Vi scrivo i programmi che uso piu' frequentemente. Roba di density functional theory, proprieta' elettroniche e proprieta' ottiche.
Programmi di calcolo: Abinit : http://www.abinit.org/ (Density functional Theory) e un po' altra roba GPL PWscf http://www.pwscf.org/ e' il codice della Sissa , GPL. Io non l'ho mai usato. Octopus http://www.tddft.org/octopus e' un codice per Time-dependent DFT e serve per il calcolo di proprieta' ottiche. GPL Visualizzazione: Io uso principalmnte xmgrace. A me non sembra che fa le stesse cose di gnuplot , ma forse non so usare gnuplot a dovere. Per cose piu' complicate 3d uso Opendx, http://www.opendx.org/index2.php e' Open source e fa roba veramente potente, il problema e' che non e' di facile utilizzo, ossia richiede un po' di sforzo nel scrivere programmini per fargli fare le cose che vuoi a questo proposito, non mi ricordo chi, proponeva di diffondere programmi home made, e avrei cosette fatte da me per visualizzare isosuperfici, di densita' , funzioni d'onda etc.. che per farle ci ho spesso svarie ore ...mi sarebbe piaciuto trovarle gia fatte. Per le proteine uso Vmd di cui gia ha parlato Fabio. Quando faccio calcoli con sistemi bio, un tool che uso spesso e' Openbabel: http://openbabel.sourceforge.net/ che e' un convertitore di formati da quello che vuoi a quello che vuoi pdb/mol2/xyz a tanti altri. Poi uso spesso xmakemol: te lo danno con la distribuzione red hat, sicuramente molto ecologico, ma e' veramente minimale. Salutoni, Daniele =============================================================================== Daniele Varsano Dpto. Fisica de Materiales, Universidad del Pais Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea Donostia International Physics Center (DIPC) Phone: +34-943015389 Apdo. 1072, 20018 San Sebastian/Donostia. Spain mail: [EMAIL PROTECTED] =============================================================================== _______________________________________________ www.e-laser.org [EMAIL PROTECTED]
