This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts are.
You can find it by doing "which trac-preproc".
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I should
edit?
On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki
<ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
The other registration files depend on diff2anat. For example, diff2mni
is composed of diff2anat and anat2mni. If
you're using the old diff2mni, it's like you didn't change anything.
The -intra step creates all these. You need to edit the command that
generates the diff2anat in your version of
trac-preproc. Either comment that line out so that it runs everything but
that, or change that line to the options
that worked for you.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old one. Do
they all need to be recreated? If so,
is that something I
add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki
<ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones?
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
That seemed to fix the registration issue, but I'm still
unable to
reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm getting the
same error that
the control points are not within the mask. THis happens for
all tracts.
Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki
<ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
á á áThe .mat registration matrix should be saved under dmri/xfms/.
á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed
á á á á á áthe registration issue.
á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure I did
á á á á á áit correctly before I
á á á á á ámove forward. Should the command line look something
á á á á á álike this if I am
á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á
á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz
á á á á á á-out
á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat diff2anat.flt.mat
á á á á á á-cost corratio
á á á á á áThanks so much for your help.
á á á á á áKiely
á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti Srinivasan
á á á á á á<rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately to
á á á á á ácheck if it
á á á á á áá á ásolves your
á á á á á áá á áproblem.
á á á á á áá á á> Is this something I can change in my dmrirc
á á á á á áfile or do I need
á á á á á áá á áto run flirt
á á á á á áá á á> on it's own?
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> Thanks,
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> Kiely
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti
á á á á á áSrinivasan <
á á á á á áá á á> rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, cost
á á á á á áfunction instead
á á á á á áá á áof
á á á á á áá á á>> mutualinfo
á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see if
á á á á á áthat solves your
á á á á á áá á á>> registration
á á á á á áá á á>> problem.
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt for
á á á á á áthe intra-subject
á á á á á áá á á>> registration,
á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the
á á á á á áflirt command line
á á á á á áá á áthat
á á á á á áá á á>> registers
á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around
á á á á á áwith the
á á á á á áá á áparameters.
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of
á á á á á áflirt for the
á á á á á áá á áintra-subject
á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to
á á á á á áinitialize with flirt
á á á á á áá á áor with SPM.
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> > Hope this helps,
á á á á á áá á á>> > a.y
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The
á á á á á áinter-subject
á á á á á áá á áregistration seems
á á á á á áá á á>> to
á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be something
á á á á á áwrong with the
á á á á á áá á áintra-subject
á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it using
á á á á á áfreeview, it's
á á á á á áá á ácompletely
á á á á á áá á á>> dark
á á á á á áá á á>> >> - I
á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a way
á á á á á áto troubleshoot
á á á á á áá á áthis?
á á á á á áá á á>> >> Thanks,
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> Kiely
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti
á á á á á áSrinivasan
á á á á á áá á á>> >> <rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely,
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and
á á á á á áintra subject
á á á á á áá á áregistrations?
á á á á á áá á á>> The
á á á á á áá á á>> >> á á á control
á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not
á á á á á áonly for one paths
á á á á á áá á ábut for all
á á á á á áá á á>> >> á á á the paths.
á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes terribly
á á á á á áwrong, this can
á á á á á áá á áhappen. You
á á á á á áá á á>> >> á á á can take a
á á á á á áá á á>> >> á á á look at
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz
á á á á á á(For intra subject
á á á á á áá á á>> registration
á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat)
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á and
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For
á á á á á áinter-subject
á á á á á áá á áregistration
á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni)
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that
á á á á á áfirst.
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á Priti
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello--
á á á á á áá á á>> >> á á á >
á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula successfully
á á á á á áfor ~75 healthy
á á á á á áá á ásubjects.
á á á á á áá á á>> >> á á á However, the
á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems to
á á á á á áfail for a handful
á á á á á áá á áof people.
á á á á á áá á á>> >> á á á I've
á á á á á áá á á>> >> á á á > attached
á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these
á á á á á ásubjects. It appears
á á á á á áá á áthat the
á á á á á áá á á>> >> á á á control points
á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A similar
á á á á á áproblem occurred
á á á á á áá á áin a
á á á á á áá á á>> >> á á á subject with
á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the
á á á á á ádwi, but that
á á á á á áá á ádoesn't seem to
á á á á á áá á á>> >> á á á be the case
á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I
á á á á á áhave been creating
á á á á á áá á áthe entire
á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts,
á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only
á á á á á áinterested in the SLFt
á á á á á áá á áand SLFp.
á á á á á áá á á>> >> á á á >
á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks,
á á á á á áá á á>> >> á á á >
á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely
á á á á á áá á á>> >> >
á á á á á á_______________________________________________
á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list
á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
á á á á á áá á á>> >> >
á á á á á áá á
á á á á á
ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is
á á á á á áintended only for the
á á á á á áá á áperson to
á á á á á áá á á>> whom
á á á á á áá á á>> >> it is
á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail was
á á á á á ásent to you in
á á á á á áá á áerror and
á á á á á áá á á>> the
á á á á á áá á á>> >> e-mail
á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please
á á á á á ácontact the Partners
á á á á á áá á áCompliance
á á á á á áá á á>> >> HelpLine at
á á á á á áá á á>> >> http://www.partners.org/complianceline .
á á á á á áIf the e-mail was
á á á á á áá á ásent to
á á á á á áá á á>> you
á á á á á áá á á>> >> in error
á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient information,
á á á á á áplease contact
á á á á á áá á áthe sender
á á á á á áá á á>> >> and properly
á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail.
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> --
á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A.
á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical
á á á á á áNeuropsychology
á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>>
á á á á á á>>_______________________________________________
á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list
á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á
á á á á á
ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> --
á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A.
á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
á á á á á áá á á> University of Cincinnati
á á á á á áá á á>
á á á á á á--
á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A.
á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
á á á á á áUniversity of Cincinnati
--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati
--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati
--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati
_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
but does not contain patient information, please contact the sender and properly
dispose of the e-mail.
