Hola Juan Diego,
es complicado responderte pues das pocos y vagos detalles de tus problemas.
Además de hacer muchas preguntas en un solo hilo.
Te recomiendo ojear "Cómo hacer preguntas de manera inteligente" que aunque
sea del Sr. Raymond no deja de tener validez en estos tiempos ;)
http://www.sindominio.net/ayuda/preguntas-inteligentes.html
Un tema por hilo e intenta ser lo más explicito posible. No somos un SAT.
Somos una comunidad que intentamos ayudar a ayudarnos :D
Después del rapapolvo, con animo constructivo, me permito seleccionar una
pregunta y responder.
Desconozco el software Abby Fine Reader. Según Wikipedia es un software OCR.
Trisquel distribuye Tesseract.
Tesseract es un aplicación de lineas de comandos, no dispone de una interfaz
gráfica. Lo que hace de su uso tenga una curva de aprendizaje algo elevada
para el novato en línea de comandos. Puedes probar gscan2pdf que es un GUI
para Tesseract.
Saludos.
