Te dou uma sugestão. Instala o nautilus-script, e coloca o teu script na pasta ~/.gnome2/nautilus-scripts. Depois na janela do diretório, você escolhe com o botão direito do mouse, depois scripts e depois o teu script. Não é duplo clique mas acho que vai servir.
Olha só o help da pasta de scripts: All executable files in this folder will appear in the Scripts menu. Choosing a script from the menu will run that script. When executed from a local folder, scripts will be passed the selected file names. When executed from a remote folder (e.g. a folder showing web or ftp content), scripts will be passed no parameters. In all cases, the following environment variables will be set by Nautilus, which the scripts may use: NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS: newline-delimited paths for selected files (only if local) NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_URIS: newline-delimited URIs for selected files NAUTILUS_SCRIPT_CURRENT_URI: URI for current location NAUTILUS_SCRIPT_WINDOW_GEOMETRY: position and size of current window -- André Cavalcante Porto Alegre, RS. Ubuntu User number # 24370 -- Mais sobre o Ubuntu em português: http://www.ubuntu-br.org/comece Lista de discussão Ubuntu Brasil Histórico, descadastramento e outras opções: https://lists.ubuntu.com/mailman/listinfo/ubuntu-br