Re: [Rio-pm] Bio::Filter
Oi Aureliano, para filtrar flat files do UniprotKB e do Genbank eu criei meus próprios scripts, usando programação estruturada (há uns bons anos), pois não conseguia me entender bem com o BioPerl e a orientação a objetos. Também tenho scripts para trabalhar saídas de alinhamentos e do hmmer. Como posso ajudar? Que formato estás usando? Abs, Nicole Em Terça-feira, 6 de Maio de 2014 19:35, Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com escreveu: O projeto nao e paralelo ao BioPerl, e dentro do BioPerl. Eu observei que ele e muito rico em ferramentas complexas para diversas áreas da bioinfo mas carece um pouco de ferramentas para filtrar os dados obtidos. Ou quando se tem um ferramenta para isso pesquisar ela e difícil também. Então eu vou montar um grupo de ferramentas para filtrar dados. Já eu subo pro CPAN um primeiro para tirar como exemplo. Andre Carneiro andregarciacarne...@gmail.com escreveu: Não sei exatamente o que você quer fazer. Só queria dizer que existe o Bioperl. Não sei se você conhece. http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page 2014-05-06 16:22 GMT-03:00 Felipe da Veiga Leprevost fel...@leprevost.com.br: Olá Aureliano, Desculpa mas eu não entendi a proposta do seu módulo, pode explicar um pouco melhor dando exemplos? abraços 2014-05-06 15:25 GMT-03:00 Tiago Peczenyj tiago.pecze...@gmail.com: Bota logo no cpan. Como versão beta Em 06/05/2014 15:20, Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com escreveu: Ola monges, Quero convidar todos nossos amigos que trabalham com bioinformática aderentes da filosofia open source a se juntar a mim para o desenvolvimento de um conjunto de módulos direcionados para filtra as longas listas de informações que temos que lidar na bioinformática. A ideia é ter fácil acesso por meio de pesquisa simples e direcionada a ferramentas para filtrar dados na bioinformática. Iniciei o projeto, e já tenho algumas ferramentas que vou revisar e fazer testes para incluir no projeto para enviar em breve para nosso querido CPAN. Quem quiser e puder colaborar, ficarei grato. GitHub: https://github.com/acpguedes/Bio--Filter.git contato: guedes.aureli...@gmail.com Estou aberto a critica, sugestões, colaborações, etc. Abraços, Aureliano Guedes ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- Felipe da Veiga Leprevost, PhD www.leprevost.com.br Laboratory for Proteomics and Protein Engineering. Fiocruz, Brazil. ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
[Rio-pm] Bio::Filter
Ola monges, Quero convidar todos nossos amigos que trabalham com bioinformática aderentes da filosofia open source a se juntar a mim para o desenvolvimento de um conjunto de módulos direcionados para filtra as longas listas de informações que temos que lidar na bioinformática. A ideia é ter fácil acesso por meio de pesquisa simples e direcionada a ferramentas para filtrar dados na bioinformática. Iniciei o projeto, e já tenho algumas ferramentas que vou revisar e fazer testes para incluir no projeto para enviar em breve para nosso querido CPAN. Quem quiser e puder colaborar, ficarei grato. GitHub: https://github.com/acpguedes/Bio--Filter.gitcontato: guedes.aureli...@gmail.com Estou aberto a critica, sugestões, colaborações, etc. Abraços, Aureliano Guedes ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Bio::Filter
Bota logo no cpan. Como versão beta Em 06/05/2014 15:20, Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com escreveu: Ola monges, Quero convidar todos nossos amigos que trabalham com bioinformática aderentes da filosofia open source a se juntar a mim para o desenvolvimento de um conjunto de módulos direcionados para filtra as longas listas de informações que temos que lidar na bioinformática. A ideia é ter fácil acesso por meio de pesquisa simples e direcionada a ferramentas para filtrar dados na bioinformática. Iniciei o projeto, e já tenho algumas ferramentas que vou revisar e fazer testes para incluir no projeto para enviar em breve para nosso querido CPAN. Quem quiser e puder colaborar, ficarei grato. GitHub: https://github.com/acpguedes/Bio--Filter.git contato: guedes.aureli...@gmail.com Estou aberto a critica, sugestões, colaborações, etc. Abraços, Aureliano Guedes ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Bio::Filter
Olá Aureliano, Desculpa mas eu não entendi a proposta do seu módulo, pode explicar um pouco melhor dando exemplos? abraços 2014-05-06 15:25 GMT-03:00 Tiago Peczenyj tiago.pecze...@gmail.com: Bota logo no cpan. Como versão beta Em 06/05/2014 15:20, Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com escreveu: Ola monges, Quero convidar todos nossos amigos que trabalham com bioinformática aderentes da filosofia open source a se juntar a mim para o desenvolvimento de um conjunto de módulos direcionados para filtra as longas listas de informações que temos que lidar na bioinformática. A ideia é ter fácil acesso por meio de pesquisa simples e direcionada a ferramentas para filtrar dados na bioinformática. Iniciei o projeto, e já tenho algumas ferramentas que vou revisar e fazer testes para incluir no projeto para enviar em breve para nosso querido CPAN. Quem quiser e puder colaborar, ficarei grato. GitHub: https://github.com/acpguedes/Bio--Filter.git contato: guedes.aureli...@gmail.com Estou aberto a critica, sugestões, colaborações, etc. Abraços, Aureliano Guedes ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- Felipe da Veiga Leprevost, PhD www.leprevost.com.br Laboratory for Proteomics and Protein Engineering. Fiocruz, Brazil. ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Bio::Filter
O projeto nao e paralelo ao BioPerl, e dentro do BioPerl. Eu observei que ele e muito rico em ferramentas complexas para diversas áreas da bioinfo mas carece um pouco de ferramentas para filtrar os dados obtidos. Ou quando se tem um ferramenta para isso pesquisar ela e difícil também. Então eu vou montar um grupo de ferramentas para filtrar dados. Já eu subo pro CPAN um primeiro para tirar como exemplo. Andre Carneiro andregarciacarne...@gmail.com escreveu: Não sei exatamente o que você quer fazer. Só queria dizer que existe o Bioperl. Não sei se você conhece. http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page 2014-05-06 16:22 GMT-03:00 Felipe da Veiga Leprevost fel...@leprevost.com.br: Olá Aureliano, Desculpa mas eu não entendi a proposta do seu módulo, pode explicar um pouco melhor dando exemplos? abraços 2014-05-06 15:25 GMT-03:00 Tiago Peczenyj tiago.pecze...@gmail.com: Bota logo no cpan. Como versão beta Em 06/05/2014 15:20, Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com escreveu: Ola monges, Quero convidar todos nossos amigos que trabalham com bioinformática aderentes da filosofia open source a se juntar a mim para o desenvolvimento de um conjunto de módulos direcionados para filtra as longas listas de informações que temos que lidar na bioinformática. A ideia é ter fácil acesso por meio de pesquisa simples e direcionada a ferramentas para filtrar dados na bioinformática. Iniciei o projeto, e já tenho algumas ferramentas que vou revisar e fazer testes para incluir no projeto para enviar em breve para nosso querido CPAN. Quem quiser e puder colaborar, ficarei grato. GitHub: https://github.com/acpguedes/Bio--Filter.git contato: guedes.aureli...@gmail.com Estou aberto a critica, sugestões, colaborações, etc. Abraços, Aureliano Guedes ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- Felipe da Veiga Leprevost, PhD www.leprevost.com.br Laboratory for Proteomics and Protein Engineering. Fiocruz, Brazil. ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
