Allora, allora, ho una notizia buona ed una cattiva. La buona è che ho risolto il problema usando genisoimage 1.1.8 scaricato dal sito ufficiale e compilato da me. La cattiva notizia è che quindi il problema risiede nel pacchetto Debian (la versione 1.1.8 è presente sia in Sid che in Lenny).
Mi dareste una mano a segnalare il problema a chi di dovere? Grazie ancora per tutto quello che avete fatto Mattia