Ian wrote: Pak Eko, terima kasih atas jawabannya. Saat ini saya sedang membuat paper untuk penelitian saya tentang kloning molekular produk PCR; di sini saya menggunakan pGEM dari promega co. Sementara yang menjadi pertanyaan saya adalah apakah penelitian saya ada hubungannya dengan error-prone PCR ? Saya mahasiswa semester IV, dan Callgry Univ itu dimana, Pak ? Demikian sementara pertanyaan saya, terima kasih. Ian
Eko: Mengkloning fragment DNA dari PCR selalu ada kemungkinan mengandung error (mutation). The frequency of errors dari produk PCR adalah kira-2 satu per 400 bases setelah mengalami 20 kali penggandaan (amplifikasi). Ini kalau menggunakan Tag DNA Polymerase. Enzim ini diperkirakan membuat kesalahan sbb: point mutation satu per 9000 nucleotides, frameshift mutation satu per 40000 nucelotides. Untuk mengurangi resiko error tsb diatas bisa memakai high fidelity DNA polymerase yaitu DNA polymerase yang memiliki 3'-5'proof-reading. Jadi setiap kali terjadi misincorporation maka nucleotide yang salah akan di copot dan diganti dengan yang bener. Sekarng sudah banyak pharmaceutical company yang menjual high-fidelity DNA polymerase misalnya "Pfx Platinum" dari GIBCO. Cuma harganya lebih mahal dibanding Tag DNA Pol. Cara lain adalah dengan cara meminimumkan sedapat mungkin program cyclenya (amplifikasinya) dan diimbangi dengan meningkatkan jumlah templatenya (agar produk akhirnya sama banyaknya). Meskipun memakai Hi-fi DNA Polymerase produk PCR tidak dijamin error free. Oleh karena itu standar procedure dari kloning adalah melakukan sequencing. Terutama kalau tujuan kloning adalah untuk melakukan protein expression. Frameshift mutation akan mengacaukan sama sekali produk proteinnya. Sedangkan point mutation bisa menghasilkan stop codon yang menyebabkan produk protein mengalami truncation (kudung). Ian wrote: Saya mahasiswa semester IV, dan Calgary Univ itu dimana, Pak ? Demikian sementara pertanyaan saya, terima kasih. Ian Eko: University of Calgary (U of C) ada di kota Calgary, Canada. Provinsinya bernama Alberta terletak di sebelah utara dari USA. Berbatasan dengan Montana. Oleh karena itu kalau winter cukup dingin disini. Hari ini temperatur di luar adalah MINUS 30 derajat Celcius. Paling dingin bisa mencapai minus 50 derajat C. Kalau kencing diluar langsung jadi stalaktit! sekian dulu semoga membantu. Eko raharjo [EMAIL PROTECTED] -------------------------- Milis Archive: http://messages.to/archives or http://messages.to/archives2 to unsubscribe, mailto:[EMAIL PROTECTED] - Seq. Number: 272 DIPONEGORO UNIVERSITY MailingList http://www.undip.ac.id
