Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-22 Por tema Jaume Tormo 
Muchas gracias.

Jaume.

El 20 de junio de 2018, 14:21, Marcelino de la Cruz Rot <
marcelino.delac...@urjc.es> escribió:

> Hola Jaume:
>
> Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir:
>
>  findMethods(biovars)
>
> La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los
> tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del paquete.
> Generalmente  en la carpeta "R" del paquete con el código fuente comprimido
> (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN (
> https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este
> caso, directamente desde su página de Github (
> https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).
>
>
> Un saludo,
>
> Marcelino
>
>
> El 19/06/2018 a las 23:22, Jaume Tormo escribió:
>
>> Hola Jorge y Marcelino,
>>
>> Muchas gracias a los dos.
>> Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una
>> función?
>>
>> Gracias de nuevo.
>>
>> Jaume.
>>
>> El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto > jorge.vi...@ehu.es>> escribió:
>>
>> Hola,
>>
>> en la misma definición de la función:
>>
>> # P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
>>
>> # the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill
>> is < 1)
>>
>> p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
>>
>> Un saludo,
>>
>> Jorge
>>
>> On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot
>> escribió:
>>
>> > Hola Jaume:
>>
>> >
>>
>> > Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
>>
>> > coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
>>
>> > previamente 1 a "prec":
>>
>> >
>>
>> > p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
>>
>> >
>>
>> >
>>
>> > Es decir, en tu caso,
>>
>> >
>>
>> > > cv(prec+1)
>>
>> >
>>
>> > [1] 109.9637
>>
>> >
>>
>> > Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
>>
>> >
>>
>> > > cv(prec)
>>
>> >
>>
>> > [1] 112.5923
>>
>> >
>>
>> >  coincide con tu cálculo manual.
>>
>> >
>>
>> > En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
>>
>> > variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
>>
>> > tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
>> los que
>>
>> > se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
>>
>> >
>>
>> > Saludos,
>>
>> >
>>
>> > Marcelino
>>
>> >
>>
>> > El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
>>
>> > > Estimados erreros,
>>
>> > >
>>
>> > > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
>>
>> > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
>> ) un
>>
>> coeficiente
>>
>> > > de
>>
>> > > variación. Os pongo un ejemplo:
>>
>> > > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
>> mínima media
>>
>> > > mensual de un año
>>
>> > > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
>>
>> > > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
>> media mensual
>>
>> > > de un año
>>
>> > > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
>> variables
>>
>> > > relevantes para la distribución de especies.
>>
>> > >
>>
>> > > #El resultado es:
>>
>> > > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
>>
>> > >
>>
>> > > bio11
>>
>> > > [1,] 18.8 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.8 23.5
>>
>> > > 13.8
>>
>> > >
>>
>> > > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
>>
>> > >
>>
>> > > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
>>
>> > >
>>
>> > > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
>>
>> > >
>>
>> > > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
>>
>> > >> (sd(prec)/mean(prec))*100
>>
>> > >
>>
>> > > [1] *112.5923*
>>
>> > >
>>
>> > > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
>>
>> > > perdiendo
>>
>> > > algo. En el manual del paquete (
>>
>> > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
>> ), no
>>
>> explica como
>>
>> > > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
>> en dentro de
>>
>> > > biovars para saber que está haciendo?
>>
>> > >
>>
>> > > Muchas gracias.
>>
>> --
>> --
>>
>> Jorge Virto Moreno
>>
>> Dpt. Economia Aplicada III
>>
>> Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU
>>
>> Avda. Lehendakari Agirre, 83
>>
>> 48015 Bilbao
>>
>> Spain
>>
>> Tel: 94 601 3851
>>
>> Fax: 94 601 3754
>>
>> eman ta zabal zazu
>>
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>>
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>>
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>>
>> |___ \_

Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-20 Por tema Marcelino de la Cruz Rot 

Hola Jaume:

Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir:

 findMethods(biovars)

La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los 
tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del 
paquete. Generalmente  en la carpeta "R" del paquete con el código 
fuente comprimido (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN 
(https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este 
caso, directamente desde su página de Github 
(https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).



Un saludo,

Marcelino


El 19/06/2018 a las 23:22, Jaume Tormo escribió:

Hola Jorge y Marcelino,

Muchas gracias a los dos.
Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una 
función?


Gracias de nuevo.

Jaume.

El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto > escribió:


Hola,

en la misma definición de la función:

# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)

# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill
is < 1)

p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)

Un saludo,

Jorge

On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot
escribió:

> Hola Jaume:

>

> Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el

> coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando

> previamente 1 a "prec":

>

> p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)

>

>

> Es decir, en tu caso,

>

> > cv(prec+1)

>

> [1] 109.9637

>

> Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que

>

> > cv(prec)

>

> [1] 112.5923

>

>  coincide con tu cálculo manual.

>

> En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta

> variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero

> tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
los que

> se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.

>

> Saludos,

>

> Marcelino

>

> El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:

> > Estimados erreros,

> >

> > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (

> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
) un
coeficiente

> > de

> > variación. Os pongo un ejemplo:

> > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
mínima media

> > mensual de un año

> > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año

> > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
media mensual

> > de un año

> > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
variables

> > relevantes para la distribución de especies.

> >

> > #El resultado es:

> > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10

> >

> > bio11

> > [1,] 18.8 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.8 23.5

> > 13.8

> >

> > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19

> >

> > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2

> >

> > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la

> >

> > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:

> >> (sd(prec)/mean(prec))*100

> >

> > [1] *112.5923*

> >

> > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy

> > perdiendo

> > algo. En el manual del paquete (

> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
), no
explica como

> > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
en dentro de

> > biovars para saber que está haciendo?

> >

> > Muchas gracias.

-- 


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Jorge Virto Moreno

Dpt. Economia Aplicada III

Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU

Avda. Lehendakari Agirre, 83

48015 Bilbao

Spain

Tel: 94 601 3851

Fax: 94 601 3754

eman ta zabal zazu

_ _

| \___ |___\-\_

| ___] __ | |

| [_ __ [_ |_| |

|__ _] [_ |___] /

| [_ | __/

|___ \__| |

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Universidad del País Vasco

Euskal Herriko Unibertsitatea




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Jaume Tormo.
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
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Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-19 Por tema Xavier-Andoni Tibau Alberdi 
View(funcion), tambien vale para ver variables.

El mar., 19 jun. 2018 15:34, Marcelino de la Cruz Rot <
marcelino.delac...@urjc.es> escribió:

> Hola Jaume:
>
> Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
> coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
> previamente 1 a "prec":
>
> p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
>
>
> Es decir, en tu caso,
>
>  > cv(prec+1)
> [1] 109.9637
>
> Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
>
>  > cv(prec)
> [1] 112.5923
>
>   coincide con tu cálculo manual.
>
> En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
> variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
> tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que
> se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
>
> Saludos,
>
> Marcelino
>
>
>
>
>
>
> El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
> > Estimados erreros,
> >
> > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un
> coeficiente de
> > variación. Os pongo un ejemplo:
> > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
> > mensual de un año
> > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
> > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
> > de un año
> > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
> > relevantes para la distribución de especies.
> > #El resultado es:
> >  bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
> > bio11
> > [1,] 18.85 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.8  23.5
> > 13.8
> >   bio12 bio13 bio14*bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
> > [1,]   502   160 0 *109.9637*   320 2   260 2
> >
> > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
> > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
> >
> >> (sd(prec)/mean(prec))*100
> > [1] *112.5923*
> >
> > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
> perdiendo
> > algo. En el manual del paquete (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica
> como
> > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
> > biovars para saber que está haciendo?
> >
> > Muchas gracias.
> >
> >
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Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-19 Por tema Jaume Tormo 
Hola Jorge y Marcelino,

Muchas gracias a los dos.
Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una
función?

Gracias de nuevo.

Jaume.

El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto  escribió:

> Hola,
>
>
>
> en la misma definición de la función:
>
>
>
> # P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
>
> # the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1)
>
>   p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
>
>
> Un saludo,
>
> Jorge
>
>
>
> On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot escribió:
>
> > Hola Jaume:
>
> >
>
> > Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
>
> > coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
>
> > previamente 1 a "prec":
>
> >
>
> > p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
>
> >
>
> >
>
> > Es decir, en tu caso,
>
> >
>
> > > cv(prec+1)
>
> >
>
> > [1] 109.9637
>
> >
>
> > Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
>
> >
>
> > > cv(prec)
>
> >
>
> > [1] 112.5923
>
> >
>
> >  coincide con tu cálculo manual.
>
> >
>
> > En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
>
> > variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
>
> > tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que
>
> > se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
>
> >
>
> > Saludos,
>
> >
>
> > Marcelino
>
> >
>
> > El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
>
> > > Estimados erreros,
>
> > >
>
> > > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
>
> > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un
> coeficiente
>
> > > de
>
> > > variación. Os pongo un ejemplo:
>
> > > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima
> media
>
> > > mensual de un año
>
> > > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
>
> > > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media
> mensual
>
> > > de un año
>
> > > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
>
> > > relevantes para la distribución de especies.
>
> > >
>
> > > #El resultado es:
>
> > > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
>
> > >
>
> > > bio11
>
> > > [1,] 18.8 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.8 23.5
>
> > > 13.8
>
> > >
>
> > > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
>
> > >
>
> > > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
>
> > >
>
> > > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
>
> > >
>
> > > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
>
> > >> (sd(prec)/mean(prec))*100
>
> > >
>
> > > [1] *112.5923*
>
> > >
>
> > > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
>
> > > perdiendo
>
> > > algo. En el manual del paquete (
>
> > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica
> como
>
> > > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro
> de
>
> > > biovars para saber que está haciendo?
>
> > >
>
> > > Muchas gracias.
>
> --
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Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-19 Por tema Jorge Virto 
Hola,

en la misma definici�n de la funci�n:

# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation) 
# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1)
p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)

Un saludo,
Jorge

On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot escribi�:
> Hola Jaume:
> 
> Si miras el c�digo de biovars() ver�s que la variable bio15 (el
> coeficiente de variaci�n de la precipitaci�n) la obtiene sumando
> previamente 1 a "prec":
> 
> p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
> 
> 
> Es decir, en tu caso,
> 
>  > cv(prec+1)
> 
> [1] 109.9637
> 
> Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
> 
>  > cv(prec)
> 
> [1] 112.5923
> 
>   coincide con tu c�lculo manual.
> 
> En la p�gina web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
> variable no he encontrado una explicaci�n de este sumatorio, pero
> tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los art�culos en los que
> se describe esta base de datos den raz�n de este sumatorio.
> 
> Saludos,
> 
> Marcelino
> 
> El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribi�:
> > Estimados erreros,
> > 
> > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente
> > de
> > variaci�n. Os pongo un ejemplo:
> > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura m�nima media
> > mensual de un a�o
> > tmax <- tmin + 5 # temperatura m�xima media mensual de un a�o
> > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitaci�n media mensual
> > de un a�o
> > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
> > relevantes para la distribuci�n de especies.
> > 
> > #El resultado es:
> >  bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
> > 
> > bio11
> > [1,] 18.85 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.8  23.5
> > 13.8
> > 
> >   bio12 bio13 bio14*bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
> > 
> > [1,]   502   160 0 *109.9637*   320 2   260 2
> > 
> > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variaci�n de la
> > 
> > precipitaci�n, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
> >> (sd(prec)/mean(prec))*100
> > 
> > [1] *112.5923*
> > 
> > �Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variaci�n? Me estoy
> > perdiendo
> > algo. En el manual del paquete (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
> > calcula el indice de variaci�n �Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
> > biovars para saber que est� haciendo?
> > 
> > Muchas gracias.
-- 
--
Jorge Virto Moreno
Dpt. Economia Aplicada III
Facultad de Econom�a y Empresa UPV-EHU
Avda. Lehendakari Agirre, 83
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Re: [R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

2018-06-19 Por tema Marcelino de la Cruz Rot 

Hola Jaume:

Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el 
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando 
previamente 1 a "prec":


p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)


Es decir, en tu caso,

> cv(prec+1)
[1] 109.9637

Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que

> cv(prec)
[1] 112.5923

 coincide con tu cálculo manual.

En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta 
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero 
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que 
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.


Saludos,

Marcelino






El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:

Estimados erreros,

Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
variación. Os pongo un ejemplo:
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
relevantes para la distribución de especies.
#El resultado es:
 bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
bio11
[1,] 18.85 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.8  23.5
13.8
  bio12 bio13 bio14*bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,]   502   160 0 *109.9637*   320 2   260 2

La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:


(sd(prec)/mean(prec))*100

[1] *112.5923*

¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
biovars para saber que está haciendo?

Muchas gracias.




--
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España

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