questi sono per linux ma esistono anche le versioni per window e in alcuni casi anche per Mc.
Ho fatto una piccola rassegna rapida del mio kit quotidiano. Kit minimale per un simulatore di proteine. Come vedete a volte i programmi che possiamo usare a livello accademico sono gratis e open source ma non necessariamente sotto gpl. baciotti molscript Academic License for free. Richiede di essere citato in pubblicazioni. download: http://www.avatar.se/molscript/ Permette di generare una rappresentazione grafica di una molecola a partire da un template PDB (file format protein data bank). Genera output di differenti formati imagine (JPEG,EPS,PNG,GIF,SGI) e input per altre utility (render: RASTER3D, VRML 2.0, Iteractive OpenGL) raster3D e' free ma non credo che sia sotto GPL. Richiede citazione in articoli. download: http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html Permette di fare un render, cioe' crea immagini di alta qualita'. Si usa in combinazione con altri programmi di visualizzazione molecolare. rasmol E' open source, ma credo che la licenza cambi da versione a versione. Comunque e' sotto copyright. download: http://www.rasmol.org visualizzatore grafico di molecole. Rapido e leggero, gestisce bene anche 40,000 atomi. Consiglio di usarlo per generare file di input da usare con molscript. VMD distribuzione gratis e con sorgenete. Copyright. Richiede citazione in articoli.download: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ Uno dei migliori visualizzatori e manipolatori di molecole. Ottimo sopratutto per proteine e DNA. Genera imagini, permette di visualizzare e creare film. molmol Distribuito gratuitamente e con codice ma sotto copyright. Citazione richiesta. download: http://www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/ E' un buon visualizzatore e manipolatore di molecole. Piu' complicato e meno immediato di VMD. Ma utile per alcuni calcoli (esempio confronto di strutture di proteine e proprieta' interne). Jmol LGPL Download: http://www.openscience.org/jmol/ VIsualizzatore di molecole e esportatore di immagini. Interessante la versione che dovra essere rilasciata. Perche' funzionera come un plug-in alterantivo a rasmol/chimie (il quale e' un visualizzatore di molecole molto molto in voga per visualizare al volo molecole in rete senza scaricare il src in locale) ORAC free distribution e open source (non so se e' sotto GPL ma mi informo) download: lo do io il src perche' e' il codice che uso, c'e' comunque una versione ufficiale. Motore di dinamica molecolare. Uno tra i piu' efficienti. Versione seriale e parallela. Gira su una svaria di macchine. Per i PC la versione parallela per cluster ha ancora qualche problemino. F90 e F77 ( e mo tutti a dire che si deve scrivere in C++). Include moltissime utility di analisi che possono essere estese a piacimento senza rischio di fare danni al motore di dinamica. Usa potenziali standard (CHARMM22 e precedenti o AMBER) DL_PROTEIN credo GPL download: come sopra, ma chiedo il sito Motore di dinamica Molecolare. Un po piu' immediato per un neofita. -- ************************************************* * Fabio Sterpone * * e-mail:[EMAIL PROTECTED] * * Adress:DBCM/DSV/CEA Centre d'Etudes Saclay, * * 91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France * * Tel: +33-1-69084006 * * Fax: +33-1-69089275 * ************************************************* _______________________________________________ www.e-laser.org [EMAIL PROTECTED]
