Hola Alan88,
hay muchas opciones que puedes utilizar, y como yo no se exactamente tus
motivaciones, voy a darte opciones que yo usaría.
- GPG - GnuPrivacyGuard, gestor de claves PGP.
- Okular - PDF Viewer del entorno de escritorio KDE permite escribir, tanto
a mano como con fuentes de letra, así como subrayar y hacer dibujitos. (Yo
no lo uso porque tendría que es bastante pesado ya que necesita instalar
bastantes librerias del entorno de kde).
- Sobre el borrado seguro de archivos te recomiendo informarte sobre los
programas de consola shred y rm. Puede que con esos tengas suficiente,
siempre dependiendo de tus motivaciones. Te recomiendo echarles un vistazo a
los manuales desde la consola, tan solo has de ejecutar "man shred" y "man
rm"
- Aptitude es un programa de instalación de paquetes apt para consola con
interfaz ncurses que cubre la mayoría de necesidades en la administración
de paquetes. Si prefieres programas con GUI (Graphic User Interface) te
recomiendo "Synaptic".
- Disk manager - udisks para consola o gparted con GUI, este último con
mucha reputación.
- Montaje de unidades - comando mount (ver: "man mount") y umount ("man
umount")
- Descargador de videos - youtube-dl para descargar cualquier video desde la
terminal para evitar el uso de Javascript privativo en determinadas páginas
como youtube. ("apt-get install youtube" para instalar y "man youtube-dl"
para el manual).
En definitiva, te recomiendo que antes de nada, estudies un poco como
funciona la terminal de GNU que utiliza el lenguaje Bash ya que es el
corazón de tu sistema, y que además, te ayudará con muchos problemas.
Usando la terminal encontrarás muchas pistas para seguir mejorando y
aprendiendo.
Saludos!