Dear Ian, DNA sequencing apparatus adalah alat untuk mengurai molekul DNA sehingga bisa diketahui susunan nucleotidenya. Sampel molekul DNA bisa didapat dengan berbagai cara misalnya dengan teknik cloning apakah itu cDNA (c = complementary) atau genomic DNA; juga bisa dengan cara yang lebih mudah yakni PCR (Polymerize Chain Reaction) atau RT-PCR (RT= Reverse Trancriptase) yang terakhir sampelnya berupa RNA (total atau mRNA). Karena mendeteksi gen-2 yang mengalami tanskripsi metode RT-PCR lebih menggambarkan gen-2 yang aktif (functional). Dari sequencing akan bisa diketahui apa bila suatu gen mengalami mutasi.
Untuk mengerjakan sequencing (manually) selain harus bisa mempersiapkan sampel DNA extraction) sendiri juga harus mempunyai primers (yang ini bisa pesen). Primers adalah suatu oligonucleotide berperan sebagai pemulanya. Dasar reaksinya adalah juga polymerization dengan enzyme DNA polymerase I Klenow fragment dari E coli (enzim ini ditanggung halal : )). Salah satu dNTPsnya (misalnya dCTP) dilabel dengan radioaktif (misalnya S35, atau bisa non-radioaktif misalnya biotin). Berfungsi sebagai peterminasi reaksi tsb adalah ddNTPs. Selanjutnya hasil akhir dari reaksi tsb dielektrophoresis (diurai) dengan menggunakan Denaturing Polyacrilamide Gel electrophoresis (mengandung urea dan dijalankan dengan voltage yang tinggi supaya menghasilkan panas sekitar 50 derajat celcius. Demikian kurang lebih keterangan singkat dan spontan mengenai sequencing. Disini, University of Calgary, sequencing umumnya dikerjakan dengan mesin. Seperti di lab dimana saya bekerja (sebagai Research Associate) saya tidak lagi memakai manual sequencing. Oleh karena itu alat sequencing milik saya saya berikan ke pak Indra Wijaya supaya tidak mubazir (maaf apa betul spellingnya? jangan-2 ada orang yang namanya Drs Mubazir). Dulu saya sering mengerjakan sequencing manually sehingga saya punya banyak pengalaman mengenai troble shooting dst Kalau kebetulan saya ke Indonesia, saya tidak keberatan untuk melatih siapa saja (dosen atau mahasiswa) yang benar-2 tertarik dan membutuhkan. Sebab manual sequencing adalah sangat handy dan perannya sangat penting dalam research yang menyangkut bidang molecular biology. HANYA research institution yang volume kebutuhan sequencing sangat besar perlu untul membeli mesin pesequencing. Kira-2 10 tahun yl PAU UGM sudah memiliki mesin sequencing meskipun tidak pernah ada satupun orang yang butuh sequencing akibatnya mesin MAHAL tsb nganggur, kedaluwarsa dan rusak. Ini ibaratnya kantor yang setahun sekali belum tentu bikin surat kok beli komputer tentu saja menjadi piece of junk, mubazir! Kan mestinya cukup beli mesin ketik bekas di pasar loak (mesin ketik seperti sepeda tidak pernah out of date tidak seperti mobil dan komputer). Semoga saja mentalitas orang di perguruan tinggi sudah berubah tidak lagi berorientasi ke "PROYEK" ! Kalau masih tetap begitu ya payah. Semoga membantu Eko Raharjo Pak Eko, Terima kasih atas informasi biaya pengiriman alat squensing DNA tersebut, tolong kalau dapat lebih cepat dikirim lebih baik (agar saya tidak keburu di DO), walaupun nanti saya harus mencoba-coba sendiri atas tanya kanan-kiri untuk memakainya. Masalahnya adalah pada saat mengajukan proposal S3 di sini diharuskan melakukan penelitian yang basisnya biomolekular dan original. Setelah beberapa kali tidak disetujui, saya mencoba meneliti yang belum pernah diteliti di sini yaitu analisis gen CMM1, CMM2 dan CMM3 pada kasus melanoma maligna. Ternyata ekstraksi DNA dari blok parafin kasus-kasus itu di sini pun sulit dilakukan, yang sudah saya coba dapat melakukannya adalah Lab Bioteknologi Unpad Bandung. Untuk squensing DNA yang saat ini bisa melakukan adalah Lab Bioteknologi ITB, sedangkan PAU UGM tidak dapat karena alatnya rusak. Lab Eijkman Jakarta tidak melakukan lagi karena primernya mahal kalau hanya squensing dalam jumlah sedikit. Mau dikirim saja ke luar untuk squensing selain biayanya mahal juga tidak diperbolehkan karena harus dapat melakukannya sendiri, Jadi serba salah! Metodologinya saja sebelumnya selalu disarankan 'case control study' (supaya tidak bias!) otomatis kasusnya harus banyak! Bisa jual rumah untuk penelitian! Saya sedang mengupayakan grant dari UICC (International Union Against Cancer) untuk shot visit (3 bulan) untuk meneliti kasus-kasus saya itu. Syaratnya harus ada approved dari Prof yang akan membimbing. Beberapa waktu yang lalu saya sudah membalas E-mail Pak Eko, tetapi mungkin saat itu mailbox Undip sedang error sehingga mailnya kabur entah ke mana! Amat bermanfaat sekali kalau Pak Eko bisa mudik sebentar untuk mengajari pemakaian alat tersebut karena ada pula beberapa mahasiswa S2 Patobiologi dan S3 di sini yang penelitiannya juga akan menggunakan alat tersebut (mis dr. Hadi), tetapi tentu biayanya mahal dan saya khawatir nanti timbul friksi lagi dengan otoritas (walaupun sekarang sudah agak terbuka!). Salam dari Semarang, indra -------------------------- Milis Archive: http://messages.to/archives or http://messages.to/archives2 to unsubscribe, mailto:[EMAIL PROTECTED] - Seq. Number: 270 DIPONEGORO UNIVERSITY MailingList http://www.undip.ac.id
