingo, 9 de julio de 2023 4:01
Para: r-help-es@r-project.org
Asunto: [R-es] error

Necesito que me ayuden a resolver el siguiente error al intentar usar el 
paquete "semPlot": El error es:
"package or namespace load failed for ‘semPlot’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, 
.libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 namespace ‘vctrs’ 0.4.1 is being loaded, but >= 0.5.0 is required"

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[R-es] error

[Amable Moreno]

Necesito que me ayuden a resolver el siguiente error al intentar usar el
paquete "semPlot": El error es:
"package or namespace load failed for ‘semPlot’ in loadNamespace(i,
c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 namespace ‘vctrs’ 0.4.1 is being loaded, but >= 0.5.0 is required"

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Re: [R-es] Error RStudio

[Javier Gómez Gonzalez]

Lo que he hecho ha sido instalar la versión anterior de RStudio y se
acabaron los problemas.


El lun, 19 jun 2023 a las 8:46, Proyecto R-UCA () escribió:

> Buenas,
>
> Yo diría que se trata de un fichero de trabajo que está intentando cargar
> al inicio y que falla.
>
> Busca un fichero .rs.WorkingDataEnv y bórralo. Si aún así sigue dándote el
> fallo busca ficheros .RData y bórralos.
>
> Nota: Son nombres de fichero no extensiones y, por tanto, no llevan nada
> delante del punto.
>
> Un saludo.
> --
> --
> http://knuth.uca.es/R
> --
> Proyecto R-UCA
> --
> Nombre: Manuel Muñoz Márquez
> Departamento: Departamento de Estadística e Investigación Operativa
> Institución: Escuela Superior de Ingeniería
> Organización: Universidad de Cádiz
> --
>
> El dom, 18-06-2023 a las 03:04 +0200, Javier Gómez Gonzalez escribió:
> > Hola a todos
> >
> > Desde que instalé la última versión de RStudio la 2023.06.0-421 para
> > Windows me aparece el siguiente error :
> >
> > Error in exists(cacheKey, where = .rs.WorkingDataEnv, inherits = FALSE) :
> >   invalid first argument
> > Error in assign(cacheKey, frame, .rs.CachedDataEnv) :
> >   attempt to use zero-length variable name
> >
> > La versión de R que tengo es la 4.3 y el sistema operativo es Windows 10.
> >
> > Un saludo
> >
> > Javier Gómez González
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ___
> > R-help-es mailing list
> > R-help-es@r-project.org
> >
> https://urldefense.com/v3/__https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es__;!!D9dNQwwGXtA!ReVoQrWyTd6D01skNmHh-ezD_3CKh1HvZ8oxfTCOskCfF69nCv-CYmf1UYoIqnU7SvXz6BEV-IcImeM$
> >
>
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Re: [R-es] Error RStudio

[Proyecto R-UCA]

Buenas, 

Yo diría que se trata de un fichero de trabajo que está intentando cargar al 
inicio y que falla.

Busca un fichero .rs.WorkingDataEnv y bórralo. Si aún así sigue dándote el 
fallo busca ficheros .RData y bórralos.

Nota: Son nombres de fichero no extensiones y, por tanto, no llevan nada 
delante del punto.

Un saludo.
-- 
--
http://knuth.uca.es/R
--
Proyecto R-UCA
--
Nombre: Manuel Muñoz Márquez
Departamento: Departamento de Estadística e Investigación Operativa
Institución: Escuela Superior de Ingeniería
Organización: Universidad de Cádiz
--

El dom, 18-06-2023 a las 03:04 +0200, Javier Gómez Gonzalez escribió:
> Hola a todos
> 
> Desde que instalé la última versión de RStudio la 2023.06.0-421 para
> Windows me aparece el siguiente error :
> 
> Error in exists(cacheKey, where = .rs.WorkingDataEnv, inherits = FALSE) :
>   invalid first argument
> Error in assign(cacheKey, frame, .rs.CachedDataEnv) :
>   attempt to use zero-length variable name
> 
> La versión de R que tengo es la 4.3 y el sistema operativo es Windows 10.
> 
> Un saludo
> 
>     Javier Gómez González
> 
> [[alternative HTML version deleted]]
> 
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[R-es] Error RStudio

[Javier Gómez Gonzalez]

Hola a todos

Desde que instalé la última versión de RStudio la 2023.06.0-421 para
Windows me aparece el siguiente error :

Error in exists(cacheKey, where = .rs.WorkingDataEnv, inherits = FALSE) :
  invalid first argument
Error in assign(cacheKey, frame, .rs.CachedDataEnv) :
  attempt to use zero-length variable name

La versión de R que tengo es la 4.3 y el sistema operativo es Windows 10.

Un saludo

Javier Gómez González

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Re: [R-es] error en MANOVA

[MaLuz Morales Botello]

Hola de nuevo,

muchas gracias por vuestras respuestas. Yo estoy usando Manova.fnc que está
dentro del ULLRToolbox que me he instalado (necesitaba usarlo porque me
habían pasado funciones construidas aquí, que no podía usar a menos que lo
instalara).
https://sites.google.com/site/ullrtoolbox/07-an%C3%A1lisis-multivariado/manova-fnc

Lo de poner las variables como factores lo probé y no me solucionó el
error, incluso he quitado la parte del poshoc y nada. Me estoy volviendo un
poco loca con las pruebas, ya no se si es por R o por ese Toolbox. Estos
son los errores que me van dando:

*Pruebo a meter las dos variables (género y edad como factores y además
quito la parte de poshoc para ver si me salto el error (la edad la dejaré
numérica, pero quería probar a ver si daba el error así):*

datosPAS2=datosPAS

datosPAS2$Edad_Manova_18a54=as.factor(datosPAS2$Edad_Manova_18a54)

datosPAS2$Genero2_1a2=as.factor(datosPAS2$Genero2_1a2) #, poshoc=c('todos')

Manova.fnc(datosPAS2, variables=2:6,
fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'))
#poshoc=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2','Edad_Manova_18a54:Genero2_1a2'))

Error in xtfrm.data.frame(x) : cannot xtfrm data frames



*He decidido cambiar el nombre de la bbdd que le entra a la manova, por si
tiene que tener el nombre “datos” acorde con lo que ponía en la web de
ULLRToolbox, pero ahora me devuelve el error de que una de las variables no
tiene dos niveles. JURARÍA QUE DE ALGUNA MANERA NO ME ESTÁ COGIENDO MI
VARIABLE.*

datos=datosPAS

datos$Edad_Manova_18a54=as.factor(datos$Edad_Manova_18a54)

datos$Genero2_1a2=as.factor(datos$Genero2_1a2) #, poshoc=c('todos')

Manova.fnc(datos, variables=2:6,
fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'))
#poshoc=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2','Edad_Manova_18a54:Genero2_1a2'))

Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) :
contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels




Gracias de nuevo

Un saludo

Mariluz

El mié, 14 jun 2023 a las 21:18, Eric ()
escribió:

> Creo que el genero es adecuado (y quiza necesario) convertirlo en
> factor, pero con la edad creo que no seria bueno, pues hay un orden de
> precedencia claro en los enteros, y si la transformas a factor esa
> informacion se pierde para el test ... ademas de lo q dice Marcelino,
> yo haria la MANOVA primero, y luego el test de post-hoc, así eliminas
> el error, obtienes la salida de manova y luego puedes elegir entre
> varios paquetes cual post-hoc hacer para que no te de error ... una
> pregunta, de que libreria es la funcion Manova.fnc que usas ?
>
> Saludos !!
>
> On Wed, Jun 14, 2023 at 2:37 PM Marcelino de la Cruz Rot
>  wrote:
> >
> > Hola:
> > Probablemente está tomando 'Edad_Manova_18a54' y 'Genero2_1a2' como
> > variables numéricas (integer). Deberías convertirlas en factor. Por
> ejemplo:
> >
> > Edad_Manova_18a54 <- factor(Edad_Manova_18a54)
> > Genero2_1a2 <- factor(Genero2_1a2)
> > Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6,
> > fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'),poshoc=c('todos'))
> >
> > Saludos,
> > Marcelino
> >
> >
> > El 14/06/2023 a las 20:26, MaLuz Morales Botello escribió:
> > >
> > >
> > > No suele recibir correos electrónicos de mlzm...@gmail.com. Por qué
> > > esto es importante 
> > >
> > >
> > > Muy buenas,
> > > He usado muy poco R en mi vida, y ahora estoy intentando hacer una
> > > MANOVA, con dos variables independientes (Edad, que tiene 4 niveles y
> > > Genero que tiene 2) y 5 variables independientes. Le he puesto también
> > > que me haga el poshoc de las dos y la interacción.
> > >
> > > Decir también que me instalé el ULLRToolbox, que no se si tendrá algo
> > > que ver con el error que me da.
> > >
> > > Este es el código que uso y el error que encuentro:
> > >
> > > Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6,
> > > fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'), poshoc=c('todos'))
> > >
> > > Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) :
> > > contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels
> > >
> > > Pero tanto Edad como Género tienen 2 o más niveles:
> > >
> > > image.png
> > >
> > >
> > > Mi agradecimiento de antemano por la ayuda.
> > >
> > > Un saludo
> > >
> > > Mariluz
> > >
> > >
> > >
> > > ___
> > > R-help-es mailing list
> > > R-help-es@r-project.org
> > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
> >
> > --
> > Marcelino de la Cruz Rot
> > Depto. de Biología y Geología
> > Física y Química Inorgánica
> > Universidad Rey Juan Carlos
> > Móstoles España
> >
> > ___
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>
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>

[[alternative HTML version deleted]]

___

Re: [R-es] error en MANOVA

[Eric]

Creo que el genero es adecuado (y quiza necesario) convertirlo en
factor, pero con la edad creo que no seria bueno, pues hay un orden de
precedencia claro en los enteros, y si la transformas a factor esa
informacion se pierde para el test ... ademas de lo q dice Marcelino,
yo haria la MANOVA primero, y luego el test de post-hoc, así eliminas
el error, obtienes la salida de manova y luego puedes elegir entre
varios paquetes cual post-hoc hacer para que no te de error ... una
pregunta, de que libreria es la funcion Manova.fnc que usas ?

Saludos !!

On Wed, Jun 14, 2023 at 2:37 PM Marcelino de la Cruz Rot
 wrote:
>
> Hola:
> Probablemente está tomando 'Edad_Manova_18a54' y 'Genero2_1a2' como
> variables numéricas (integer). Deberías convertirlas en factor. Por ejemplo:
>
> Edad_Manova_18a54 <- factor(Edad_Manova_18a54)
> Genero2_1a2 <- factor(Genero2_1a2)
> Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6,
> fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'),poshoc=c('todos'))
>
> Saludos,
> Marcelino
>
>
> El 14/06/2023 a las 20:26, MaLuz Morales Botello escribió:
> >
> >
> > No suele recibir correos electrónicos de mlzm...@gmail.com. Por qué
> > esto es importante 
> >
> >
> > Muy buenas,
> > He usado muy poco R en mi vida, y ahora estoy intentando hacer una
> > MANOVA, con dos variables independientes (Edad, que tiene 4 niveles y
> > Genero que tiene 2) y 5 variables independientes. Le he puesto también
> > que me haga el poshoc de las dos y la interacción.
> >
> > Decir también que me instalé el ULLRToolbox, que no se si tendrá algo
> > que ver con el error que me da.
> >
> > Este es el código que uso y el error que encuentro:
> >
> > Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6,
> > fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'), poshoc=c('todos'))
> >
> > Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) :
> > contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels
> >
> > Pero tanto Edad como Género tienen 2 o más niveles:
> >
> > image.png
> >
> >
> > Mi agradecimiento de antemano por la ayuda.
> >
> > Un saludo
> >
> > Mariluz
> >
> >
> >
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Re: [R-es] error en MANOVA

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola:
Probablemente está tomando 'Edad_Manova_18a54' y 'Genero2_1a2' como 
variables numéricas (integer). Deberías convertirlas en factor. Por ejemplo:


Edad_Manova_18a54 <- factor(Edad_Manova_18a54)
Genero2_1a2 <- factor(Genero2_1a2)
Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6, 
fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'),poshoc=c('todos'))


Saludos,
Marcelino


El 14/06/2023 a las 20:26, MaLuz Morales Botello escribió:



No suele recibir correos electrónicos de mlzm...@gmail.com. Por qué 
esto es importante 



Muy buenas,
He usado muy poco R en mi vida, y ahora estoy intentando hacer una 
MANOVA, con dos variables independientes (Edad, que tiene 4 niveles y 
Genero que tiene 2) y 5 variables independientes. Le he puesto también 
que me haga el poshoc de las dos y la interacción.


Decir también que me instalé el ULLRToolbox, que no se si tendrá algo 
que ver con el error que me da.


Este es el código que uso y el error que encuentro:

Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6, 
fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'), poshoc=c('todos'))


Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels


Pero tanto Edad como Género tienen 2 o más niveles:

image.png


Mi agradecimiento de antemano por la ayuda.

Un saludo

Mariluz



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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España

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[R-es] error en MANOVA

[MaLuz Morales Botello]

Muy buenas,
He usado muy poco R en mi vida, y ahora estoy intentando hacer una MANOVA,
con dos variables independientes (Edad, que tiene 4 niveles y Genero que
tiene 2) y 5 variables independientes. Le he puesto también que me haga el
poshoc de las dos y la interacción.

Decir también que me instalé el ULLRToolbox, que no se si tendrá algo que
ver con el error que me da.

Este es el código que uso y el error que encuentro:

Manova.fnc(datosPAS, variables=2:6,
fac.inter=c('Edad_Manova_18a54','Genero2_1a2'), poshoc=c('todos'))

Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) :
contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

Pero tanto Edad como Género tienen 2 o más niveles:
[image: image.png]


Mi agradecimiento de antemano por la ayuda.

Un saludo

Mariluz
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Re: [R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Javier Marcuzzi]

Estimado Manuel Mendoza

Puede ser que a usted no le sea de utilidad, pero cuándo nombran genes y 
evalúan, yo siempre de acuerdo del libro Introducción a la Genética 
Cuantitativa, de Falconer. Digo esto porque la expresión que usted nombra puede 
ser por deriva genética y no por un efecto real del gen.

Un abrazo
Javier Rubén Marcuzzi



> El 29 may. 2023, a las 06:18, Manuel Mendoza  
> escribió:
> 
> Gracias Carlos e Isidro, finalmente utilicé el propio XgBoost para
> seleccionar las variables con las que hacer el RF. Había 47, de las casi
> 55.000, que mostraban una ganancia superior que el resto, así que hice el
> RF con esas sin problema. La idea original era aplicar RF para seleccionar
> las variables más importantes por su contribución a la predicción,
> utilizando meandecraseaccuracy, y es lo que hice, aunque partiendo de esas
> 47. Resultó que con tan solo 5 genes puedo predecir la malignidad de
> tumores (neurofibromas) con una sensibilidad del 98%. Un hallazgo
> interesante.
> Gracias de nuevo,
> Manuel
> 
> El dom, 28 may 2023 a las 21:58, Carlos Ortega ()
> escribió:
> 
>> Hola Manuel,
>> 
>> "ranger" paraleliza de forma automática, usando todos los cores que
>> tienes. Está bastante optimizado...
>> 
>> El que se quede sin memoria, puede tener que ver, tanto por el número de
>> columnas que comentas, como que alguna de tus variables (o varias) si es
>> categórica y tiene múltiples niveles esas 54973 columnas pueden aumentar
>> mucho ("ranger" hace un one-hot interno).
>> 
>> Y si el problema son las columnas. ¿Tienes que usar todas las columnas?.
>> Puedes plantearte alguna alternativa para seleccionar las variables
>> importantes. El paquete "Boruta" es uno de ellos, pero también puedes hacer
>> diferentes modelos en modo "boostrap" seleccionado diferentes columnas para
>> ver con cuáles quedarte al final.
>> 
>> Y otra alternativa cuando tienes problemas de memoria, es usar H2O
>> Gestiona muy bien la memoria.
>> 
>> Gracias,
>> Carlos.
>> 
>> El dom, 28 may 2023 a las 13:29, Manuel Mendoza (<
>> mmend...@fulbrightmail.org>) escribió:
>> 
>>> Muy buenas, estoy aplicando random forest a una df de 256 filas y 54973
>>> columnas y me quedo sin memoria. He probado con randomForest y con ranger,
>>> y con los dos pasa. ¿Tenéis alguna solución para esto (que no sea
>>> comprarse
>>> un ordenador más potente:-) ?. Pude aplicar XgBoost, incluso cerca de 2000
>>> veces  (unas 16 horas), para optimizar los hiperparámetros con una rejilla
>>> de búsqueda, pero XgBoost utiliza varios núcleos a la vez. No sé si hay
>>> forma de hacer que randomForest o ranger utilicen más núcleos. Cualquier
>>> otra solución sería buena, claro.
>>> Gracias,
>>> Manuel
>>> 
>>>[[alternative HTML version deleted]]
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>> 
>> 
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>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>> 
> 
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Re: [R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Juan Abasolo]

Qué lindo participar desde la ventana de tu descubrimiento.

Te deseo que tengás un buen camino llevándolo adelante, por el bien de
tantos.

Hau idatzi du Manuel Mendoza (mmend...@fulbrightmail.org) erabiltzaileak
(2023 mai. 29(a), al. (11:19)):

> Gracias Carlos e Isidro, finalmente utilicé el propio XgBoost para
> seleccionar las variables con las que hacer el RF. Había 47, de las casi
> 55.000, que mostraban una ganancia superior que el resto, así que hice el
> RF con esas sin problema. La idea original era aplicar RF para seleccionar
> las variables más importantes por su contribución a la predicción,
> utilizando meandecraseaccuracy, y es lo que hice, aunque partiendo de esas
> 47. Resultó que con tan solo 5 genes puedo predecir la malignidad de
> tumores (neurofibromas) con una sensibilidad del 98%. Un hallazgo
> interesante.
> Gracias de nuevo,
> Manuel
>
> El dom, 28 may 2023 a las 21:58, Carlos Ortega ( >)
> escribió:
>
> > Hola Manuel,
> >
> > "ranger" paraleliza de forma automática, usando todos los cores que
> > tienes. Está bastante optimizado...
> >
> > El que se quede sin memoria, puede tener que ver, tanto por el número de
> > columnas que comentas, como que alguna de tus variables (o varias) si es
> > categórica y tiene múltiples niveles esas 54973 columnas pueden aumentar
> > mucho ("ranger" hace un one-hot interno).
> >
> > Y si el problema son las columnas. ¿Tienes que usar todas las columnas?.
> > Puedes plantearte alguna alternativa para seleccionar las variables
> > importantes. El paquete "Boruta" es uno de ellos, pero también puedes
> hacer
> > diferentes modelos en modo "boostrap" seleccionado diferentes columnas
> para
> > ver con cuáles quedarte al final.
> >
> > Y otra alternativa cuando tienes problemas de memoria, es usar H2O
> > Gestiona muy bien la memoria.
> >
> > Gracias,
> > Carlos.
> >
> > El dom, 28 may 2023 a las 13:29, Manuel Mendoza (<
> > mmend...@fulbrightmail.org>) escribió:
> >
> >> Muy buenas, estoy aplicando random forest a una df de 256 filas y 54973
> >> columnas y me quedo sin memoria. He probado con randomForest y con
> ranger,
> >> y con los dos pasa. ¿Tenéis alguna solución para esto (que no sea
> >> comprarse
> >> un ordenador más potente:-) ?. Pude aplicar XgBoost, incluso cerca de
> 2000
> >> veces  (unas 16 horas), para optimizar los hiperparámetros con una
> rejilla
> >> de búsqueda, pero XgBoost utiliza varios núcleos a la vez. No sé si hay
> >> forma de hacer que randomForest o ranger utilicen más núcleos. Cualquier
> >> otra solución sería buena, claro.
> >> Gracias,
> >> Manuel
> >>
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Juan Abasolo, PhD

Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
Bilboko Hezkuntza Fakultatea
Euskal Herriko Unibertsitatea UPV/EHU

Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)

T   : (+34) 94 601 7567
Telegram: @JuanAbasolo
Skype   : abasolo72
Bloga   : juanabasolo.netlify.com

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Re: [R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Manuel Mendoza]

Gracias Carlos e Isidro, finalmente utilicé el propio XgBoost para
seleccionar las variables con las que hacer el RF. Había 47, de las casi
55.000, que mostraban una ganancia superior que el resto, así que hice el
RF con esas sin problema. La idea original era aplicar RF para seleccionar
las variables más importantes por su contribución a la predicción,
utilizando meandecraseaccuracy, y es lo que hice, aunque partiendo de esas
47. Resultó que con tan solo 5 genes puedo predecir la malignidad de
tumores (neurofibromas) con una sensibilidad del 98%. Un hallazgo
interesante.
Gracias de nuevo,
Manuel

El dom, 28 may 2023 a las 21:58, Carlos Ortega ()
escribió:

> Hola Manuel,
>
> "ranger" paraleliza de forma automática, usando todos los cores que
> tienes. Está bastante optimizado...
>
> El que se quede sin memoria, puede tener que ver, tanto por el número de
> columnas que comentas, como que alguna de tus variables (o varias) si es
> categórica y tiene múltiples niveles esas 54973 columnas pueden aumentar
> mucho ("ranger" hace un one-hot interno).
>
> Y si el problema son las columnas. ¿Tienes que usar todas las columnas?.
> Puedes plantearte alguna alternativa para seleccionar las variables
> importantes. El paquete "Boruta" es uno de ellos, pero también puedes hacer
> diferentes modelos en modo "boostrap" seleccionado diferentes columnas para
> ver con cuáles quedarte al final.
>
> Y otra alternativa cuando tienes problemas de memoria, es usar H2O
> Gestiona muy bien la memoria.
>
> Gracias,
> Carlos.
>
> El dom, 28 may 2023 a las 13:29, Manuel Mendoza (<
> mmend...@fulbrightmail.org>) escribió:
>
>> Muy buenas, estoy aplicando random forest a una df de 256 filas y 54973
>> columnas y me quedo sin memoria. He probado con randomForest y con ranger,
>> y con los dos pasa. ¿Tenéis alguna solución para esto (que no sea
>> comprarse
>> un ordenador más potente:-) ?. Pude aplicar XgBoost, incluso cerca de 2000
>> veces  (unas 16 horas), para optimizar los hiperparámetros con una rejilla
>> de búsqueda, pero XgBoost utiliza varios núcleos a la vez. No sé si hay
>> forma de hacer que randomForest o ranger utilicen más núcleos. Cualquier
>> otra solución sería buena, claro.
>> Gracias,
>> Manuel
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Re: [R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Isidro Hidalgo Arellano via R-help-es]

Buenos días :
Quizá lo mejor en tu caso es lanzar una regresión penalizada y eliminar algunas 
variables... 😊
Saludos,

Isidro Hidalgo Arellano
Observatorio del Mercado de Trabajo
Junta de Comunidades de Castilla – La Mancha

-Mensaje original-
De: R-help-es  En nombre de Manuel Mendoza
Enviado el: domingo, 28 de mayo de 2023 13:29
Para: Lista R 
Asunto: [R-es] Error: protect(): protection stack overflow

Muy buenas, estoy aplicando random forest a una df de 256 filas y 54973 
columnas y me quedo sin memoria. He probado con randomForest y con ranger, y 
con los dos pasa. ¿Tenéis alguna solución para esto (que no sea comprarse un 
ordenador más potente:-) ?. Pude aplicar XgBoost, incluso cerca de 2000 veces  
(unas 16 horas), para optimizar los hiperparámetros con una rejilla de 
búsqueda, pero XgBoost utiliza varios núcleos a la vez. No sé si hay forma de 
hacer que randomForest o ranger utilicen más núcleos. Cualquier otra solución 
sería buena, claro.
Gracias,
Manuel

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[R-es] Error: protect(): protection stack overflow

[Manuel Mendoza]

Muy buenas, estoy aplicando random forest a una df de 256 filas y 54973
columnas y me quedo sin memoria. He probado con randomForest y con ranger,
y con los dos pasa. ¿Tenéis alguna solución para esto (que no sea comprarse
un ordenador más potente:-) ?. Pude aplicar XgBoost, incluso cerca de 2000
veces  (unas 16 horas), para optimizar los hiperparámetros con una rejilla
de búsqueda, pero XgBoost utiliza varios núcleos a la vez. No sé si hay
forma de hacer que randomForest o ranger utilicen más núcleos. Cualquier
otra solución sería buena, claro.
Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] Error al actualizar R 4.3.0

[Sebastian Kruk]

Hola, lo pude corregir de la siguiente forma:


Edité el archivo Rprofile.site agregando las siguientes líneas:


options(download.file.method = "libcurl")
Sys.setenv("http_proxy"="http://mi_proxy::mi_puerto";)
Sys.setenv("https_proxy"="http:// http://mi_proxy::mi_puerto";)
Sys.setenv("ftp_proxy"="http:// http://mi_proxy::mi_puerto";)



Sienddo mi_proxy y mi_puerto el proxy y puerto que tenemos habilitado.


Si al inicio de una sesión ejecutaba las líneas anteriores solo funcionaban
para esa sesión y a la siguiente las tenía que correr de vuelta.


Saludos,


Sebastián.



Enviado desde Correo <https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=550986> para
Windows



*De: *Carlos Ortega 
*Enviado: *jueves, 4 de mayo de 2023 9:04
*Para: *Sebastián Kruk Gencarelli 
*CC: *r-help-es@r-project.org
*Asunto: *Re: [R-es] Error al actualizar R 4.3.0



Hola,



Sí, esos errores son los típicos cuando no tienes permiso para salir por el
proxy...

Te hace falta permisos de administrador.



Gracias,

Carlos Ortega

www.qualityexcellence.es



El jue, 4 may 2023 a las 13:46, Sebastián Kruk Gencarelli (<
residuo.so...@gmail.com>) escribió:

Hola usuarios-R.



El lunes pasado en mi máquina Windows 10 el R 4.2.3 a 4.3.0.



Una vez instalado dejó de funcionar la actualización.



Me aparece lo siguiente:



>update.packages()

Warning: unable to access index for repository
https://cloud.r-project.org/src/contrib:

  no fue posible abrir la URL '
https://cloud.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'



Es un equipo en el trabajo y estoy bajo un proxy. No soy administrador.



No me funcionó cambiar el proxy usando Sys.setenv pero si si hago
update.packages(method = "wininet") con los consiguientes warnings.



¿Hay alguna forma de solucionarlo yo sin privilegios de administrador o
preciso de un administrador?



Saludos y gracias de antemano,



Sebastián.



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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] Error al actualizar R 4.3.0

[Proyecto R-UCA]

Buenas,

Según
https://stackoverflow.com/questions/14524449/how-to-install-r-packages-via-proxy-user-password

el problema puede ser que estés estableciendo únicamente el proxy para el 
protocolo http, lo tienes que establecer para http y https.

Además tienes que hacerlo antes de intentar descargar nada, si lo haces después 
no funcionará,

Un saludo, Manuel

El jue, 04-05-2023 a las 08:45 -0300, Sebastián Kruk Gencarelli escribió:
> Hola usuarios-R.
>  
> El lunes pasado en mi máquina Windows 10 el R 4.2.3 a 4.3.0.
>  
> Una vez instalado dejó de funcionar la actualización.
>  
> Me aparece lo siguiente:
>  
> >update.packages()
> Warning: unable to access index for repository 
> https://cloud.r-project.org/src/contrib:
>   no fue posible abrir la URL 
> 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'
>  
> Es un equipo en el trabajo y estoy bajo un proxy. No soy administrador.
>  
> No me funcionó cambiar el proxy usando Sys.setenv pero si si hago 
> update.packages(method = "wininet") con los consiguientes warnings.
>  
> ¿Hay alguna forma de solucionarlo yo sin privilegios de administrador o 
> preciso de un administrador?
>  
> Saludos y gracias de antemano,
>  
> Sebastián.
>  
> ___
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> https://urldefense.com/v3/__https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es__;!!D9dNQwwGXtA!Tf6Lpg8ZiPobrqgQnBnJUjUrKVJzKJbOc_2DcvE_oAwTqq3k9Mvi8NcuaYzrb5kh-1IOPboauFsMjQsssC_G$
>  

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Re: [R-es] Error al actualizar R 4.3.0

[LeugimSan via R-help-es]

Hola Sebasti�n.



Has probado a especificarle otro mirror del CRAN?


Por ejemplo:


local({r <- getOption("repos")
   r["CRAN"] <- "https://ftp.cixug.es/CRAN/";
   options(repos=r)})



Y luego hacer el update...



Un saludo,

Miguel.





De: R-help-es  en nombre de Sebasti�n Kruk 
Gencarelli 
Enviado: jueves, 4 de mayo de 2023 13:45
Para: r-help-es@r-project.org
Asunto: [R-es] Error al actualizar R 4.3.0


Hola usuarios-R.



El lunes pasado en mi m�quina Windows 10 el R 4.2.3 a 4.3.0.



Una vez instalado dej� de funcionar la actualizaci�n.



Me aparece lo siguiente:



>update.packages()

Warning: unable to access index for repository 
https://cloud.r-project.org/src/contrib:

  no fue posible abrir la URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'



Es un equipo en el trabajo y estoy bajo un proxy. No soy administrador.



No me funcion� cambiar el proxy usando Sys.setenv pero si si hago 
update.packages(method = "wininet") con los consiguientes warnings.



�Hay alguna forma de solucionarlo yo sin privilegios de administrador o preciso 
de un administrador?



Saludos y gracias de antemano,



Sebasti�n.





Nota: A informaci�n contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos 
adxuntos � privada e confidencial e est� dirixida �nicamente � seu 
destinatario/a. Se vostede non � o/a destinatario/a orixinal desta mensaxe, por 
favor elim�nea. A distribuci�n ou copia desta mensaxe non est� autorizada.

Nota: La informaci�n contenida en este mensaje y sus posibles documentos 
adjuntos es privada y confidencial y est� dirigida �nicamente a su 
destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este mensaje, 
por favor elim�nelo. La distribuci�n o copia de este mensaje no est� autorizada.

See more languages: http://www.sergas.es/aviso-confidencialidad

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[R-es] Error al actualizar R 4.3.0

[Sebastián Kruk Gencarelli]

Hola usuarios-R. El lunes pasado en mi máquina Windows 10 el R 4.2.3 a 4.3.0. Una vez instalado dejó de funcionar la actualización. Me aparece lo siguiente: >update.packages()Warning: unable to access index for repository https://cloud.r-project.org/src/contrib:  no fue posible abrir la URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/PACKAGES' Es un equipo en el trabajo y estoy bajo un proxy. No soy administrador. No me funcionó cambiar el proxy usando Sys.setenv pero si si hago update.packages(method = "wininet") con los consiguientes warnings. ¿Hay alguna forma de solucionarlo yo sin privilegios de administrador o preciso de un administrador? Saludos y gracias de antemano, Sebastián. 
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Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Jorge I Velez]

Ricardo,

No sé cuál es el objetivo del análisis de correlación y entiendo que la
respuesta de Marcelino responde a lo que preguntas.  Sin embargo, yendo un
poco más allá, me pregunto la validez de lo que quieres hacer, sobretodo
con la estructura de datos que tienes a la mano.

Al parecer tienes medidas repetidas --- tiene sentido *esa *matriz de
correlación que quieres calcular?   Quizás esa sea la primera pregunta que
debes resolver.

Saludos,
Jorge.-




On Mon, Sep 26, 2022 at 7:12 AM Ricardo Alva  wrote:

> Muchas gracias por la aclaración, ya me estaba preocupando jajajaja.
>
>
>
> Enviado desde mi Galaxy
>
>
>
>  Mensaje original 
> De: Marcelino de la Cruz Rot 
> Fecha: 26/9/2022 2:19 a. m. (GMT-05:00)
> A: r-help-es@r-project.org
> Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación
>
> Hola Ricardo:
>
> Es correcto lo que dices de declarar las variables según su tipo. El
> "problema" con cor() es que explícitamente requiere que las variables
> sean numéricas. Sin embargo, cuando calcula el coeficiente de
> correlación de Kendall (o el de Spearman) lo hace en función del *orden*
> de los valores de esa variable numérica.
> Es decir, no es R el que sabe que Kendall es la prueba que corresponde a
> tus datos, sino tú como usuario, y por eso te pide que incluyas el
> argumento method = "kendall" cuando los datos son ordinales (o cuando
> son numéricos pero por su distribución no puedes confiar en la
> aproximación de Pearson).
>
> Un saludo,
> Marcelino
>
>
> El 26/09/2022 a las 9:00, Ricardo Alva escribió:
> > Amigos gracias por sus respuestas. Disculpen mi ignorancia, pero no se
> > supone que antes de que empezar a trabajar con el data frame, no se
> > debe de declarar el tipo de variable que le corresponde a cada una y
> > así el sistema reconozca si la variable es numérica, ordinal,
> > dicotómoca o categorica? Por ejemplo en este caso, si le pongo
> > numérica a todas las variables, el sistema como va saber que kendall
> > es la prueba que le corresponde a mis datos dado que son ordinales, o
> > este tema de numéricas es sólo una excepción para que corra el algoritmo?
> >
> > Siempre trabajo declarando previamente las variables y no he tenido
> > inconvenientes para ejecutar por ejemplo kmedias, kmodas, kprototipe,
> > PCA, FAMD, o lo estoy haciendo mal?
> >
> > Agradesco sus comentarios.
> >
> >
> >
> >
> >
> > Enviado desde mi Galaxy
> >
> >
> >
> >  Mensaje original 
> > De: Marcelino de la Cruz Rot 
> > Fecha: 26/9/2022 1:06 a. m. (GMT-05:00)
> > A: r-help-es@r-project.org
> > Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación
> >
> > Hola Ricardo:
> >
> > Por precisar lo que dice Emilio, la conversión debe hacerse por
> > columnas, por ejemplo:
> >
> > a <- apply(a, 2, as.numeric)
> >
> > Un saludo,
> > Marcelino
> >
> >
> > El 26/09/2022 a las 7:54, Emilio L. Cano escribió:
> > > Hola Ricardo,
> > >
> > > Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error
> > y la ayuda de la función. Como tus valores están ordenados,
> > simplemente convierte con as.numeric() y ya te funcionará.
> > >
> > > Un saludo,
> > >
> > > Emilio L. Cano
> > > http://emilio.lcano.com
> > >
> > >
> > >
> > >
> > >> El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva 
> > escribió:
> > >>
> > >> Amigos buen día.
> > >> Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera
> > de los 3 métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo
> error.
> > >>
> > >> cor(a,method = 'kendall')
> > >> Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric
> > >>
> > >> a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas
> > ordinales y cargadas desde un archivo de excel que mantiene la
> > siguiente forma:
> > >> agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
> > >> 1 1 2 1 1
> > >> 2 1 5 1 1
> > >> 2 2 41 5
> > >> 2 2 24 1
> > >>
> > >> He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego
> > también como factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas
> > que elijo cualquier método de correlación.
> > >>
> > >> #Convirtiendo todas las variables a factor:
> > >> str(a)
> > >> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
> &g

Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Ricardo Alva]

Muchas gracias por la aclaración, ya me estaba preocupando jajajaja.



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 Mensaje original 
De: Marcelino de la Cruz Rot 
Fecha: 26/9/2022 2:19 a. m. (GMT-05:00)
A: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación

Hola Ricardo:

Es correcto lo que dices de declarar las variables según su tipo. El
"problema" con cor() es que explícitamente requiere que las variables
sean numéricas. Sin embargo, cuando calcula el coeficiente de
correlación de Kendall (o el de Spearman) lo hace en función del *orden*
de los valores de esa variable numérica.
Es decir, no es R el que sabe que Kendall es la prueba que corresponde a
tus datos, sino tú como usuario, y por eso te pide que incluyas el
argumento method = "kendall" cuando los datos son ordinales (o cuando
son numéricos pero por su distribución no puedes confiar en la
aproximación de Pearson).

Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 9:00, Ricardo Alva escribió:
> Amigos gracias por sus respuestas. Disculpen mi ignorancia, pero no se
> supone que antes de que empezar a trabajar con el data frame, no se
> debe de declarar el tipo de variable que le corresponde a cada una y
> así el sistema reconozca si la variable es numérica, ordinal,
> dicotómoca o categorica? Por ejemplo en este caso, si le pongo
> numérica a todas las variables, el sistema como va saber que kendall
> es la prueba que le corresponde a mis datos dado que son ordinales, o
> este tema de numéricas es sólo una excepción para que corra el algoritmo?
>
> Siempre trabajo declarando previamente las variables y no he tenido
> inconvenientes para ejecutar por ejemplo kmedias, kmodas, kprototipe,
> PCA, FAMD, o lo estoy haciendo mal?
>
> Agradesco sus comentarios.
>
>
>
>
>
> Enviado desde mi Galaxy
>
>
>
>  Mensaje original 
> De: Marcelino de la Cruz Rot 
> Fecha: 26/9/2022 1:06 a. m. (GMT-05:00)
> A: r-help-es@r-project.org
> Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación
>
> Hola Ricardo:
>
> Por precisar lo que dice Emilio, la conversión debe hacerse por
> columnas, por ejemplo:
>
> a <- apply(a, 2, as.numeric)
>
> Un saludo,
> Marcelino
>
>
> El 26/09/2022 a las 7:54, Emilio L. Cano escribió:
> > Hola Ricardo,
> >
> > Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error
> y la ayuda de la función. Como tus valores están ordenados,
> simplemente convierte con as.numeric() y ya te funcionará.
> >
> > Un saludo,
> >
> > Emilio L. Cano
> > http://emilio.lcano.com
> >
> >
> >
> >
> >> El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva 
> escribió:
> >>
> >> Amigos buen día.
> >> Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera
> de los 3 métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.
> >>
> >> cor(a,method = 'kendall')
> >> Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric
> >>
> >> a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas
> ordinales y cargadas desde un archivo de excel que mantiene la
> siguiente forma:
> >> agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
> >> 1   1   211
> >> 2   1   511
> >> 2   2   4    15
> >> 2   2   2    41
> >>
> >> He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego
> también como factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas
> que elijo cualquier método de correlación.
> >>
> >> #Convirtiendo todas las variables a factor:
> >> str(a)
> >> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
> >> $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
> >> $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
> >> $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2
> 1 3 4 5 ...
> >> $ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
> >> $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1
> 5 1 3 2 ...
> >>
> >> #Convirtiendo todas las variables a ordinales.
> >> str(a)
> >> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
> >> $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2
> 2 2 ...
> >> $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1&

Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola Ricardo:

Es correcto lo que dices de declarar las variables según su tipo. El 
"problema" con cor() es que explícitamente requiere que las variables 
sean numéricas. Sin embargo, cuando calcula el coeficiente de 
correlación de Kendall (o el de Spearman) lo hace en función del *orden* 
de los valores de esa variable numérica.
Es decir, no es R el que sabe que Kendall es la prueba que corresponde a 
tus datos, sino tú como usuario, y por eso te pide que incluyas el 
argumento method = "kendall" cuando los datos son ordinales (o cuando 
son numéricos pero por su distribución no puedes confiar en la 
aproximación de Pearson).


Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 9:00, Ricardo Alva escribió:
Amigos gracias por sus respuestas. Disculpen mi ignorancia, pero no se 
supone que antes de que empezar a trabajar con el data frame, no se 
debe de declarar el tipo de variable que le corresponde a cada una y 
así el sistema reconozca si la variable es numérica, ordinal, 
dicotómoca o categorica? Por ejemplo en este caso, si le pongo 
numérica a todas las variables, el sistema como va saber que kendall 
es la prueba que le corresponde a mis datos dado que son ordinales, o 
este tema de numéricas es sólo una excepción para que corra el algoritmo?


Siempre trabajo declarando previamente las variables y no he tenido 
inconvenientes para ejecutar por ejemplo kmedias, kmodas, kprototipe, 
PCA, FAMD, o lo estoy haciendo mal?


Agradesco sus comentarios.





Enviado desde mi Galaxy



 Mensaje original 
De: Marcelino de la Cruz Rot 
Fecha: 26/9/2022 1:06 a. m. (GMT-05:00)
A: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación

Hola Ricardo:

Por precisar lo que dice Emilio, la conversión debe hacerse por
columnas, por ejemplo:

a <- apply(a, 2, as.numeric)

Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 7:54, Emilio L. Cano escribió:
> Hola Ricardo,
>
> Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error 
y la ayuda de la función. Como tus valores están ordenados, 
simplemente convierte con as.numeric() y ya te funcionará.

>
> Un saludo,
>
> Emilio L. Cano
> http://emilio.lcano.com
>
>
>
>
>> El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva  
escribió:

>>
>> Amigos buen día.
>> Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera 
de los 3 métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.

>>
>> cor(a,method = 'kendall')
>> Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric
>>
>> a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas 
ordinales y cargadas desde un archivo de excel que mantiene la 
siguiente forma:

>> agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
>> 1   1   211
>> 2   1   511
>> 2   2   4    15
>> 2   2   2    41
>>
>> He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego 
también como factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas 
que elijo cualquier método de correlación.

>>
>> #Convirtiendo todas las variables a factor:
>> str(a)
>> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>> $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
>> $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>> $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 
1 3 4 5 ...

>> $ producto    : Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>> $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 
5 1 3 2 ...

>>
>> #Convirtiendo todas las variables a ordinales.
>> str(a)
>> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>> $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 
2 2 ...

>> $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>> $ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 
5 2 1 3 4 5 ...

>> $ producto    : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>> $ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 
1 1 5 1 3 2 ...

>>
>> Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es 
que las variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo 
cual me parecería algo raro.

>>
>>
>>   [[alternative HTML version deleted

Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Ricardo Alva]

Amigos gracias por sus respuestas. Disculpen mi ignorancia, pero no se supone 
que antes de que empezar a trabajar con el data frame, no se debe de declarar 
el tipo de variable que le corresponde a cada una y así el sistema reconozca si 
la variable es numérica, ordinal, dicotómoca o categorica? Por ejemplo en este 
caso, si le pongo numérica a todas las variables, el sistema como va saber que 
kendall es la prueba que le corresponde a mis datos dado que son ordinales, o 
este tema de numéricas es sólo una excepción para que corra el algoritmo?

Siempre trabajo declarando previamente las variables y no he tenido 
inconvenientes para ejecutar por ejemplo kmedias, kmodas, kprototipe, PCA, 
FAMD, o lo estoy haciendo mal?

Agradesco sus comentarios.





Enviado desde mi Galaxy



 Mensaje original 
De: Marcelino de la Cruz Rot 
Fecha: 26/9/2022 1:06 a. m. (GMT-05:00)
A: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación

Hola Ricardo:

Por precisar lo que dice Emilio, la conversión debe hacerse por
columnas, por ejemplo:

a <- apply(a, 2, as.numeric)

Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 7:54, Emilio L. Cano escribió:
> Hola Ricardo,
>
> Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error y la 
> ayuda de la función. Como tus valores están ordenados, simplemente convierte 
> con as.numeric() y ya te funcionará.
>
> Un saludo,
>
> Emilio L. Cano
> http://emilio.lcano.com
>
>
>
>
>> El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva  escribió:
>>
>> Amigos buen día.
>> Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera de los 3 
>> métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.
>>
>> cor(a,method = 'kendall')
>> Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric
>>
>> a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas ordinales y 
>> cargadas desde un archivo de excel que mantiene la siguiente forma:
>> agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
>> 1   1   211
>> 2   1   511
>> 2   2   4    15
>> 2   2   2    41
>>
>> He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego también 
>> como factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas que elijo 
>> cualquier método de correlación.
>>
>> #Convirtiendo todas las variables a factor:
>> str(a)
>> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>> $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
>> $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>> $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 
>> ...
>> $ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>> $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 
>> ...
>>
>> #Convirtiendo todas las variables a ordinales.
>> str(a)
>> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>> $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
>> $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>> $ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 
>> 5 ...
>> $ producto: Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>> $ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 
>> 3 2 ...
>>
>> Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es que las 
>> variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo cual me 
>> parecería algo raro.
>>
>>
>>   [[alternative HTML version deleted]]
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>> R-help-es mailing list
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España

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Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola Ricardo:

Por precisar lo que dice Emilio, la conversión debe hacerse por 
columnas, por ejemplo:


a <- apply(a, 2, as.numeric)

Un saludo,
Marcelino


El 26/09/2022 a las 7:54, Emilio L. Cano escribió:

Hola Ricardo,

Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error y la ayuda 
de la función. Como tus valores están ordenados, simplemente convierte con 
as.numeric() y ya te funcionará.

Un saludo,

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com





El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva  escribió:

Amigos buen día.
Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera de los 3 
métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.

cor(a,method = 'kendall')
Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric

a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas ordinales y 
cargadas desde un archivo de excel que mantiene la siguiente forma:
agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
1   1   211
2   1   511
2   2   4    15
2   2   2    41

He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego también como 
factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas que elijo cualquier 
método de correlación.

#Convirtiendo todas las variables a factor:
str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
$ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
$ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
$ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 ...
$ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 ...

#Convirtiendo todas las variables a ordinales.
str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
$ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
$ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
$ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 
...
$ producto: Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 
...

Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es que las 
variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo cual me parecería 
algo raro.


[[alternative HTML version deleted]]

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Universidad Rey Juan Carlos
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Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Emilio L. Cano]

Hola Ricardo,

Tienes que convertir las variables a numéricas, como indica el error y la ayuda 
de la función. Como tus valores están ordenados, simplemente convierte con 
as.numeric() y ya te funcionará.

Un saludo,

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com 




> El 26 sept 2022, a las 3:48, Ricardo Alva  escribió:
> 
> Amigos buen día.
> Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera de los 3 
> métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.
> 
> cor(a,method = 'kendall')
> Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric
> 
> a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas ordinales y 
> cargadas desde un archivo de excel que mantiene la siguiente forma:
> agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
> 1   1   211
> 2   1   511
> 2   2   4    15
> 2   2   2    41
> 
> He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego también como 
> factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas que elijo cualquier 
> método de correlación.
> 
> #Convirtiendo todas las variables a factor:
> str(a)
> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
> $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
> $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
> $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 ...
> $ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
> $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 ...
> 
> #Convirtiendo todas las variables a ordinales.
> str(a)
> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
> $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
> $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
> $ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 
> 5 ...
> $ producto: Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
> $ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 
> 2 ...
> 
> Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es que las 
> variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo cual me 
> parecería algo raro.
> 
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Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Ricardo Alva]

Hola buenas.
Estoy tratando de ver el nivel de correlación que existen entre las 5 variables 
que se encuentran detallados en el dataframe, a través de kendall, pero me sale 
ese error. El mismo error me sale si uso pearson o spearman.

El data frame sale desconfigurado en el correo, pero son variables con niveles 
q van desde 1 hasta 5 en algunos casos.



Enviado desde mi Galaxy



 Mensaje original 
De: Jorge I Velez 
Fecha: 25/9/2022 9:01 p. m. (GMT-05:00)
A: Ricardo Alva 
CC: "R-help-es@r-project.org" 
Asunto: Re: [R-es] error en matriz de correlación

Hola Carlos,
Qué quieres hacer exactamente?
Lo que intentas tiene poco sentido.
A lo mejor si nos indicas qué estás buscando sea más fácil ayudarte.
Saludos,
Jorge.-

El El dom, 25 de sep. de 2022 a la(s) 8:48 p. m., Ricardo Alva 
mailto:kalo_a...@hotmail.com>> escribió:
Amigos buen día.
Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera de los 3 
métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.

cor(a,method = 'kendall')
Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric

a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas ordinales y 
cargadas desde un archivo de excel que mantiene la siguiente forma:
agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
1   1   211
2   1   511
2   2   4    15
2   2   2    41

He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego también como 
factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas que elijo cualquier 
método de correlación.

#Convirtiendo todas las variables a factor:
 str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
 $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
 $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
 $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 ...
 $ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 ...

#Convirtiendo todas las variables a ordinales.
str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
 $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
 $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
 $ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 
...
 $ producto: Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 
2 ...

Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es que las 
variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo cual me parecería 
algo raro.


[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] error en matriz de correlación

[Jorge I Velez]

Hola Carlos,
Qué quieres hacer exactamente?
Lo que intentas tiene poco sentido.
A lo mejor si nos indicas qué estás buscando sea más fácil ayudarte.
Saludos,
Jorge.-

El El dom, 25 de sep. de 2022 a la(s) 8:48 p. m., Ricardo Alva <
kalo_a...@hotmail.com> escribió:

> Amigos buen día.
> Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera de los
> 3 métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.
>
> cor(a,method = 'kendall')
> Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric
>
> a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas ordinales
> y cargadas desde un archivo de excel que mantiene la siguiente forma:
> agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
> 1 1 2 1 1
> 2 1 5 1 1
> 2 2 41 5
> 2 2 24 1
>
> He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego también
> como factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas que elijo
> cualquier método de correlación.
>
> #Convirtiendo todas las variables a factor:
>  str(a)
> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>  $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
>  $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>  $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4
> 5 ...
>  $ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>  $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3
> 2 ...
>
> #Convirtiendo todas las variables a ordinales.
> str(a)
> 'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
>  $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2
> ...
>  $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
>  $ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 5 2 1
> 3 4 5 ...
>  $ producto: Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>  $ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 1 1 5
> 1 3 2 ...
>
> Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es que las
> variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo cual me
> parecería algo raro.
>
>
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>
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[R-es] error en matriz de correlación

[Ricardo Alva]

Amigos buen día.
Estoy intentando generar la matriz de correlaciones por cualquiera de los 3 
métodos de la función cor, pero siempre me arroja el mismo error.

cor(a,method = 'kendall')
Error in cor(a, method = "kendall") : 'x' must be numeric

a es un data frame con 61 filas, compuesto de 5 variables, todas ordinales y 
cargadas desde un archivo de excel que mantiene la siguiente forma:
agencia|personeria|constitucion|producto|actividad
1   1   211
2   1   511
2   2   4    15
2   2   2    41

He tratado consignado todas las variables como ordinales y luego también como 
factor, pero me sigue saliendo el mismo error, por mas que elijo cualquier 
método de correlación.

#Convirtiendo todas las variables a factor:
 str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
 $ agencia : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
 $ personeria  : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
 $ constitucion: Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 ...
 $ producto: Factor w/ 2 levels "1","4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ actividad   : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 2 ...

#Convirtiendo todas las variables a ordinales.
str(a)
'data.frame': 61 obs. of  5 variables:
 $ agencia : Ord.factor w/ 3 levels "1"<"2"<"3": 1 2 2 2 2 2 1 2 2 2 ...
 $ personeria  : Ord.factor w/ 2 levels "1"<"2": 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ...
 $ constitucion: Ord.factor w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4"<..: 2 2 2 2 5 2 1 3 4 5 
...
 $ producto: Ord.factor w/ 2 levels "1"<"4": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ actividad   : Ord.factor  w/ 5 levels "1"<"2"<"3"<"4",..: 1 1 1 1 1 1 5 1 3 
2 ...

Por favor alguien que me pueda decir que estoy haciendo mal, o es que las 
variables en el archivo de excel deben de estar en texto?, lo cual me parecería 
algo raro.


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Re: [R-es] Error - subscript out of bounds

[Carlos Santos]

grande Diego grande, si señor, u estaba medio loco y no sabia por donde
tirar

Ahora si funciono todo, ya no da el error y ya ajuste los import, dplyr ya
lo tenia pero no apuntaba el filter y tampoco ya da el aviso de NOTE claro

Un millón de gracias Diego,

un saludo cordial
Carlos




El mar, 2 nov 2021 a las 17:42, Diego Hernangómez Herrero (<
diego.hernangomezherr...@gmail.com>) escribió:

>
> Buenas,
>
> Puede ser que el filter que esté aplicando en tu función sea el de dplyr?
>
>
> Tienes la opción de llamar la función con stats::filter en lugar de
> filter, y no importarla. Yo probaría tu función sustituyendo el filter con
> dplyr::filter y stats::filter, para empezar a entender exactamente la
> función que estás llamando.
>
> En cuanto a la NOTE, una vez que tengas identificada la función filter,
> añade el paquete (dplyr or stats) en DESCRIPTION Imports
>
> El El mar, 2 nov 2021 a las 7:05, Carlos Santos <
> carlossantos@gmail.com> escribió:
>
>> Hola, cono estan
>>
>> Estoy haciendo un package y resulta que un bucle foreach, me da el error
>> de  subscript out of bounds, cuando le incluyo dentro del package el
>> import
>> de las librerias
>>
>> @ importFrom stats dist filter
>>
>> Pero si no le incluyo el import, entonces el bucle funciona correctamente.
>> el problema es que si no le incluyo el importfrom correspondiente de esas
>> librerias, entonces al chequear el pakcage salen NOTES de que seria bueno
>> incluirlas.
>>
>> Y en este punto, estoy perdido por mas que leo el bucle, a ver si alguien
>> me da luz en esta oscuridad en la que me encuentro.
>>
>> Muchas gracias a todos, un saludo cordial
>>
>> les incluyo el bucle:
>>
>>  results1 <- foreach(i=1:rr, .combine = "c", .packages=c("foreach", "irr",
>> "magrittr", "stats", "dplyr")) %dopar% {
>> smc <- sum(data3[i,1:rr]==max(data3[i,1:rr]))
>> RECEPTOR <- as.data.frame(matrix(0, ncol=2, nrow = smc))
>> EMISOR <- data2[i,1]
>> RECEPTOR[,1] <- data2[which(as.vector(data3[i,])==max(data3[i,])),1]
>> #
>> cluster receptores con mayor coincidencia
>> for (y in smc) {
>>   RECEPTOR[y,2] <- data1[1:numvar+1] %>%
>> filter(data1$Clus.Multi.OPTIMO
>> %in% c(EMISOR,RECEPTOR[y,1])) %>%
>> head() %>% kappam.fleiss() %$% value + 1
>> }
>> data4[i,1] <- as.numeric(which(data2[,1] ==
>> RECEPTOR[which.max(RECEPTOR[,2]),1]))[1]
>>   }
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
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Re: [R-es] Error - subscript out of bounds

[Diego Hernangómez Herrero]

Buenas,

Puede ser que el filter que esté aplicando en tu función sea el de dplyr?


Tienes la opción de llamar la función con stats::filter en lugar de filter,
y no importarla. Yo probaría tu función sustituyendo el filter con
dplyr::filter y stats::filter, para empezar a entender exactamente la
función que estás llamando.

En cuanto a la NOTE, una vez que tengas identificada la función filter,
añade el paquete (dplyr or stats) en DESCRIPTION Imports

El El mar, 2 nov 2021 a las 7:05, Carlos Santos 
escribió:

> Hola, cono estan
>
> Estoy haciendo un package y resulta que un bucle foreach, me da el error
> de  subscript out of bounds, cuando le incluyo dentro del package el import
> de las librerias
>
> @ importFrom stats dist filter
>
> Pero si no le incluyo el import, entonces el bucle funciona correctamente.
> el problema es que si no le incluyo el importfrom correspondiente de esas
> librerias, entonces al chequear el pakcage salen NOTES de que seria bueno
> incluirlas.
>
> Y en este punto, estoy perdido por mas que leo el bucle, a ver si alguien
> me da luz en esta oscuridad en la que me encuentro.
>
> Muchas gracias a todos, un saludo cordial
>
> les incluyo el bucle:
>
>  results1 <- foreach(i=1:rr, .combine = "c", .packages=c("foreach", "irr",
> "magrittr", "stats", "dplyr")) %dopar% {
> smc <- sum(data3[i,1:rr]==max(data3[i,1:rr]))
> RECEPTOR <- as.data.frame(matrix(0, ncol=2, nrow = smc))
> EMISOR <- data2[i,1]
> RECEPTOR[,1] <- data2[which(as.vector(data3[i,])==max(data3[i,])),1]  #
> cluster receptores con mayor coincidencia
> for (y in smc) {
>   RECEPTOR[y,2] <- data1[1:numvar+1] %>% filter(data1$Clus.Multi.OPTIMO
> %in% c(EMISOR,RECEPTOR[y,1])) %>%
> head() %>% kappam.fleiss() %$% value + 1
> }
> data4[i,1] <- as.numeric(which(data2[,1] ==
> RECEPTOR[which.max(RECEPTOR[,2]),1]))[1]
>   }
>
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[R-es] Error - subscript out of bounds

[Carlos Santos]

Hola, cono estan

Estoy haciendo un package y resulta que un bucle foreach, me da el error
de  subscript out of bounds, cuando le incluyo dentro del package el import
de las librerias

@ importFrom stats dist filter

Pero si no le incluyo el import, entonces el bucle funciona correctamente.
el problema es que si no le incluyo el importfrom correspondiente de esas
librerias, entonces al chequear el pakcage salen NOTES de que seria bueno
incluirlas.

Y en este punto, estoy perdido por mas que leo el bucle, a ver si alguien
me da luz en esta oscuridad en la que me encuentro.

Muchas gracias a todos, un saludo cordial

les incluyo el bucle:

 results1 <- foreach(i=1:rr, .combine = "c", .packages=c("foreach", "irr",
"magrittr", "stats", "dplyr")) %dopar% {
smc <- sum(data3[i,1:rr]==max(data3[i,1:rr]))
RECEPTOR <- as.data.frame(matrix(0, ncol=2, nrow = smc))
EMISOR <- data2[i,1]
RECEPTOR[,1] <- data2[which(as.vector(data3[i,])==max(data3[i,])),1]  #
cluster receptores con mayor coincidencia
for (y in smc) {
  RECEPTOR[y,2] <- data1[1:numvar+1] %>% filter(data1$Clus.Multi.OPTIMO
%in% c(EMISOR,RECEPTOR[y,1])) %>%
head() %>% kappam.fleiss() %$% value + 1
}
data4[i,1] <- as.numeric(which(data2[,1] ==
RECEPTOR[which.max(RECEPTOR[,2]),1]))[1]
  }

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Re: [R-es] Error subscript out of bounds

[Carlos Santos]

Hola a todos,

Estoy haciendo un package y resulta que un bucle foreach, me da el error
de  subscript out of bounds, cuando le incluyo dentro del package el import
de las librerias

@ importFrom stats dist filter

Pero si no le incluyo el import, entonces el bucle funciona correctamente.
el problema es que si no le incluyo el importfrom correspondiente de esas
librerias, entonces al chequear el pakcage salen NOTES de que seria bueno
incluirlas.

Y en este punto, estoy perdido por mas que leo el bucle, a ver si alguien
me da luz en esta oscuridad en la que me encuentro.

Muchas gracias a todos, un saludo cordial

les incluyo el bucle:

 results1 <- foreach(i=1:rr, .combine = "c", .packages=c("foreach", "irr",
"magrittr", "stats", "dplyr")) %dopar% {
smc <- sum(data3[i,1:rr]==max(data3[i,1:rr]))
RECEPTOR <- as.data.frame(matrix(0, ncol=2, nrow = smc))
EMISOR <- data2[i,1]
RECEPTOR[,1] <- data2[which(as.vector(data3[i,])==max(data3[i,])),1]  #
cluster receptores con mayor coincidencia
for (y in smc) {
  RECEPTOR[y,2] <- data1[1:numvar+1] %>% filter(data1$Clus.Multi.OPTIMO
%in% c(EMISOR,RECEPTOR[y,1])) %>%
head() %>% kappam.fleiss() %$% value + 1
}
data4[i,1] <- as.numeric(which(data2[,1] ==
RECEPTOR[which.max(RECEPTOR[,2]),1]))[1]
  }

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[R-es] Error in { : task 1 failed - "subscript out of bounds"

[Carlos Santos]

Hola, cono estan

Estoy haciendo un package y resulta que un bucle foreach, me da el error
de  subscript out of bounds, cuando le incluyo dentro del package el import
de las librerias

@ importFrom stats dist filter

Pero si no le incluyo el import, entonces el bucle funciona correctamente.
el problema es que si no le incluyo el importfrom correspondiente de esas
librerias, entonces al chequear el pakcage salen NOTES de que seria bueno
incluirlas.

Y en este punto, estoy perdido por mas que leo el bucle, a ver si alguien
me da luz en esta oscuridad en la que me encuentro.

Muchas gracias a todos, un saludo cordial

les incluyo el bucle:

 results1 <- foreach(i=1:rr, .combine = "c", .packages=c("foreach", "irr",
"magrittr", "stats", "dplyr")) %dopar% {
smc <- sum(data3[i,1:rr]==max(data3[i,1:rr]))
RECEPTOR <- as.data.frame(matrix(0, ncol=2, nrow = smc))
EMISOR <- data2[i,1]
RECEPTOR[,1] <- data2[which(as.vector(data3[i,])==max(data3[i,])),1]  #
cluster receptores con mayor coincidencia
for (y in smc) {
  RECEPTOR[y,2] <- data1[1:numvar+1] %>% filter(data1$Clus.Multi.OPTIMO
%in% c(EMISOR,RECEPTOR[y,1])) %>%
head() %>% kappam.fleiss() %$% value + 1
}
data4[i,1] <- as.numeric(which(data2[,1] ==
RECEPTOR[which.max(RECEPTOR[,2]),1]))[1]
  }

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Re: [R-es] Error al cargar paquetes después de reinstalar R y Rstudio (Urgente)

[Manuel Mendoza]

Gracias Carlos, estaba a punto de escribirte para decirte que todo parece
resuelto. Al reiniciar el ordenador, Microsoft me ha preguntado si quería
recomponer Onedrive, o algo así. Ha hecho no sé qué en 14 pasos, y todo
parece estar ya normal. ¡Me he agobiado un montón!
Gracias de nuevo,
Manuel

El vie, 22 oct 2021 a las 9:51, Carlos Ortega ()
escribió:

> Hola,
>
> Creo que el error que tienes, supongo que estás en Windows, es que no has
> instalado las RTools...
>
> La secuencia de instalación que te sugiero es esta:
> 1. RTools.
> 2. R
> 3. RStudio
>
> Saludos,
> Carlos Ortega.
> www.qualityexcellence.es
>
> El vie, 22 oct 2021 a las 8:52, Emilio L. Cano ()
> escribió:
>
>> Manuel,
>>
>> Yo cuando actualizo me gusta empezar de cero, en vez de “como estaba ayer
>> tarde”. No obstante hay formas de hacerlo, básicamente copiar todos los
>> directorios de paquetes de la versión anterior en la carpeta de paquetes de
>> la versión nueva, y hacer un update.packages con el argumento adecuado para
>> que compruebe la versión.
>>
>> Dicho esto, el error que te sale puede ser porque estás intentando
>> instalar el paquete desde los fuentes y tiene que compilar. En RStudio, al
>> instalar paquetes si detecta una versión más actual pero que necesita
>> compilación, nos pregunta si queremos instalar la más reciente. Si le
>> decimos que sí, pero no tenemos las herramientas de desarrollo, entonces no
>> puede instalarla. Si te hace esa pregunta, mejor responde No y así no te
>> dará error al instalar paquetes.
>>
>> Un saludo,
>> Emilio
>>
>> Emilio L. Cano
>> http://emilio.lcano.com
>>
>>
>>
>>
>> > El 22 oct 2021, a las 7:49, Manuel Mendoza 
>> escribió:
>> >
>> > Buenos días, después de reinstalar R y Rstudio me da este error:
>> >
>> > Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in
>> library.dynam(lib,
>> > package, package.lib):
>> > DLL ‘rlang’ not found: maybe not installed for this architecture?
>> > In addition: Warning message:
>> > package ‘ggplot2’ was built under R version 4.0.5
>> >
>> > Lo ideal sería recuperar cómo estaba todo ayer tarde, pero supongo que
>> ya
>> > no se puede.
>> >
>> > Gracias por ayudarme cuanto antes, puesto que esta tarde tengo un curso.
>> > Manuel
>> >
>> >   [[alternative HTML version deleted]]
>> >
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> Saludos,
> Carlos Ortega
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Re: [R-es] Error al cargar paquetes después de reinstalar R y Rstudio (Urgente)

[Emilio L. Cano]

Manuel,

Yo cuando actualizo me gusta empezar de cero, en vez de “como estaba ayer 
tarde”. No obstante hay formas de hacerlo, básicamente copiar todos los 
directorios de paquetes de la versión anterior en la carpeta de paquetes de la 
versión nueva, y hacer un update.packages con el argumento adecuado para que 
compruebe la versión.

Dicho esto, el error que te sale puede ser porque estás intentando instalar el 
paquete desde los fuentes y tiene que compilar. En RStudio, al instalar 
paquetes si detecta una versión más actual pero que necesita compilación, nos 
pregunta si queremos instalar la más reciente. Si le decimos que sí, pero no 
tenemos las herramientas de desarrollo, entonces no puede instalarla. Si te 
hace esa pregunta, mejor responde No y así no te dará error al instalar 
paquetes.

Un saludo,
Emilio

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com 




> El 22 oct 2021, a las 7:49, Manuel Mendoza  
> escribió:
> 
> Buenos días, después de reinstalar R y Rstudio me da este error:
> 
> Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in library.dynam(lib,
> package, package.lib):
> DLL ‘rlang’ not found: maybe not installed for this architecture?
> In addition: Warning message:
> package ‘ggplot2’ was built under R version 4.0.5
> 
> Lo ideal sería recuperar cómo estaba todo ayer tarde, pero supongo que ya
> no se puede.
> 
> Gracias por ayudarme cuanto antes, puesto que esta tarde tengo un curso.
> Manuel
> 
>   [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Error al cargar paquetes después de reinstalar R y Rstudio (Urgente)

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola:
Vas a tener que ir actualizando todos los paquetes para los que te de 
error al cargar, es decir:


install.packages("rlang", dependencies =TRUE)

Suerte!
Marcelino

El 22/10/2021 a las 7:49, Manuel Mendoza escribió:

Buenos días, después de reinstalar R y Rstudio me da este error:

Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in library.dynam(lib,
package, package.lib):
  DLL ‘rlang’ not found: maybe not installed for this architecture?
In addition: Warning message:
package ‘ggplot2’ was built under R version 4.0.5

Lo ideal sería recuperar cómo estaba todo ayer tarde, pero supongo que ya
no se puede.

Gracias por ayudarme cuanto antes, puesto que esta tarde tengo un curso.
Manuel

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[R-es] Error al cargar paquetes después de reinstalar R y Rstudio (Urgente)

[Manuel Mendoza]

Buenos días, después de reinstalar R y Rstudio me da este error:

Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in library.dynam(lib,
package, package.lib):
 DLL ‘rlang’ not found: maybe not installed for this architecture?
In addition: Warning message:
package ‘ggplot2’ was built under R version 4.0.5

Lo ideal sería recuperar cómo estaba todo ayer tarde, pero supongo que ya
no se puede.

Gracias por ayudarme cuanto antes, puesto que esta tarde tengo un curso.
Manuel

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[R-es] Error singular gradient

[william felipe campos perez]

Buenas noches, actualmente presento el error de singular gradient al tratar
de ajustar el modelo de crecimiento de Von Bertalanffy para ejercicio
forestal.

el codigo es el siguiente
install.packages("readxl")
library(readxl)

datos <- read_excel("CC.xlsx")
datos

install.packages("nls2")
library(nls2)
install.packages("proto")
library(proto)
install.packages("nlstools")
library(nlstools)
library(nlsMicrobio)

control=nls.control(maxiter=1000)
modelVB <- nls(IPA ~ (b0*MC^b1)+b2*MC, data=datos,
start=list(b0=1,b1=0.5,b2=2), control=control, trace=T)
summary(modelVB)

los datos los siguientes

 MC   IPA

 1  12.5  9.50
 2  17.5 13.3
 3  22.5 22.5
 4  27.5 25.3
 5  32.5 34.6
 6  37.5 41.4
 7  42.5 54.3
 8  47.5 62.4
 9  52.5 63.8
10  57.5 56.9

Muchas gracias

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[R-es] Error Minfactor

[william felipe campos perez]

Buenas tardes, presento inconvenientes ajustar el modelo de crecimiento de
Gompertz, le doy unos valores iniciales y me arroja el siguiente error: Warning
message:
In nls(IPA ~ (b0 * MC * log(b1/MC)), data = datos, start = list(b0 = 0.06,
 :
  step factor 0.000488281 reduced below 'minFactor' of 0.000976562

El código es el siguiente

install.packages("readxl")
library(readxl)

datos <- read_excel("CC.xlsx")
datos

install.packages("nls2")
library(nls2)
install.packages("proto")
library(proto)
install.packages("nlstools")
library(nlstools)
library(nlsMicrobio)

control=nls.control(warnOnly = TRUE)
modelgmp <- nls(IPA ~ (b0*MC*log(b1/MC)), data=datos,
start=list(b0=0.06,b1=100), control=control, trace=T)
summary(modelgmp)

los datos son:
 MC   IPA

 1  12.5  9.50
 2  17.5 13.3
 3  22.5 22.5
 4  27.5 25.3
 5  32.5 34.6
 6  37.5 41.4
 7  42.5 54.3
 8  47.5 62.4
 9  52.5 63.8
10  57.5 56.9

Muchas gracias

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Re: [R-es] error con grid.arrange

[Manuel Mendoza]

Gracias Jorge, antes de consultaros estuve viendo varios ejemplos, tratando
de seguirlos con detalle, pero no funcionaba. Sospecho que es porque los
elementos no son simples df sino:
 [1] "data.frame" "partial".

El mar, 6 abr 2021 a las 20:52, Jorge I Velez ()
escribió:

> Manuel,
> Quizás los ejemplos en
> www.sthda.com/english/wiki/wiki.php?id_contents=7930 te ayuden.
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
> El El mar, 6 de abr. de 2021 a la(s) 1:30 p. m., Manuel Mendoza <
> mmend...@fulbrightmail.org> escribió:
>
>> Muy buenas, trato de poner 5 ggplots juntos con  grid.arrange y me da este
>> error:
>>
>> > grid.arrange(pdpPL, pdpPs, pdpCl, pdpUr, pdpHP, nrow = 1)
>>
>> Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "wrapvp", value = list(x = 0.5, y =
>> 0.5,
>>  :
>>   replacement has 17 rows, data has 30
>>
>>
>> Algunas pistas (todo igual para los 5 PDPs):
>>
>> > class(pdpPL)
>> [1] "data.frame" "partial"
>>
>> > head(pdpPL)
>>   PrimLand   yhat
>> 1 0.00 0.12917927
>> 2 0.02 0.17702830
>> 3 0.04 0.13464397
>> 4 0.06 0.15734838
>> 5 0.08 0.11623142
>> 6 0.10 0.05936711
>>
>> > str(pdpPL)
>> Classes ‘partial’ and 'data.frame': 51 obs. of  2 variables:
>>  $ PrimLand: num  0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0.12 0.14 0.16 0.18 ...
>>  $ yhat: num  0.129 0.177 0.135 0.157 0.116 ...
>>
>> Gracias,
>> Manuel
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
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>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
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> Sent from my phone. Please excuse my brevity and misspelling.
>

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[R-es] error con grid.arrange

[Manuel Mendoza]

Muy buenas, trato de poner 5 ggplots juntos con  grid.arrange y me da este
error:

> grid.arrange(pdpPL, pdpPs, pdpCl, pdpUr, pdpHP, nrow = 1)

Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "wrapvp", value = list(x = 0.5, y = 0.5,
 :
  replacement has 17 rows, data has 30


Algunas pistas (todo igual para los 5 PDPs):

> class(pdpPL)
[1] "data.frame" "partial"

> head(pdpPL)
  PrimLand   yhat
1 0.00 0.12917927
2 0.02 0.17702830
3 0.04 0.13464397
4 0.06 0.15734838
5 0.08 0.11623142
6 0.10 0.05936711

> str(pdpPL)
Classes ‘partial’ and 'data.frame': 51 obs. of  2 variables:
 $ PrimLand: num  0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0.12 0.14 0.16 0.18 ...
 $ yhat: num  0.129 0.177 0.135 0.157 0.116 ...

Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] Error Normality test

[Andrea Guerrero]

Buenas noches,

Muchas gracias por vuestras respuestas, me han sido de gran ayuda. Mañana
lo probaré y seguro que lo consigo solucionar.

Un saludo,

Andrea.

El lun, 1 mar 2021 a las 14:03, José Trujillo Carmona ()
escribió:

> Está usando normalidad simultánea o multivariante.
>
> Para las variables redundantes, como dice Emilio, no es necesario
> incluirlas en el conjunto. Si un conjunto de variables son una
> distribución normal multivariante, sus combinaciones lineales también lo
> son.
>
> Salud.
>
> El 1/3/21 a las 12:57, Emilio L. Cano escribió:
> > Pues lo que decía, probar con menos variables y encontrar las que puedan
> dar problemas. Puede ser porque sean casi idénticas (que sean parecidas no
> es suficiente) o que sean combinaciones lineales (por ejemplo si en los
> datos originales hay alguna variable que se calcula con otras)
> >
> >> El 1 mar 2021, a las 12:03, Andrea Guerrero 
> escribió:
> >>
> >> Hola Emilio,
> >>
> >> Gracias por su rápida respuesta. Cada columna es una variable y todas
> son numéricas, sin embargo, creo que, tal y como comenta, puede deberse a
> que algunas son parecidas. En este caso, que debería hacer para
> solucionarlo?
> >>
> >> Muchas gracias por su tiempo.
> >>
> >> Un saludo,
> >>
> >> Andrea.
> >>
> >> El lun, 1 mar 2021 a las 11:15, Emilio L. Cano ( >) escribió:
> >> Andrea,
> >>
> >> ¿Puede ser que haya columnas muy parecidas (incluso idénticas)? El
> error que da es típico cuando pasa esto. Si no estás segura, puedes probar
> a ejecutar la función añadiendo las columnas de una en una, a ver cuál está
> produciendo el error.
> >> El hecho de que funcione al trasponer la matriz no implica que esté
> bien hecho, lo importante es que cada columna sea una variable. Asegúrate
> también de que las variables son numéricas.
> >>
> >> Un saludo,
> >> Emilio
> >>
> >>> El 1 mar 2021, a las 10:41, Andrea Guerrero  > escribió:
> >>>
> >>> Buenos días a todos,
> >>>
> >>> Tengo una duda que no sé como resolver. Estoy intentando hacer un
> *Normality
> >>> test *en varios de mis datasets con la función *mshapiro.test* del
> paquete*
> >>> mvnormtest*. Sin embargo, en algunos de ellos me aparece el siguiente
> error:
> >>>
> >>>
> >>> *Error in solve.default(R %*% t(R), tol = 1e-18) :  system is
> >>> computationally singular: reciprocal condition number = 7.19719e-20*
> >>>
> >>> He conseguido solucionar el error en un par de datasets mediante la
> *función
> >>> t()*, sin embargo, me sigue saliendo en otros  y no sé cómo
> solucionarlo.
> >>> Por si sirve de algo, este es el procedimiento que he seguido para
> hacer el
> >>> Normality test:
> >>>
>  library(mvnormtest)
>  ResD<-as.matrix(allom$residuals)
>  ResD2<-t(ResD)
>  Resultado<-as.matrix(ResD2)
>  mshapiro.test(Resultado)
> >>> Agradecería mucho si alguien me pudiera ayudara a solucionar este
> error.
> >>>
> >>> Muchas gracias y disculpen las molestias.
> >>>
> >>>[[alternative HTML version deleted]]
> >>>
> >>> ___
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es>
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Re: [R-es] Error Normality test

[José Trujillo Carmona]

Está usando normalidad simultánea o multivariante.

Para las variables redundantes, como dice Emilio, no es necesario 
incluirlas en el conjunto. Si un conjunto de variables son una 
distribución normal multivariante, sus combinaciones lineales también lo 
son.


Salud.

El 1/3/21 a las 12:57, Emilio L. Cano escribió:

Pues lo que decía, probar con menos variables y encontrar las que puedan dar 
problemas. Puede ser porque sean casi idénticas (que sean parecidas no es 
suficiente) o que sean combinaciones lineales (por ejemplo si en los datos 
originales hay alguna variable que se calcula con otras)


El 1 mar 2021, a las 12:03, Andrea Guerrero  escribió:

Hola Emilio,

Gracias por su rápida respuesta. Cada columna es una variable y todas son 
numéricas, sin embargo, creo que, tal y como comenta, puede deberse a que 
algunas son parecidas. En este caso, que debería hacer para solucionarlo?

Muchas gracias por su tiempo.

Un saludo,

Andrea.

El lun, 1 mar 2021 a las 11:15, Emilio L. Cano (mailto:emilopezc...@gmail.com>>) escribió:
Andrea,

¿Puede ser que haya columnas muy parecidas (incluso idénticas)? El error que da 
es típico cuando pasa esto. Si no estás segura, puedes probar a ejecutar la 
función añadiendo las columnas de una en una, a ver cuál está produciendo el 
error.
El hecho de que funcione al trasponer la matriz no implica que esté bien hecho, 
lo importante es que cada columna sea una variable. Asegúrate también de que 
las variables son numéricas.

Un saludo,
Emilio


El 1 mar 2021, a las 10:41, Andrea Guerrero mailto:guerb...@gmail.com>> escribió:

Buenos días a todos,

Tengo una duda que no sé como resolver. Estoy intentando hacer un *Normality
test *en varios de mis datasets con la función *mshapiro.test* del paquete*
mvnormtest*. Sin embargo, en algunos de ellos me aparece el siguiente error:


*Error in solve.default(R %*% t(R), tol = 1e-18) :  system is
computationally singular: reciprocal condition number = 7.19719e-20*

He conseguido solucionar el error en un par de datasets mediante la *función
t()*, sin embargo, me sigue saliendo en otros  y no sé cómo solucionarlo.
Por si sirve de algo, este es el procedimiento que he seguido para hacer el
Normality test:


library(mvnormtest)
ResD<-as.matrix(allom$residuals)
ResD2<-t(ResD)
Resultado<-as.matrix(ResD2)
mshapiro.test(Resultado)

Agradecería mucho si alguien me pudiera ayudara a solucionar este error.

Muchas gracias y disculpen las molestias.

   [[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Error Normality test

[Emilio L. Cano]

Pues lo que decía, probar con menos variables y encontrar las que puedan dar 
problemas. Puede ser porque sean casi idénticas (que sean parecidas no es 
suficiente) o que sean combinaciones lineales (por ejemplo si en los datos 
originales hay alguna variable que se calcula con otras)

> El 1 mar 2021, a las 12:03, Andrea Guerrero  escribió:
> 
> Hola Emilio,
> 
> Gracias por su rápida respuesta. Cada columna es una variable y todas son 
> numéricas, sin embargo, creo que, tal y como comenta, puede deberse a que 
> algunas son parecidas. En este caso, que debería hacer para solucionarlo?
> 
> Muchas gracias por su tiempo.
> 
> Un saludo,
> 
> Andrea.
> 
> El lun, 1 mar 2021 a las 11:15, Emilio L. Cano ( >) escribió:
> Andrea,
> 
> ¿Puede ser que haya columnas muy parecidas (incluso idénticas)? El error que 
> da es típico cuando pasa esto. Si no estás segura, puedes probar a ejecutar 
> la función añadiendo las columnas de una en una, a ver cuál está produciendo 
> el error. 
> El hecho de que funcione al trasponer la matriz no implica que esté bien 
> hecho, lo importante es que cada columna sea una variable. Asegúrate también 
> de que las variables son numéricas.
> 
> Un saludo,
> Emilio
> 
> > El 1 mar 2021, a las 10:41, Andrea Guerrero  > > escribió:
> > 
> > Buenos días a todos,
> > 
> > Tengo una duda que no sé como resolver. Estoy intentando hacer un *Normality
> > test *en varios de mis datasets con la función *mshapiro.test* del paquete*
> > mvnormtest*. Sin embargo, en algunos de ellos me aparece el siguiente error:
> > 
> > 
> > *Error in solve.default(R %*% t(R), tol = 1e-18) :  system is
> > computationally singular: reciprocal condition number = 7.19719e-20*
> > 
> > He conseguido solucionar el error en un par de datasets mediante la *función
> > t()*, sin embargo, me sigue saliendo en otros  y no sé cómo solucionarlo.
> > Por si sirve de algo, este es el procedimiento que he seguido para hacer el
> > Normality test:
> > 
> >> library(mvnormtest)
> >> ResD<-as.matrix(allom$residuals)
> >> ResD2<-t(ResD)
> >> Resultado<-as.matrix(ResD2)
> >> mshapiro.test(Resultado)
> > 
> > Agradecería mucho si alguien me pudiera ayudara a solucionar este error.
> > 
> > Muchas gracias y disculpen las molestias.
> > 
> >   [[alternative HTML version deleted]]
> > 
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Re: [R-es] Error Normality test

[Andrea Guerrero]

Hola Emilio,

Gracias por su rápida respuesta. Cada columna es una variable y todas son
numéricas, sin embargo, creo que, tal y como comenta, puede deberse a que
algunas son parecidas. En este caso, que debería hacer para solucionarlo?

Muchas gracias por su tiempo.

Un saludo,

Andrea.

El lun, 1 mar 2021 a las 11:15, Emilio L. Cano ()
escribió:

> Andrea,
>
> ¿Puede ser que haya columnas muy parecidas (incluso idénticas)? El error
> que da es típico cuando pasa esto. Si no estás segura, puedes probar a
> ejecutar la función añadiendo las columnas de una en una, a ver cuál está
> produciendo el error.
> El hecho de que funcione al trasponer la matriz no implica que esté bien
> hecho, lo importante es que cada columna sea una variable. Asegúrate
> también de que las variables son numéricas.
>
> Un saludo,
> Emilio
>
> > El 1 mar 2021, a las 10:41, Andrea Guerrero 
> escribió:
> >
> > Buenos días a todos,
> >
> > Tengo una duda que no sé como resolver. Estoy intentando hacer un
> *Normality
> > test *en varios de mis datasets con la función *mshapiro.test* del
> paquete*
> > mvnormtest*. Sin embargo, en algunos de ellos me aparece el siguiente
> error:
> >
> >
> > *Error in solve.default(R %*% t(R), tol = 1e-18) :  system is
> > computationally singular: reciprocal condition number = 7.19719e-20*
> >
> > He conseguido solucionar el error en un par de datasets mediante la
> *función
> > t()*, sin embargo, me sigue saliendo en otros  y no sé cómo solucionarlo.
> > Por si sirve de algo, este es el procedimiento que he seguido para hacer
> el
> > Normality test:
> >
> >> library(mvnormtest)
> >> ResD<-as.matrix(allom$residuals)
> >> ResD2<-t(ResD)
> >> Resultado<-as.matrix(ResD2)
> >> mshapiro.test(Resultado)
> >
> > Agradecería mucho si alguien me pudiera ayudara a solucionar este error.
> >
> > Muchas gracias y disculpen las molestias.
> >
> >   [[alternative HTML version deleted]]
> >
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Re: [R-es] Error Normality test

[Emilio L. Cano]

Andrea,

¿Puede ser que haya columnas muy parecidas (incluso idénticas)? El error que da 
es típico cuando pasa esto. Si no estás segura, puedes probar a ejecutar la 
función añadiendo las columnas de una en una, a ver cuál está produciendo el 
error. 
El hecho de que funcione al trasponer la matriz no implica que esté bien hecho, 
lo importante es que cada columna sea una variable. Asegúrate también de que 
las variables son numéricas.

Un saludo,
Emilio

> El 1 mar 2021, a las 10:41, Andrea Guerrero  escribió:
> 
> Buenos días a todos,
> 
> Tengo una duda que no sé como resolver. Estoy intentando hacer un *Normality
> test *en varios de mis datasets con la función *mshapiro.test* del paquete*
> mvnormtest*. Sin embargo, en algunos de ellos me aparece el siguiente error:
> 
> 
> *Error in solve.default(R %*% t(R), tol = 1e-18) :  system is
> computationally singular: reciprocal condition number = 7.19719e-20*
> 
> He conseguido solucionar el error en un par de datasets mediante la *función
> t()*, sin embargo, me sigue saliendo en otros  y no sé cómo solucionarlo.
> Por si sirve de algo, este es el procedimiento que he seguido para hacer el
> Normality test:
> 
>> library(mvnormtest)
>> ResD<-as.matrix(allom$residuals)
>> ResD2<-t(ResD)
>> Resultado<-as.matrix(ResD2)
>> mshapiro.test(Resultado)
> 
> Agradecería mucho si alguien me pudiera ayudara a solucionar este error.
> 
> Muchas gracias y disculpen las molestias.
> 
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[R-es] Error Normality test

[Andrea Guerrero]

Buenos días a todos,

Tengo una duda que no sé como resolver. Estoy intentando hacer un *Normality
test *en varios de mis datasets con la función *mshapiro.test* del paquete*
mvnormtest*. Sin embargo, en algunos de ellos me aparece el siguiente error:


*Error in solve.default(R %*% t(R), tol = 1e-18) :  system is
computationally singular: reciprocal condition number = 7.19719e-20*

He conseguido solucionar el error en un par de datasets mediante la *función
t()*, sin embargo, me sigue saliendo en otros  y no sé cómo solucionarlo.
Por si sirve de algo, este es el procedimiento que he seguido para hacer el
Normality test:

> library(mvnormtest)
>ResD<-as.matrix(allom$residuals)
> ResD2<-t(ResD)
> Resultado<-as.matrix(ResD2)
> mshapiro.test(Resultado)

Agradecería mucho si alguien me pudiera ayudara a solucionar este error.

Muchas gracias y disculpen las molestias.

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Re: [R-es] Error al cargar el paquete tidyr

[Manuel Mendoza]

Solucionado, aunque no estoy seguro de cómo. Sé que finalmente lo pude
instalar de nuevo, y ya funciona.
Gracias a todos,
Manuel

El sáb, 23 ene 2021 a las 22:27, Marcelino de la Cruz Rot (<
marcelino.delac...@urjc.es>) escribió:

> Si da *el mismo* error, entonces, es que no se ha actualizado.
>
> Probablemente tengas que desconectarlo primero, es decir:
>
> detach("package:vctrs")
> install.packages("vctrs")
>
>
>
> El 23/01/2021 a las 21:59, Manuel Mendoza escribió:
> > Lo he actualizado, pero me sigue dando el mismo error.
> >
> > El sáb, 23 ene 2021 a las 14:48, Jesús Para Fernández (<
> > j.para.fernan...@hotmail.com>) escribió:
> >
> >> Te pide actializar el paquete vctrs. Desde rstudio puedes hacerlo sin
> >> problema
> >>
> >> Obtener Outlook para Android <https://aka.ms/ghei36>
> >> --
> >> *From:* R-help-es  on behalf of Manuel
> >> Mendoza 
> >> *Sent:* Saturday, January 23, 2021 2:45:40 PM
> >> *To:* Lista R 
> >> *Subject:* [R-es] Error al cargar el paquete tidyr
> >>
> >> Lo había utilizado hasta ahora sin problemas.
> >>
> >> Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(i,
> >> c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
> >>   namespace ‘vctrs’ 0.2.4 is already loaded, but >= 0.3.0 is required.
> >>
> >> Gracias,
> >> Manuel
> >>
> >>  [[alternative HTML version deleted]]
> >>
> >> ___
> >> R-help-es mailing list
> >> R-help-es@r-project.org
> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>
> >   [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ___
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> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> > .
>
>
> --
> Marcelino de la Cruz Rot
> Depto. de Biología y Geología
> Física y Química Inorgánica
> Universidad Rey Juan Carlos
> Móstoles España
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Error al cargar el paquete tidyr

[Marcelino de la Cruz Rot]

Si da *el mismo* error, entonces, es que no se ha actualizado.

Probablemente tengas que desconectarlo primero, es decir:

detach("package:vctrs")
install.packages("vctrs")



El 23/01/2021 a las 21:59, Manuel Mendoza escribió:

Lo he actualizado, pero me sigue dando el mismo error.

El sáb, 23 ene 2021 a las 14:48, Jesús Para Fernández (<
j.para.fernan...@hotmail.com>) escribió:


Te pide actializar el paquete vctrs. Desde rstudio puedes hacerlo sin
problema

Obtener Outlook para Android <https://aka.ms/ghei36>
--
*From:* R-help-es  on behalf of Manuel
Mendoza 
*Sent:* Saturday, January 23, 2021 2:45:40 PM
*To:* Lista R 
*Subject:* [R-es] Error al cargar el paquete tidyr

Lo había utilizado hasta ahora sin problemas.

Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(i,
c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
  namespace ‘vctrs’ 0.2.4 is already loaded, but >= 0.3.0 is required.

Gracias,
Manuel

 [[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Error al cargar el paquete tidyr

[Manuel Mendoza]

Lo he actualizado, pero me sigue dando el mismo error.

El sáb, 23 ene 2021 a las 14:48, Jesús Para Fernández (<
j.para.fernan...@hotmail.com>) escribió:

> Te pide actializar el paquete vctrs. Desde rstudio puedes hacerlo sin
> problema
>
> Obtener Outlook para Android <https://aka.ms/ghei36>
> --
> *From:* R-help-es  on behalf of Manuel
> Mendoza 
> *Sent:* Saturday, January 23, 2021 2:45:40 PM
> *To:* Lista R 
> *Subject:* [R-es] Error al cargar el paquete tidyr
>
> Lo había utilizado hasta ahora sin problemas.
>
> Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(i,
> c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
>  namespace ‘vctrs’ 0.2.4 is already loaded, but >= 0.3.0 is required.
>
> Gracias,
> Manuel
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Error al cargar el paquete tidyr

[Carlos J. Gil Bellosta]

Hola, ¿qué tal?

¿Y si pruebas a actualizar R y todos los paquetes? ¿Sigue fallando entonces?

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com


El sáb, 23 ene 2021 a las 14:46, Manuel Mendoza ()
escribió:

> Lo había utilizado hasta ahora sin problemas.
>
> Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(i,
> c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
>  namespace ‘vctrs’ 0.2.4 is already loaded, but >= 0.3.0 is required.
>
> Gracias,
> Manuel
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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[R-es] Error al cargar el paquete tidyr

[Manuel Mendoza]

Lo había utilizado hasta ahora sin problemas.

Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(i,
c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 namespace ‘vctrs’ 0.2.4 is already loaded, but >= 0.3.0 is required.

Gracias,
Manuel

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Error: package or namespace load failed

[Manuel Mendoza]

Gracias Carlos, Emilio y Javier, probaré con otro de los paquetes que me
decís. Respecto a la versión de R, tengo instalada también la  4.0.0 pero
la cambié en Global options porque decía que no estaba disponible para esa
versión.
Un saludo,
Manuel

El vie, 15 ene 2021 a las 9:05, Carlos Ortega ()
escribió:

> Hola,
>
> Te diría que probaras con otras librerías que no tuvieran la dependencia
> con rJava como la tiene "xlsx".
> Puedes probar con las de "tidyverse": "readxl" y "writexl".
>
> Y por otro lado, del mensaje de error que adjuntas se ve que tienes la
> versión 3.6 de R. Convendría que te actualizaras a la última y con ella
> todos los paquetes que tienes instalados. El error también puede venir de
> ahí. Aunque estando or medio "rJava" pienso que el error tiene más que ver
> con que R llegue bien a ver los paths de Java. Como todo este camino es más
> largo, por eso te recomendaba usar esas otras librerías.
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El vie, 15 ene 2021 a las 7:20, Manuel Mendoza (<
> mmend...@fulbrightmail.org>) escribió:
>
>> Buenos días, he instalado xlsx pero, al cargar la librería me da este
>> error:
>>
>> Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:
>>  .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
>>   call: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
>>   error: unable to load shared object 'C:/Users/Manuel
>> Mendoza/Documents/R/win-library/3.6/rJava/libs/x64/rJava.dll':
>>   LoadLibrary failure:  No se encontró el proceso especificado.
>>
>> Gracias,
>> Manuel
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>

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Re: [R-es] Error: package or namespace load failed

[Javier Marcuzzi]

Estimados

Mire la opción de RStudio para importar xlsx, este utiliza readxl.

Javier Marcuzzi

El vie, 15 ene 2021 a las 5:16, Emilio L. Cano ()
escribió:

> Hola Manuel,
>
> El paquete xlsx necesita Java, y el problema está “fuera” de R. Yo hace
> tiempo me cambié a openxls, que no necesita Java y funciona muy bien (al
> menos para lo que yo lo uso)
>
> Si no te sirve openxlsx, puedes mirar si las respuestas en este hilo te
> sirven: https://stackoverrun.com/es/q/4731090 <
> https://stackoverrun.com/es/q/4731090>
>
> Emilio
>
>
>
> > El 15 ene 2021, a las 7:19, Manuel Mendoza 
> escribió:
> >
> > Buenos días, he instalado xlsx pero, al cargar la librería me da este
> error:
> >
> > Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:
> > .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
> >  call: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
> >  error: unable to load shared object 'C:/Users/Manuel
> > Mendoza/Documents/R/win-library/3.6/rJava/libs/x64/rJava.dll':
> >  LoadLibrary failure:  No se encontró el proceso especificado.
> >
> > Gracias,
> > Manuel
> >
> >   [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ___
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> > R-help-es@r-project.org
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Re: [R-es] Error: package or namespace load failed

[Emilio L. Cano]

Hola Manuel,

El paquete xlsx necesita Java, y el problema está “fuera” de R. Yo hace tiempo 
me cambié a openxls, que no necesita Java y funciona muy bien (al menos para lo 
que yo lo uso)

Si no te sirve openxlsx, puedes mirar si las respuestas en este hilo te sirven: 
https://stackoverrun.com/es/q/4731090 

Emilio



> El 15 ene 2021, a las 7:19, Manuel Mendoza  
> escribió:
> 
> Buenos días, he instalado xlsx pero, al cargar la librería me da este error:
> 
> Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:
> .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
>  call: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
>  error: unable to load shared object 'C:/Users/Manuel
> Mendoza/Documents/R/win-library/3.6/rJava/libs/x64/rJava.dll':
>  LoadLibrary failure:  No se encontró el proceso especificado.
> 
> Gracias,
> Manuel
> 
>   [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Error: package or namespace load failed

[Carlos Ortega]

Hola,

Te diría que probaras con otras librerías que no tuvieran la dependencia
con rJava como la tiene "xlsx".
Puedes probar con las de "tidyverse": "readxl" y "writexl".

Y por otro lado, del mensaje de error que adjuntas se ve que tienes la
versión 3.6 de R. Convendría que te actualizaras a la última y con ella
todos los paquetes que tienes instalados. El error también puede venir de
ahí. Aunque estando or medio "rJava" pienso que el error tiene más que ver
con que R llegue bien a ver los paths de Java. Como todo este camino es más
largo, por eso te recomendaba usar esas otras librerías.

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El vie, 15 ene 2021 a las 7:20, Manuel Mendoza ()
escribió:

> Buenos días, he instalado xlsx pero, al cargar la librería me da este
> error:
>
> Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:
>  .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
>   call: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
>   error: unable to load shared object 'C:/Users/Manuel
> Mendoza/Documents/R/win-library/3.6/rJava/libs/x64/rJava.dll':
>   LoadLibrary failure:  No se encontró el proceso especificado.
>
> Gracias,
> Manuel
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Saludos,
Carlos Ortega
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[R-es] Error: package or namespace load failed

[Manuel Mendoza]

Buenos días, he instalado xlsx pero, al cargar la librería me da este error:

Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
  error: unable to load shared object 'C:/Users/Manuel
Mendoza/Documents/R/win-library/3.6/rJava/libs/x64/rJava.dll':
  LoadLibrary failure:  No se encontró el proceso especificado.

Gracias,
Manuel

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Re: [R-es] Error CLUSTER : no se puede ubicar un vector de tamaño 1.7 gb

[Javier Marcuzzi]

Estimado Maicol Santos Anchia

Habría que ver la ram, esto depende del sistema, por ejemplo en windows las
teclas control alt delete, abren una pantalla que lleva al administrador de
tareas y en este puede ver que recursos realmente disponibles y cuánto
consume cada programa que se está ejecutando.

Hay dos alternativas fáciles de instalar, el R GNU y el R de Microsoft, el
Microsoft open R, este tiene optimizaciones, pero claro, habría que ver si
el algoritmo en cuestión utiliza algo de estas o es solo GNU. De pronto
podría instalar esa versión de R y probar que pasa,es lo más fácil y rápido.

Javier Rubén Marcuzzi

El vie, 27 nov 2020 a las 13:20, Carlos Ortega ()
escribió:

> Hola,
>
> Una duda parecida apareció hace mucho tiempo en esta lista...(2015)
>
> https://www.mail-archive.com/r-help-es@r-project.org/msg02143.html
>
> Aunque tengas 8Gb de RAM, seguramente no toda esta RAM esté disponible.
> En esa respuesta tienes varias sugerencias de cómo proceder.
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El jue, 26 nov 2020 a las 15:58, Maicol Santos Anchia (<
> msantos1...@hotmail.com>) escribió:
>
> > Buenas Estimados:
> >
> > Quería saber si me pueden ayudar por favor.
> >
> > Estaba tratando de generar  cluster´s con un set de datos que tengo.Es un
> > set de datos de unas 100 mil filas, y 16 columnas (son datos reales)
> >
> > Pero me aparece el siguiente error: "ERROR no se puede ubicar un vector
> de
> > tamaño 1,7 Gb”.
> >
> > Además, Busque un poco en internet sobre unas librerías para realizar el
> > algoritmo de matriz de distancias, sin embargo, me arroja diferentes
> > errores y después me vuelve a mostrar el mismo error del tamaño del
> vector
> >
> > abajo el Código de la Librería.
> >
> > Library(factorextra)
> >
> > df = read_csv(“ruta”)
> >
> > mtrx.dist = scale(df[,1:2])
> >
> > fviz_dist(mtrx.dist, gradient = list(low = "blue", mid = "white", high =
> > "red"))
> >
> >
> > Error in fviz_dist(mtrx.dist, gradient = list(low = "blue", mid =
> "white",
> > : no se pudo encontrar la función "fviz_dist"
> >
> >
> > Tengo un equipo de 8 RAM y 8 núcleos. ¿Qué puede estar pasando? ¿cómo lo
> > puedo solucionar?
> >
> > De antemano muchas gracias
> >
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ___
> > R-help-es mailing list
> > R-help-es@r-project.org
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
>
>
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> Saludos,
> Carlos Ortega
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Re: [R-es] Error CLUSTER : no se puede ubicar un vector de tamaño 1.7 gb

[Carlos Ortega]

Hola,

Una duda parecida apareció hace mucho tiempo en esta lista...(2015)

https://www.mail-archive.com/r-help-es@r-project.org/msg02143.html

Aunque tengas 8Gb de RAM, seguramente no toda esta RAM esté disponible.
En esa respuesta tienes varias sugerencias de cómo proceder.

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El jue, 26 nov 2020 a las 15:58, Maicol Santos Anchia (<
msantos1...@hotmail.com>) escribió:

> Buenas Estimados:
>
> Quería saber si me pueden ayudar por favor.
>
> Estaba tratando de generar  cluster´s con un set de datos que tengo.Es un
> set de datos de unas 100 mil filas, y 16 columnas (son datos reales)
>
> Pero me aparece el siguiente error: "ERROR no se puede ubicar un vector de
> tamaño 1,7 Gb”.
>
> Además, Busque un poco en internet sobre unas librerías para realizar el
> algoritmo de matriz de distancias, sin embargo, me arroja diferentes
> errores y después me vuelve a mostrar el mismo error del tamaño del vector
>
> abajo el Código de la Librería.
>
> Library(factorextra)
>
> df = read_csv(“ruta”)
>
> mtrx.dist = scale(df[,1:2])
>
> fviz_dist(mtrx.dist, gradient = list(low = "blue", mid = "white", high =
> "red"))
>
>
> Error in fviz_dist(mtrx.dist, gradient = list(low = "blue", mid = "white",
> : no se pudo encontrar la función "fviz_dist"
>
>
> Tengo un equipo de 8 RAM y 8 núcleos. ¿Qué puede estar pasando? ¿cómo lo
> puedo solucionar?
>
> De antemano muchas gracias
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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[R-es] Error CLUSTER : no se puede ubicar un vector de tamaño 1.7 gb

[Maicol Santos Anchia]

Buenas Estimados:

Quer�a saber si me pueden ayudar por favor.

Estaba tratando de generar  cluster�s con un set de datos que tengo.Es un set 
de datos de unas 100 mil filas, y 16 columnas (son datos reales)

Pero me aparece el siguiente error: "ERROR no se puede ubicar un vector de 
tama�o 1,7 Gb�.

Adem�s, Busque un poco en internet sobre unas librer�as para realizar el 
algoritmo de matriz de distancias, sin embargo, me arroja diferentes errores y 
despu�s me vuelve a mostrar el mismo error del tama�o del vector

abajo el C�digo de la Librer�a.

Library(factorextra)

df = read_csv(�ruta�)

mtrx.dist = scale(df[,1:2])

fviz_dist(mtrx.dist, gradient = list(low = "blue", mid = "white", high = "red"))


Error in fviz_dist(mtrx.dist, gradient = list(low = "blue", mid = "white", : no 
se pudo encontrar la funci�n "fviz_dist"


Tengo un equipo de 8 RAM y 8 n�cleos. �Qu� puede estar pasando? �c�mo lo puedo 
solucionar?

De antemano muchas gracias


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Re: [R-es] Error: Unable to establish connection with R session

[Isidro Hidalgo Arellano]

Buenos días, Leire:
A mí me pasa esporádicamente, pero con el primer intento en el botón
"Reconnect" funciona...
De todas formas, he encontrado esto. Por probar:
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200534577-Resetting-RStudio-De
sktop-s-State
Suerte.

Isidro Hidalgo Arellano
Observatorio del Mercado de Trabajo
Consejería de Economía, Empresas y Empleo
http://www.castillalamancha.es/


-Mensaje original-
De: R-help-es  En nombre de Leire Garmendia
Enviado el: viernes, 16 de octubre de 2020 10:41
Para: r-help-es@r-project.org
Asunto: [R-es] Error: Unable to establish connection with R session

Hola,

Desde hace unas semanas cada vez que intento usar RStudio me devuelve el
siguiente mensaje:
 Error: Unable to establish connection with R session.
La versión que tengo instalada de R es la versión 4.0.3 y la de RStudio es
la 1.3.1093.
He intentado arreglarlo de varias formas pero sin éxito. Estas son algunas
opciones que he usado para intentar arreglarlo:

   - Desinstalar e instalar nuevamente R y RStudio.
   - Actualizar todos los paquetes instalados.
   - Cambiar el software rendering.

Si alguien ha tenido ese problema o sabe como solucionarlo agradecería mucho
su ayuda.
Muchas gracias de antemano,
Leire

[[alternative HTML version deleted]]

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[R-es] Error: Unable to establish connection with R session

[Leire Garmendia]

Hola,

Desde hace unas semanas cada vez que intento usar RStudio me devuelve el
siguiente mensaje:
 Error: Unable to establish connection with R session.
La versión que tengo instalada de R es la versión 4.0.3 y la de RStudio es
la 1.3.1093.
He intentado arreglarlo de varias formas pero sin éxito. Estas son algunas
opciones que he usado para intentar arreglarlo:

   - Desinstalar e instalar nuevamente R y RStudio.
   - Actualizar todos los paquetes instalados.
   - Cambiar el software rendering.

Si alguien ha tenido ese problema o sabe como solucionarlo agradecería
mucho su ayuda.
Muchas gracias de antemano,
Leire

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] error al cargar librería Tidyverse

[Carlos Ortega]

Hola,

Sí, el propio mensaje de error te lo está diciendo...

*error: there is no package called ‘backports’*

Prueba a instalar este paquete primero (backports) y luego ya instala
"tidyverse".

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El sáb., 8 ago. 2020 a las 16:46, Lissette Fuentes Lorca (<
lissette...@gmail.com>) escribió:

> Hola! estoy intentando cargar la librería Tydiverse y me da el siguiente
> error:
> Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’:
>  .onLoad failed in loadNamespace() for 'broom', details:
>   call: loadNamespace(name)
>   error: there is no package called ‘backports’
>
> En la instalación del paquete no tuve inconvenientes.
> Alguna idea de por dónde viene este error?
>
> Muchas gracias!
> Lissette
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Saludos,
Carlos Ortega
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[R-es] error al cargar librería Tidyverse

[Lissette Fuentes Lorca]

Hola! estoy intentando cargar la librería Tydiverse y me da el siguiente
error:
Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'broom', details:
  call: loadNamespace(name)
  error: there is no package called ‘backports’

En la instalación del paquete no tuve inconvenientes.
Alguna idea de por dónde viene este error?

Muchas gracias!
Lissette

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Re: [R-es] error al instalar glue

[Javier Nieto]

Hola

Seg�n el error (namespace �glue� 1.3.1 is already loaded, but >= 1.3.2 is 
required) que env�as es por la versi�n de glue, necesitas una mayor o igual a 
la 1.3.2 y tienes la 1.3.1


Saludos

De: R-help-es  en nombre de Jorge I Velez 

Enviado: martes, 21 de julio de 2020 05:47 p. m.
Para: Lissette Fuentes Lorca 
CC: r-help-es@r-project.org 
Asunto: Re: [R-es] error al instalar glue

Hola Lissette,
Que versi�n de glue tienes instalada?
Saludos,
Jorge.-

El El mar, 21 de jul. de 2020 a la(s) 3:07 p. m., Lissette Fuentes Lorca <
lissette...@gmail.com> escribi�:

> Hola,
> Estoy haciendo un an�lisis de datos de Twitter y cuando intento correr esta
> l�nea de c�digo:
>
> timelines %>%
>   dplyr::filter(created_at > "2020-01-01") %>%
>   dplyr::group_by(screen_name) %>%
>   ts_plot("days", trim = 1L) +
>   ggplot2::geom_point() +
>   ggplot2::labs(
> title = "Tuits publicados por cada cuenta"
>   )
> Me da el siguiente error
>
> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck
> = vI[[j]]) :
>   namespace �glue� 1.3.1 is already loaded, but >= 1.3.2 is required
>
> Instal� y corr� glue, no s� si tenga que ver con la versi�n de R que tengo.
>
> Alguien tiene idea cu�l es el problema?
> Muchas gracias!
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
--
Sent from my phone. Please excuse my brevity and misspelling.

[[alternative HTML version deleted]]

___
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R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] error al instalar glue

[Jorge I Velez]

Hola Lissette,
Que versión de glue tienes instalada?
Saludos,
Jorge.-

El El mar, 21 de jul. de 2020 a la(s) 3:07 p. m., Lissette Fuentes Lorca <
lissette...@gmail.com> escribió:

> Hola,
> Estoy haciendo un análisis de datos de Twitter y cuando intento correr esta
> línea de código:
>
> timelines %>%
>   dplyr::filter(created_at > "2020-01-01") %>%
>   dplyr::group_by(screen_name) %>%
>   ts_plot("days", trim = 1L) +
>   ggplot2::geom_point() +
>   ggplot2::labs(
> title = "Tuits publicados por cada cuenta"
>   )
> Me da el siguiente error
>
> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck
> = vI[[j]]) :
>   namespace ‘glue’ 1.3.1 is already loaded, but >= 1.3.2 is required
>
> Instalé y corrí glue, no sé si tenga que ver con la versión de R que tengo.
>
> Alguien tiene idea cuál es el problema?
> Muchas gracias!
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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>
-- 
Sent from my phone. Please excuse my brevity and misspelling.

[[alternative HTML version deleted]]

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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

[R-es] error al instalar glue

[Lissette Fuentes Lorca]

Hola,
Estoy haciendo un análisis de datos de Twitter y cuando intento correr esta
línea de código:

timelines %>%
  dplyr::filter(created_at > "2020-01-01") %>%
  dplyr::group_by(screen_name) %>%
  ts_plot("days", trim = 1L) +
  ggplot2::geom_point() +
  ggplot2::labs(
title = "Tuits publicados por cada cuenta"
  )
Me da el siguiente error

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck
= vI[[j]]) :
  namespace ‘glue’ 1.3.1 is already loaded, but >= 1.3.2 is required

Instalé y corrí glue, no sé si tenga que ver con la versión de R que tengo.

Alguien tiene idea cuál es el problema?
Muchas gracias!

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Error al instalar paquete rgl en R 4.0.0 en Windows 10

[Javier Marcuzzi]

Estimada Camila Martínez Ávila

Instalo desde cero, en mi caso funciona, pero son varios según las
dependencias.

probando la URL
'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/rgl_0.100.54.zip'Content
type 'application/zip' length 4110126 bytes (3.9 MB)downloaded 3.9 MB
package ‘ps’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘processx’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘stringi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘BH’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘callr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘yaml’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘digest’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘base64enc’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘rlang’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘evaluate’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘highr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘markdown’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘stringr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘xfun’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘httpuv’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘mime’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘xtable’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘R6’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘sourcetools’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘later’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘promises’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘crayon’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘fastmap’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘withr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘commonmark’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘glue’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘lazyeval’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘miniUI’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘webshot’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘htmlwidgets’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘htmltools’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘knitr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘jsonlite’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘shiny’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘crosstalk’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘manipulateWidget’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\javie\AppData\Local\Temp\RtmpOa3jVY\downloaded_packages

>

Javier Rubén Marcuzzi


El sáb., 27 jun. 2020 a las 1:12, Camila Martínez Ávila (<
camila_marti...@ciencias.unam.mx>) escribió:

> Buenas noches.
> Al intentar descargar e instalar el paquete "rgl" me indica que hay un
> error en inDL y dice que no se pudo encontrar el objeto compartido y no se
> puede cargar el paquete "shiny".
> No sé cómo resolverlo.
> Gracias, saludos.
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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[R-es] Error al instalar paquete rgl en R 4.0.0 en Windows 10

[Camila Martínez Ávila]

Buenas noches.
Al intentar descargar e instalar el paquete "rgl" me indica que hay un
error en inDL y dice que no se pudo encontrar el objeto compartido y no se
puede cargar el paquete "shiny".
No sé cómo resolverlo.
Gracias, saludos.

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Error implementando FeatureImp$new del paquete iml

[Marcelino de la Cruz Rot]

Hola Manuel:

A mi no me da error. Supongo que tendrá que ver con la versión de R o 
del paquete iml o randomForest. en mi caso, 4.0-0,  0.10-0 y 4.6-14 
respectivamente.


Un saludo,

Marcelino

> data("Boston", package = "MASS")
> rf <- randomForest(medv ~ ., data = Boston, ntree = 50)
> X <- Boston[which(names(Boston) != "medv")]
> predictor <- Predictor$new(rf, data = X, y = Boston$medv)
> imp <- FeatureImp$new(predictor, loss = "mae")
> plot(imp)
> imp
Interpretation method:  FeatureImp
error function: mae

Analysed predictor:
Prediction task: unknown


Analysed data:
Sampling from data.frame with 506 rows and 13 columns.

Head of results:
  feature importance.05 importance importance.95 permutation.error
1   lstat  4.515327   4.752950  4.988680  4.583733
2  rm  3.256219   3.329170  3.413682  3.210643
3 ptratio  1.738799   1.784022  1.814109  1.720506
4 dis  1.710630   1.735665  1.748486  1.673871
5 nox  1.649872   1.714041  1.733570  1.653016
6    crim  1.648244   1.706018  1.720623  1.645279



El 07/05/2020 a las 20:57, Manuel Mendoza escribió:

Hola de nuevo. Al aplicar el comando FeatureImp del paquete iml me daba
este error:
Error in as.double(y) :
   cannot coerce type 'environment' to vector of type 'double'

Me fui al ejemplo original con la base de datos Boston, para ver las
diferencias con mi script, y para mi sorpresa, da el mismo error. Este es
el código:

data("Boston", package = "MASS")
rf <- randomForest(medv ~ ., data = Boston, ntree = 50)
X <- Boston[which(names(Boston) != "medv")]
predictor <- Predictor$new(rf, data = X, y = Boston$medv)
imp <- FeatureImp$new(predictor, loss = "mae")
plot(imp)

tras la última línea me da ese error. He buscado en la web, pero las
respuestas no me ayudaron.

Gracias una vez más por vuestra ayuda,
Manuel

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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España

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Re: [R-es] Error implementando FeatureImp$new del paquete iml

[Emilio L. Cano]

Hola,
Te faltará cargar los paquetes antes de ejecutar, esto funciona:

library(randomForest)
library(MASS)
library(iml)
data("Boston", package = "MASS")
rf <- randomForest(medv ~ ., data = Boston, ntree = 50)
X <- Boston[which(names(Boston) != "medv")]
predictor <- Predictor$new(rf, data = X, y = Boston$medv)
imp <- FeatureImp$new(predictor, loss = "mae")
plot(imp)


Un saludo,

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com



> El 7 may 2020, a las 20:57, Manuel Mendoza  
> escribió:
> 
> Hola de nuevo. Al aplicar el comando FeatureImp del paquete iml me daba
> este error:
> Error in as.double(y) :
>  cannot coerce type 'environment' to vector of type 'double'
> 
> Me fui al ejemplo original con la base de datos Boston, para ver las
> diferencias con mi script, y para mi sorpresa, da el mismo error. Este es
> el código:
> 
> data("Boston", package = "MASS")
> rf <- randomForest(medv ~ ., data = Boston, ntree = 50)
> X <- Boston[which(names(Boston) != "medv")]
> predictor <- Predictor$new(rf, data = X, y = Boston$medv)
> imp <- FeatureImp$new(predictor, loss = "mae")
> plot(imp)
> 
> tras la última línea me da ese error. He buscado en la web, pero las
> respuestas no me ayudaron.
> 
> Gracias una vez más por vuestra ayuda,
> Manuel
> 
>   [[alternative HTML version deleted]]
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[R-es] Error implementando FeatureImp$new del paquete iml

[Manuel Mendoza]

Hola de nuevo. Al aplicar el comando FeatureImp del paquete iml me daba
este error:
Error in as.double(y) :
  cannot coerce type 'environment' to vector of type 'double'

Me fui al ejemplo original con la base de datos Boston, para ver las
diferencias con mi script, y para mi sorpresa, da el mismo error. Este es
el código:

data("Boston", package = "MASS")
rf <- randomForest(medv ~ ., data = Boston, ntree = 50)
X <- Boston[which(names(Boston) != "medv")]
predictor <- Predictor$new(rf, data = X, y = Boston$medv)
imp <- FeatureImp$new(predictor, loss = "mae")
plot(imp)

tras la última línea me da ese error. He buscado en la web, pero las
respuestas no me ayudaron.

Gracias una vez más por vuestra ayuda,
Manuel

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Re: [R-es] Error de caracteres al ejecutar un script en Windows

[Ruben Tobalina Ramirez]

Buenos días, como bien apuntó Javier la solución era guardar el archivo de
R con la codificación correcta, en mi caso Spanish1252. Muchas gracias a
los dos!

un abrazo!

El lun., 3 feb. 2020 a las 15:44, Ruben Tobalina Ramirez (<
lagrimaescr...@gmail.com>) escribió:

> Gracias por las respuestas,
>
> me habeis puesto en la pista. HE mirado el hilo que señalaba Emilio y he
> comprobado que RStudio está codificado en UTF8 mientras que mi sistema está
> en  "Spanish_Spain.1252". Probé de ejecutar el script
> añadiendo Sys.setlocale("LC_CTYPE", "Spanish_Spain.1252") al inicio del
> codigo, pero sigue sin funcionar. Probaré como dice Javier.
>
> Muchas gracias a ambos, buena tarde.
>
> El lun., 3 feb. 2020 a las 15:40, Javier Marcuzzi (<
> javier.ruben.marcu...@gmail.com>) escribió:
>
>> Estimado Rubén Ramirez
>>
>> Pruebe de guardar desde RStudio, utilizando la opción de codificación de
>> caracteres. Posiblemente también hay un problema en los datos que lee R
>> para realizar el análisis, habría que ir probando.
>>
>> Javier Rubén Marcuzzi
>>
>> El lun., 3 feb. 2020 a las 11:04, Ruben Tobalina Ramirez (<
>> lagrimaescr...@gmail.com>) escribió:
>>
>>> Buenas tardes,
>>>
>>> Tengo un problema al ejecutar un script de R desde la consola de Windows
>>> 8.1. El código desde RStudio funciona perfectamente, pero al ejecutarlo
>>> desde la consola peta al hacer una cambio de caracteres.
>>>
>>> El error que da en la consola es:
>>>
>>> Error in chartr("áéíóúà èìòùâêîôû", "aeiouaeiouaeiou",
>>> xpeliculas)
>>>
>>>  : 'old' es más largo que 'new'
>>>
>>> Que es cuando uso chartr para quitar los acentos de las vocales:
>>>
>>> chartr('áéíóúàèìòùâêîôû','aeiouaeiouaeiou', 'cadena')
>>>
>>> Supongo que será por la codificación de caracteres pero no tengo ni idea
>>> que hay que hacer, se os ocurre una solción?
>>>
>>> Muchas gracias!
>>>
>>> --
>>> Rubén.
>>>
>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>
>>> ___
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>>> R-help-es@r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>
> --
> Rubén.
>


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Re: [R-es] Error de caracteres al ejecutar un script en Windows

[Ruben Tobalina Ramirez]

Gracias por las respuestas,

me habeis puesto en la pista. HE mirado el hilo que señalaba Emilio y he
comprobado que RStudio está codificado en UTF8 mientras que mi sistema está
en  "Spanish_Spain.1252". Probé de ejecutar el script
añadiendo Sys.setlocale("LC_CTYPE", "Spanish_Spain.1252") al inicio del
codigo, pero sigue sin funcionar. Probaré como dice Javier.

Muchas gracias a ambos, buena tarde.

El lun., 3 feb. 2020 a las 15:40, Javier Marcuzzi (<
javier.ruben.marcu...@gmail.com>) escribió:

> Estimado Rubén Ramirez
>
> Pruebe de guardar desde RStudio, utilizando la opción de codificación de
> caracteres. Posiblemente también hay un problema en los datos que lee R
> para realizar el análisis, habría que ir probando.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> El lun., 3 feb. 2020 a las 11:04, Ruben Tobalina Ramirez (<
> lagrimaescr...@gmail.com>) escribió:
>
>> Buenas tardes,
>>
>> Tengo un problema al ejecutar un script de R desde la consola de Windows
>> 8.1. El código desde RStudio funciona perfectamente, pero al ejecutarlo
>> desde la consola peta al hacer una cambio de caracteres.
>>
>> El error que da en la consola es:
>>
>> Error in chartr("áéíóúà èìòùâêîôû", "aeiouaeiouaeiou",
>> xpeliculas)
>>
>>  : 'old' es más largo que 'new'
>>
>> Que es cuando uso chartr para quitar los acentos de las vocales:
>>
>> chartr('áéíóúàèìòùâêîôû','aeiouaeiouaeiou', 'cadena')
>>
>> Supongo que será por la codificación de caracteres pero no tengo ni idea
>> que hay que hacer, se os ocurre una solción?
>>
>> Muchas gracias!
>>
>> --
>> Rubén.
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Error de caracteres al ejecutar un script en Windows

[Javier Marcuzzi]

Estimado Rubén Ramirez

Pruebe de guardar desde RStudio, utilizando la opción de codificación de
caracteres. Posiblemente también hay un problema en los datos que lee R
para realizar el análisis, habría que ir probando.

Javier Rubén Marcuzzi

El lun., 3 feb. 2020 a las 11:04, Ruben Tobalina Ramirez (<
lagrimaescr...@gmail.com>) escribió:

> Buenas tardes,
>
> Tengo un problema al ejecutar un script de R desde la consola de Windows
> 8.1. El código desde RStudio funciona perfectamente, pero al ejecutarlo
> desde la consola peta al hacer una cambio de caracteres.
>
> El error que da en la consola es:
>
> Error in chartr("áéíóúà èìòùâêîôû", "aeiouaeiouaeiou",
> xpeliculas)
>
>  : 'old' es más largo que 'new'
>
> Que es cuando uso chartr para quitar los acentos de las vocales:
>
> chartr('áéíóúàèìòùâêîôû','aeiouaeiouaeiou', 'cadena')
>
> Supongo que será por la codificación de caracteres pero no tengo ni idea
> que hay que hacer, se os ocurre una solción?
>
> Muchas gracias!
>
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> Rubén.
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[R-es] Error de caracteres al ejecutar un script en Windows

[Ruben Tobalina Ramirez]

Buenas tardes,

Tengo un problema al ejecutar un script de R desde la consola de Windows
8.1. El código desde RStudio funciona perfectamente, pero al ejecutarlo
desde la consola peta al hacer una cambio de caracteres.

El error que da en la consola es:

Error in chartr("áéíóúà èìòùâêîôû", "aeiouaeiouaeiou",
xpeliculas)

 : 'old' es más largo que 'new'

Que es cuando uso chartr para quitar los acentos de las vocales:

chartr('áéíóúàèìòùâêîôû','aeiouaeiouaeiou', 'cadena')

Supongo que será por la codificación de caracteres pero no tengo ni idea
que hay que hacer, se os ocurre una solción?

Muchas gracias!

-- 
Rubén.

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Re: [R-es] ERROR EN LECTURA DE PAGINAS HTML GIGANTES

[Javier Marcuzzi]

Estimado Diego Maldonado

Por ahí leí que hay un error pendiente, pero está fechado en el año 2019,
hace muuccchhooo.

Puede ser que una actualización tenga solucionado el problema?

Yo en lo personal opte por casi el mismo camino, excepto que no uso R y no
uso contenedores. C# me resulta una opción más adecuada para extraer los
datos, luego analizo con R.

Javier Rubén Marcuzzi

El vie., 10 ene. 2020 a las 1:01, Diego Maldonado via R-help-es (<
r-help-es@r-project.org>) escribió:

> Saludos estimado foro, por comentarles que estoy haciendo un proceso de
> webscrapping con Rselenium por medio de contenedores docker y al
> automatizar la cargar paginas html con el paquete XML por medio de la
> función read_html me sale el siguiente mensaje de error:
>
>  Error in doc_parse_raw(x, encoding = encoding, base_url = base_url,
> as_html = as_html,  :
>   Excessive depth in document: 256 use XML_PARSE_HUGE option [1]
>
> Si alguien me puede guiar como solventarlo les agradecería del fondo de mi
> alma ya que voy algunos días tratando de resolverlo pero no lo logro.
>
> De Antemano agradezco su atención
>
> Atte
>
> Diego Maldonado
> Chiefanalytics officer
> Mentalytica
>
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[R-es] ERROR EN LECTURA DE PAGINAS HTML GIGANTES

[Diego Maldonado via R-help-es]

Saludos estimado foro, por comentarles que estoy haciendo un proceso de 
webscrapping con Rselenium por medio de contenedores docker y al automatizar la 
cargar paginas html con el paquete XML por medio de la función read_html me 
sale el siguiente mensaje de error:

 Error in doc_parse_raw(x, encoding = encoding, base_url = base_url, as_html = 
as_html,  : 
  Excessive depth in document: 256 use XML_PARSE_HUGE option [1]

Si alguien me puede guiar como solventarlo les agradecería del fondo de mi alma 
ya que voy algunos días tratando de resolverlo pero no lo logro.

De Antemano agradezco su atención

Atte

Diego Maldonado
Chiefanalytics officer
Mentalytica

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Re: [R-es] Error en salida de lubridate::seconds_to_period() en Rmarkdown

[Juan Abasolo]

Muchas gracias, Carlos y Emilio!
Los dos modos lo resuelven.
Aprovecho también para aprender. Más no sea intentarlo.

Hau idatzi du Emilio L. Cano (emilopezc...@gmail.com) erabiltzaileak (2020
urt. 3, or. (09:31)):

> Hola,
>
> Creo que es porque los chunks “en línea” realmente hacen “cat” de la
> expresión que hay dentro. Entonces:
>
> > cat(round(lubridate::seconds_to_period(lubridate::seconds(dato))), 0)
> 52 0
>
> Si lo pasas a carácter en el chunk en línea creo que te saldrá bien:
>
>
> + Duración total `r 
> as.character(round(lubridate::seconds_to_period(lubridate::seconds(sum(dato))),
> 0))`
>
> O cualquier función que dé formato como texto, como ha sugerido Carlos.
>
> Un saludo,
>
> Emilio L. Cano
> http://emilio.lcano.com
>
>
>
> El 3 ene 2020, a las 8:20, Juan Abasolo  escribió:
>
> Buas y feliz año y decada nueva, compañeRos,
>
> Me estoy encontrando con un problema tonto que no consigo resolver.
>
> Explico, tengo un dato que necesito sacar en un documento con codigo on
> line y no me saca el resultado de consola.
>
> dato <- 2272.13
>
> round(lubridate::seconds_to_period(seconds(dato))), 0)
>
> En consola me da:
> "37M 52S"
>
> Pero en el documento
>
> ```Rmarkdown
>
> + Duración total `r round(lubridate::seconds_to_period(seconds(sum(dato))),
> 0)`
>
> ```
>
> Me da:
>
>   - *Duración total 52*
>
> Lo de envolverlo en seconds() lo puse para ver si funciona, y no hay
> cambio. Daría lo mismo seconds_to_period(dato), pero lo dejé para mostrar
> que lo tomé en cuenta.
>
> ---
> En realidad y de momento, es un solo dato que lo puedo copiar a mano, pero
> la curiosidad mató al gato y a mí me pone nervioso
>
> Que sigan bien
>
> --
> Juan Abasolo
>
> Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
> Bilboko Hezkuntza Fakultatea
> Euskal Herriko Unibertsitatea
> UPV/EHU
>
> Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)
>
> T: (+34) 94 601 7567
> Telegram: @JuanAbasolo
> Skype: abasolo72
>
> Tutoretza ordutegia 
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
>

-- 
Juan Abasolo

Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
Bilboko Hezkuntza Fakultatea
Euskal Herriko Unibertsitatea
UPV/EHU

Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)

T: (+34) 94 601 7567
Telegram: @JuanAbasolo
Skype: abasolo72

Tutoretza ordutegia 

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Re: [R-es] Error en salida de lubridate::seconds_to_period() en Rmarkdown

[Emilio L. Cano]

Hola,

Creo que es porque los chunks “en línea” realmente hacen “cat” de la expresión 
que hay dentro. Entonces:

> cat(round(lubridate::seconds_to_period(lubridate::seconds(dato))), 0)
52 0

Si lo pasas a carácter en el chunk en línea creo que te saldrá bien:


+ Duración total `r 
as.character(round(lubridate::seconds_to_period(lubridate::seconds(sum(dato))), 
0))`

O cualquier función que dé formato como texto, como ha sugerido Carlos.

Un saludo,

Emilio L. Cano
http://emilio.lcano.com



> El 3 ene 2020, a las 8:20, Juan Abasolo  escribió:
> 
> Buas y feliz año y decada nueva, compañeRos,
> 
> Me estoy encontrando con un problema tonto que no consigo resolver.
> 
> Explico, tengo un dato que necesito sacar en un documento con codigo on
> line y no me saca el resultado de consola.
> 
> dato <- 2272.13
> 
> round(lubridate::seconds_to_period(seconds(dato))), 0)
> 
> En consola me da:
> "37M 52S"
> 
> Pero en el documento
> 
> ```Rmarkdown
> 
> + Duración total `r round(lubridate::seconds_to_period(seconds(sum(dato))),
> 0)`
> 
> ```
> 
> Me da:
> 
>   - *Duración total 52*
> 
> Lo de envolverlo en seconds() lo puse para ver si funciona, y no hay
> cambio. Daría lo mismo seconds_to_period(dato), pero lo dejé para mostrar
> que lo tomé en cuenta.
> 
> ---
> En realidad y de momento, es un solo dato que lo puedo copiar a mano, pero
> la curiosidad mató al gato y a mí me pone nervioso
> 
> Que sigan bien
> 
> -- 
> Juan Abasolo
> 
> Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
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> T: (+34) 94 601 7567
> Telegram: @JuanAbasolo
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> Tutoretza ordutegia 
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Re: [R-es] Error en salida de lubridate::seconds_to_period() en Rmarkdown

[Carlos Ortega]

Hola,

Feliz Año!.
No sé porqué se produce, tiene pinta de bug.. pero puedes forzar a que la
salida sea como quieres así:


+ Duración total *`r sprintf('%2.0fM : %2.0fS',
round(minute(seconds_to_period(dato)),0),
round(second(seconds_to_period(dato)),0) )`*

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El vie., 3 ene. 2020 a las 8:20, Juan Abasolo ()
escribió:

> Buas y feliz año y decada nueva, compañeRos,
>
> Me estoy encontrando con un problema tonto que no consigo resolver.
>
> Explico, tengo un dato que necesito sacar en un documento con codigo on
> line y no me saca el resultado de consola.
>
> dato <- 2272.13
>
> round(lubridate::seconds_to_period(seconds(dato))), 0)
>
> En consola me da:
> "37M 52S"
>
> Pero en el documento
>
> ```Rmarkdown
>
> + Duración total `r round(lubridate::seconds_to_period(seconds(sum(dato))),
> 0)`
>
> ```
>
> Me da:
>
>- *Duración total 52*
>
> Lo de envolverlo en seconds() lo puse para ver si funciona, y no hay
> cambio. Daría lo mismo seconds_to_period(dato), pero lo dejé para mostrar
> que lo tomé en cuenta.
>
> ---
> En realidad y de momento, es un solo dato que lo puedo copiar a mano, pero
> la curiosidad mató al gato y a mí me pone nervioso
>
> Que sigan bien
>
> --
> Juan Abasolo
>
> Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
> Bilboko Hezkuntza Fakultatea
> Euskal Herriko Unibertsitatea
> UPV/EHU
>
> Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)
>
> T: (+34) 94 601 7567
> Telegram: @JuanAbasolo
> Skype: abasolo72
>
> Tutoretza ordutegia 
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Saludos,
Carlos Ortega
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[R-es] Error en salida de lubridate::seconds_to_period() en Rmarkdown

[Juan Abasolo]

Buas y feliz año y decada nueva, compañeRos,

Me estoy encontrando con un problema tonto que no consigo resolver.

Explico, tengo un dato que necesito sacar en un documento con codigo on
line y no me saca el resultado de consola.

dato <- 2272.13

round(lubridate::seconds_to_period(seconds(dato))), 0)

En consola me da:
"37M 52S"

Pero en el documento

```Rmarkdown

+ Duración total `r round(lubridate::seconds_to_period(seconds(sum(dato))),
0)`

```

Me da:

   - *Duración total 52*

Lo de envolverlo en seconds() lo puse para ver si funciona, y no hay
cambio. Daría lo mismo seconds_to_period(dato), pero lo dejé para mostrar
que lo tomé en cuenta.

---
En realidad y de momento, es un solo dato que lo puedo copiar a mano, pero
la curiosidad mató al gato y a mí me pone nervioso

Que sigan bien

-- 
Juan Abasolo

Hizkuntzaren eta Literaturaren Didaktika Saila | EUDIA ikerketa taldea
Bilboko Hezkuntza Fakultatea
Euskal Herriko Unibertsitatea
UPV/EHU

Sarriena auzoa z/g 48940 - Leioa (Bizkaia)

T: (+34) 94 601 7567
Telegram: @JuanAbasolo
Skype: abasolo72

Tutoretza ordutegia 

[[alternative HTML version deleted]]

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[R-es] Error in plot.new() : figure margins too large.

[Manuel Mendoza]

Olvidadlo, me había equivocado al hacer la matriz.

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[R-es] Error in plot.new() : figure margins too large

[Manuel Mendoza]

Hola erreros, a ver si alguien puede ayudarme a resolver este error: Error
in plot.new() : figure margins too large.
En la red hay un montón de gente con el mismo error, les dan múltiples
soluciones, pero a mi no me funciona ninguna 😕

Aquí tenéis el script:

library(matrixStats)

mat<-data.frame(replicate(78873, runif(1142)))
mat$mean<-transform(mat, apply(mat,1, mean))
mat$sd<-transform(mat, apply(mat,1, sd))
mat$cv<-transform(mat, apply(mat,1, sd))/transform(mat, apply(mat,1, mean))

windows()
plot(mat$mean,mat$sd)

Muchas gracias, como siempre,
Manuel

Error in plot.new() : figure margins too large

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[R-es] error estándar en un modelo AFT, a mano, en R

[Alberto Carmona Bayonas]

Hola, me gustaría aprender a obtener el error estándar de una predicción de
supervivencia de un modelo AFT (pe., la probabilidad de supervivencia a un
año), por el método delta.
Esto se hace de forma trivial con la función survest del paquete rms, pero
a mí me gustaría saber reproducirlo a mano.
Sin embargo, cuando he tratado de calcular el método delta a mano obtengo
una cifra equivocada.
¿Alguien puede ayudarme?
Para tratar de reproducir la estimación, incluyo un código de ejemplo:

library(survival)
library(rms)
data(lung)
head(lung)

ddist <- datadist(lung) options(datadist='ddist') lung$SurvObj <-
with(lung, Surv(time, status == 2))
fit <- psm(SurvObj ~ rcs(age,3)+sex+ph.karno, dist="lognormal", x=T , y=T ,
data=lung)
newdata <- expand.grid(age=70, sex=1, ph.karno=60) #
sur<-survest(fit,newdata,times = 365)
sur # obtengo un SE de 0.16.

# tras ello intento reproducirlo a mano
xb<-surlinear.predictors
survival365<−1−pnorm((log(365)−xb)/fitscale)
pdf <- (dnorm((log(365)-xb)/fitscale))/(365∗fitscale)
x <- c(70,70,70,1,60) # son cinco términos por las splines
se <- pdf %% t(x)%%vcov(fit) %% x %% pdf %>% sqrt
se # obtengo 0.059, aproximadamente la mitad
¿Alguien sabe qué está mal?


--
Alberto Carmona Bayonas
Servicio de Hematología y Oncología Médica
Hospital Universitario Morales Meseguer
Avda. Marqués de los Vélez, s/n. 30001-Murcia
Teléfono: 968-360900// 968-360969 (secretaría)
Fax: 968-360969
Murcia. Spain.

La información y los archivos adjuntos en esta transmisión puede contener
información confidencial o información privilegiada y es para uso exclusivo
del destinatario destinados / s /. Si usted no es el destinatario, se le
notifica que cualquier divulgación, copia, distribución, o dependencia de
los contenidos de esta transmisión está estrictamente prohibida. Por favor,
notifique al remitente y destruir este mensaje. E-mail comunicaciones no se
puede garantizar que sea seguro o libre de errores, ya que la información
puede ser interceptada, corrompido, modificado, perdido, destruido, llegar
tarde o incompleta, o contener virus. No aceptamos la responsabilidad por
cualquiera de esas cuestiones o de sus consecuencias. Se han tomado todas
las precauciones razonables para asegurarse de que cualquier archivo
adjunto a la dirección de e-mail ha sido escaneado en busca de virus. Sin
embargo, no podemos aceptar la responsabilidad por cualquier daño sufrido
como resultado de los virus de software y asesorará que el desempeño de su
propio virus escanea antes de abrir cualquier archivo adjunto.

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Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

[Gemma Ruiz-Olalla]

Hola Carlos y Xavier,

Muchas gracias, realmente los índices estaban mal y no tenía sentido porque
efectivamente no existía phen_tot$convergence[i][j].

Estamos arreglándolo ahora y pinta bien, gracias!

Saludos,

Gemma


El vie., 25 ene. 2019 a las 15:53, Carlos J. Gil Bellosta (<
gilbello...@gmail.com>) escribió:

> Hola, ¿qué tal?
>
> Si phen_tot es un DF, entonces no existe phen_tot$convergence[i][j]. A lo
> más, existe phen_tot$convergence[i], que es el i-ésimo elemento de la
> columna "convergence" de phen_tot. A saber cuál es la lógica que quieres
> implementar ahí.
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanalytics.com
>
> El vie., 25 ene. 2019 a las 15:24, Xavier-Andoni Tibau Alberdi (<
> xaviti...@gmail.com>) escribió:
>
>> Buenas,
>>
>> puedes imprimir phen_tot$convergence[i][j], con diversas i i j, para ver
>> que te devuelve. también puedes usar type(phen_tot$convergence[i][j]) para
>> ver que tipo es. Entonces sabrás que tienes que poner en el oro lado del
>> if.
>>
>> Un saludo!
>>
>> Xavier Tibau
>>
>> Missatge de Gemma Ruiz-Olalla  del dia dv.,
>> 25 de gen. 2019 a les 15:06:
>>
>>> Hola Carlos,
>>>
>>> Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
>>> tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
>>> "maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
>>> "convergence_cor", etc.
>>>
>>> phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
>>> (levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
>>> podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
>>> "as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos
>>> los
>>> valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
>>> como nivel del factor. ¿Puede ser?
>>>
>>> Muchas gracias,
>>>
>>> Gemma
>>>
>>>
>>> El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
>>> gilbello...@gmail.com>) escribió:
>>>
>>> > Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
>>> > expresión
>>> > phen_tot$convergence[i][j]
>>> > es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
>>> >
>>> > Un saludo,
>>> >
>>> > Carlos J. Gil Bellosta
>>> >
>>> >
>>> > El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla <
>>> gemma.ruizola...@gmail.com>
>>> > escribió:
>>> >
>>> >> Buenas tardes,
>>> >>
>>> >> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle
>>> funciona (lo
>>> >> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>>> >>
>>> >> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' ||
>>> phen_tot$r_square[i][j]
>>> >> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>>> >>
>>> >> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la
>>> toma de
>>> >> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>>> >>
>>> >> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>>> >>
>>> >>
>>> >> for(i in l_plates) {
>>> >>   for(j in l_analytes) {
>>> >>
>>> >>   # arguments
>>> >>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
>>> <=
>>> >> 0.9) {
>>> >>
>>> >> # first condition
>>> >> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
>>> >> phen_tot$use <- 'F'
>>> >> phen_tot$ref_val <- 15000
>>> >>
>>> >> # second condition
>>> >> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
>>> >> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
>>> >> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
>>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>>> >>
>>> >> # third condition
>>> >> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
>>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
>>> >> }
>>> >> }
>>> >>  }
>>> >>   }
>>> >>
>>> >>
>>> >> Muchas gracias,
>>> >>
>>> >> --
>>> >> Gemma
>>> >>
>>> >> [[alternative HTML version deleted]]
>>> >>
>>> >> ___
>>> >> R-help-es mailing list
>>> >> R-help-es@r-project.org
>>> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>> >>
>>> >
>>>
>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>
>>> ___
>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es@r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>
> --
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanalytics.com
>

[[alternative HTML version deleted]]

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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

[Carlos J. Gil Bellosta]

Hola, ¿qué tal?

Si phen_tot es un DF, entonces no existe phen_tot$convergence[i][j]. A lo
más, existe phen_tot$convergence[i], que es el i-ésimo elemento de la
columna "convergence" de phen_tot. A saber cuál es la lógica que quieres
implementar ahí.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El vie., 25 ene. 2019 a las 15:24, Xavier-Andoni Tibau Alberdi (<
xaviti...@gmail.com>) escribió:

> Buenas,
>
> puedes imprimir phen_tot$convergence[i][j], con diversas i i j, para ver
> que te devuelve. también puedes usar type(phen_tot$convergence[i][j]) para
> ver que tipo es. Entonces sabrás que tienes que poner en el oro lado del
> if.
>
> Un saludo!
>
> Xavier Tibau
>
> Missatge de Gemma Ruiz-Olalla  del dia dv.,
> 25 de gen. 2019 a les 15:06:
>
>> Hola Carlos,
>>
>> Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
>> tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
>> "maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
>> "convergence_cor", etc.
>>
>> phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
>> (levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
>> podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
>> "as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos
>> los
>> valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
>> como nivel del factor. ¿Puede ser?
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> Gemma
>>
>>
>> El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
>> gilbello...@gmail.com>) escribió:
>>
>> > Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
>> > expresión
>> > phen_tot$convergence[i][j]
>> > es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
>> >
>> > Un saludo,
>> >
>> > Carlos J. Gil Bellosta
>> >
>> >
>> > El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla <
>> gemma.ruizola...@gmail.com>
>> > escribió:
>> >
>> >> Buenas tardes,
>> >>
>> >> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona
>> (lo
>> >> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>> >>
>> >> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' ||
>> phen_tot$r_square[i][j]
>> >> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>> >>
>> >> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la
>> toma de
>> >> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>> >>
>> >> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>> >>
>> >>
>> >> for(i in l_plates) {
>> >>   for(j in l_analytes) {
>> >>
>> >>   # arguments
>> >>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
>> <=
>> >> 0.9) {
>> >>
>> >> # first condition
>> >> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
>> >> phen_tot$use <- 'F'
>> >> phen_tot$ref_val <- 15000
>> >>
>> >> # second condition
>> >> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
>> >> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
>> >> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>> >>
>> >> # third condition
>> >> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
>> >> }
>> >> }
>> >>  }
>> >>   }
>> >>
>> >>
>> >> Muchas gracias,
>> >>
>> >> --
>> >> Gemma
>> >>
>> >> [[alternative HTML version deleted]]
>> >>
>> >> ___
>> >> R-help-es mailing list
>> >> R-help-es@r-project.org
>> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >>
>> >
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>

-- 
Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

[Xavier-Andoni Tibau Alberdi]

Buenas,

puedes imprimir phen_tot$convergence[i][j], con diversas i i j, para ver
que te devuelve. también puedes usar type(phen_tot$convergence[i][j]) para
ver que tipo es. Entonces sabrás que tienes que poner en el oro lado del
if.

Un saludo!

Xavier Tibau

Missatge de Gemma Ruiz-Olalla  del dia dv., 25
de gen. 2019 a les 15:06:

> Hola Carlos,
>
> Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
> tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
> "maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
> "convergence_cor", etc.
>
> phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
> (levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
> podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
> "as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos los
> valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
> como nivel del factor. ¿Puede ser?
>
> Muchas gracias,
>
> Gemma
>
>
> El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
> gilbello...@gmail.com>) escribió:
>
> > Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
> > expresión
> > phen_tot$convergence[i][j]
> > es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
> >
> > Un saludo,
> >
> > Carlos J. Gil Bellosta
> >
> >
> > El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla <
> gemma.ruizola...@gmail.com>
> > escribió:
> >
> >> Buenas tardes,
> >>
> >> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona
> (lo
> >> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
> >>
> >> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' ||
> phen_tot$r_square[i][j]
> >> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
> >>
> >> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma
> de
> >> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
> >>
> >> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
> >>
> >>
> >> for(i in l_plates) {
> >>   for(j in l_analytes) {
> >>
> >>   # arguments
> >>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
> >> 0.9) {
> >>
> >> # first condition
> >> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
> >> phen_tot$use <- 'F'
> >> phen_tot$ref_val <- 15000
> >>
> >> # second condition
> >> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
> >> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
> >> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
> >>
> >> # third condition
> >> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
> >> }
> >> }
> >>  }
> >>   }
> >>
> >>
> >> Muchas gracias,
> >>
> >> --
> >> Gemma
> >>
> >> [[alternative HTML version deleted]]
> >>
> >> ___
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Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

[Gemma Ruiz-Olalla]

Hola Carlos,

Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
"maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
"convergence_cor", etc.

phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
(levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
"as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos los
valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
como nivel del factor. ¿Puede ser?

Muchas gracias,

Gemma


El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
gilbello...@gmail.com>) escribió:

> Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
> expresión
> phen_tot$convergence[i][j]
> es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
>
>
> El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla 
> escribió:
>
>> Buenas tardes,
>>
>> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona (lo
>> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>>
>> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
>> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>>
>> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma de
>> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>>
>> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>>
>>
>> for(i in l_plates) {
>>   for(j in l_analytes) {
>>
>>   # arguments
>>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
>> 0.9) {
>>
>> # first condition
>> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
>> phen_tot$use <- 'F'
>> phen_tot$ref_val <- 15000
>>
>> # second condition
>> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
>> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
>> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
>> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>>
>> # third condition
>> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
>> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
>> }
>> }
>>  }
>>   }
>>
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> --
>> Gemma
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
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>>
>

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Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

[Carlos J. Gil Bellosta]

Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
expresión
phen_tot$convergence[i][j]
es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta


El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla 
escribió:

> Buenas tardes,
>
> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona (lo
> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>
> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>
> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma de
> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>
> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>
>
> for(i in l_plates) {
>   for(j in l_analytes) {
>
>   # arguments
>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
> 0.9) {
>
> # first condition
> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
> phen_tot$use <- 'F'
> phen_tot$ref_val <- 15000
>
> # second condition
> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>
> # third condition
> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
> }
> }
>  }
>   }
>
>
> Muchas gracias,
>
> --
> Gemma
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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>

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[R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

[Gemma Ruiz-Olalla]

Buenas tardes,

Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona (lo
hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:

"Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
<= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"

Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma de
decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".

¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?


for(i in l_plates) {
  for(j in l_analytes) {

  # arguments
  if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
0.9) {

# first condition
phen_tot$convergence_cor <- 'F'
phen_tot$use <- 'F'
phen_tot$ref_val <- 15000

# second condition
}else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
phen_tot$use[i][j] <- 'F'
phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000

# third condition
}else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
}
}
 }
  }


Muchas gracias,

-- 
Gemma

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Re: [R-es] Error al pasar consulta a shiny

[Víctor Granda García]

Hola Jesús,

En vez de renderText, prueba renderPrint. El problema creo que se debe a
que renderText pasa un data.frame (una lista al fin y al cabo) a "cat" y
eso da error (pej cat(iris) te da exactamente el mismo error)

*Víctor Granda García*
Data Technician

v.gra...@creaf.uab.cat
Tel. +34 93 581 33 53

*www.creaf.cat* * | **http://blog.creaf.cat*

CREAF. Campus UAB. Edifici C. 08193 Bellaterra (Barcelona)

Antes de imprimir este mensaje electrónico piense en el medio ambiente.



On Mon, 22 Oct 2018 at 11:54, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> wrote:

> Buenas
>
> Estoy haciendo una app en shiny, ,algo muy sencillo, pero no consigo pasar
> una variable de un inputSelect a una consulta SQL y que de el resultado
>
> En el selectInput lo pongo de la siguiente manear (dentro del ui):
>
> selectInput("nombre","Selecciona el nombre de la
> variable",choices=names(variable))
> textOutput("resultado")
> y en el server pongo
>
> output$resultado <- renderText({
> conexion <- dbConnect()
> consulta <- dbGetQuery(conexion,paste0("SELECT * FROM tabla WHERE nombre =
> '",input$nombre,"';")
> consulta
> })
>
> Me devuelve el siguiente error:
>
> argument 1 (type 'list') cannot be handled by 'cat'
>
> En cambio con un renderTable si que tira. Alguna idea?
>
> Gracias
> Jesús
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Re: [R-es] error en un cmeans

[Manuel Mendoza]

Gracias Jorge I, Marcelino dió con la clave; una chorrada.
Manuel


Quoting Jorge I Velez :


Manuel,
Mira
https://www.rdocumentation.org/packages/e1071/versions/1.6-8/topics/cmeans
No debes incluir “i” en cmeans().
Saludos,
Jorge.-

Sent from my phone. Please excuse my brevity and misspeling.


El El mié, 27 de jun. de 2018 a las 9:33 a. m., Manuel Mendoza <
mmend...@mncn.csic.es> escribió:



Pues no lo sé. Es algo del código de RandomForest, supongo.



Quoting Jesús Para Fernández :

> U es un dataframe?
>
> Obtener Outlook para Android<https://aka.ms/ghei36>
>
> 
> From: R-help-es  on behalf of
> Manuel Mendoza 
> Sent: Wednesday, June 27, 2018 12:25:10 PM
> To: r-help-es@r-project.org
> Subject: [R-es] error en un cmeans
>
>
> Tuve que dejar, de momento, lo del "loop con matriz que cambia de
> nombre" por algo más urgente, y me salió otro problema.
>
> Hago un cmeans con el paquete e1071;
>
>cl<-cmeans(Data,i,20,verbose=F,method="cmeans",m=2)
>
>   y me da este error: Error in apply(u, 1, which.max) : dim(X) must
> have a positive length.
>
> Estoy harto de usar esa línea de código, con dfs iguales a la de
> ahora, por lo que no entiendo por qué falla.
>
> Gracias,
> Manuel
>
>
>
>
>
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> .
>
>
> --
> Dr Manuel Mendoza
> Department of Biogeography and Global Change
> National Museum of Natural History (MNCN)
> Spanish Scientific Council (CSIC)
> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
> Spain
>
> ___
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> R-help-es@r-project.org
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Re: [R-es] error en un cmeans

[Manuel Mendoza]

Gracias Marcelino; a partir de 2 funciona, claro. Copié el for de otra  
cosa y no caí en que i debe empezar en 2, claro. Un cluster con un  
solo grupo no tiene sentido.

Manuel



Quoting Marcelino de la Cruz Rot :

Parece que a cmeans() no le gusta que el número de clusters ("i" en  
tu código) valga 1.





El 27/06/2018 a las 12:25, Manuel Mendoza escribió:


Tuve que dejar, de momento, lo del "loop con matriz que cambia de  
nombre" por algo más urgente, y me salió otro problema.


Hago un cmeans con el paquete e1071;

  cl<-cmeans(Data,i,20,verbose=F,method="cmeans",m=2)

 y me da este error: Error in apply(u, 1, which.max) : dim(X) must  
have a positive length.


Estoy harto de usar esa línea de código, con dfs iguales a la de  
ahora, por lo que no entiendo por qué falla.


Gracias,
Manuel












































.




--
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España



--
Dr Manuel Mendoza
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Re: [R-es] error en un cmeans

[Jorge I Velez]

Manuel,
Mira
https://www.rdocumentation.org/packages/e1071/versions/1.6-8/topics/cmeans
No debes incluir “i” en cmeans().
Saludos,
Jorge.-

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El El mié, 27 de jun. de 2018 a las 9:33 a. m., Manuel Mendoza <
mmend...@mncn.csic.es> escribió:

>
> Pues no lo sé. Es algo del código de RandomForest, supongo.
>
>
>
> Quoting Jesús Para Fernández :
>
> > U es un dataframe?
> >
> > Obtener Outlook para Android<https://aka.ms/ghei36>
> >
> > 
> > From: R-help-es  on behalf of
> > Manuel Mendoza 
> > Sent: Wednesday, June 27, 2018 12:25:10 PM
> > To: r-help-es@r-project.org
> > Subject: [R-es] error en un cmeans
> >
> >
> > Tuve que dejar, de momento, lo del "loop con matriz que cambia de
> > nombre" por algo más urgente, y me salió otro problema.
> >
> > Hago un cmeans con el paquete e1071;
> >
> >cl<-cmeans(Data,i,20,verbose=F,method="cmeans",m=2)
> >
> >   y me da este error: Error in apply(u, 1, which.max) : dim(X) must
> > have a positive length.
> >
> > Estoy harto de usar esa línea de código, con dfs iguales a la de
> > ahora, por lo que no entiendo por qué falla.
> >
> > Gracias,
> > Manuel
> >
> >
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Re: [R-es] error en un cmeans

[Marcelino de la Cruz Rot]

Parece que a cmeans() no le gusta que el número de clusters ("i" en tu 
código) valga 1.





El 27/06/2018 a las 12:25, Manuel Mendoza escribió:


Tuve que dejar, de momento, lo del "loop con matriz que cambia de 
nombre" por algo más urgente, y me salió otro problema.


Hago un cmeans con el paquete e1071;

  cl<-cmeans(Data,i,20,verbose=F,method="cmeans",m=2)

 y me da este error: Error in apply(u, 1, which.max) : dim(X) must 
have a positive length.


Estoy harto de usar esa línea de código, con dfs iguales a la de 
ahora, por lo que no entiendo por qué falla.


Gracias,
Manuel












































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Marcelino de la Cruz Rot
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Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
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